1、沒有行業準入門檻，生產經營者良莠難分，特別是原來食品免檢制度的存在，放任企業胡作非為，留下了諸多監管空白。加上目前我國的法律對於違規企業的處罰力度較輕，不痛不癢的起不到“殺雞儆猴”的效果，現在我們是“拔雞毛給猴子看”，企業的違法成本太低，這使得許多企業存在僥幸心理。
2、多頭監管，執行不力。目前，我國食品安全監管體制是壹種“分段管理為主，品種管理為輔”的模式，導致食品安全管理出現條塊分割、溝通不暢。由於這些部門管理體制不同，人、財、物的主管部門各有其主，因此，“機構雲集”增加了政府對食品安全工作的管理難度。多個部門監管壹個方面的事務往往需要政府協調，提高了管理成本，降低了管理效率。國家食品藥品監督管理局與衛生部分分合合的歷史表明，國家建立獨立食品安全監督部門的思路似乎並不十分清楚，這不僅影響了食品安全監管的效力，更造成了問責不明確的弊病。
3、食品安全標準體系不健全。主要表現在與國際標準不能接軌，食品安全標準體系結構設計不夠合理，對標準的深人研究不夠，部分標準的實施較差，甚至強制性標準也未得到很好的實施等。如7月修改出臺的《乳業行業標準》就被專家評價為“倒退了25年，堪稱全球最差”，並稱中國被“個別大企業綁架，是全球最差標準”。
4、政府監管食品安全需要運用法律法規及相應的政策工具，目前政策法規不健全，無法做到法規化，制度化，缺乏長效機制。面對出現的食品安全問題是往往采取“救火”式的治理，哪裏發生問題治哪裏，事情過後“刀槍入庫、馬放南山”。從而導致制假售假屢治不絕，屢禁不止，甚全有愈演愈烈之勢。
5、財政投入不足，檢測機構資源配置不合理。 我國作為發展中國家，國家財力不足是壹個不容回避的問題。國家財政投入的不足，引發了以下三個問題：壹是國家急需的部分檢測項目能力不足。如食品中不明有毒有害物質的鑒定技術、違禁物品、 激素、農藥殘留、獸藥殘留、二惡英、瘋牛病的檢測、 轉基因食品的安全性評價等，監督檢驗能力與國際水平差距逐漸加大，制約了食品衛生監督管理水平的提高。二是利益驅動導致執法部門的執法行為產生偏差。如有的執法機構偏重於有經濟利益的執法行為，以罰代刑、以罰代管，壹罰了之，監督執法工作時緊時松，違法行為屢禁不止，有的甚至為不法經營者充當保護傘。三是基層食品衛生監督機構的設置和技術人員配備不能適應監督工作開展的需要。
6、食品生產和經營者誠信缺失，道德觀扭曲。食品生產者和經營者眼睛盯著的只有錢，喪失道德底線，他們當中的很多人不顧法律禁令，鋌而走險，以身試法，屢禁不止。目前，不管政府部門還是消費者掌握企業食品衛生質量的信用狀況難度很大，很難起到消除信息不對稱、鼓勵守信者、打擊遏制失信者、追溯責任、形成誠信經營氛圍的作用。