工商、衛生、交通等行政管理部門在各自職責範圍內，負責與藥品經營有關的監督管理工作。
鎮鄉人民政府、街道辦事處應當協助食品藥品監督管理部門做好本轄區內藥品經營的監督管理工作。第四條 醫藥行業協會應當加強行業監督管理，發揮行業自律作用，促進藥品經營行業依法經營。第二章 經營行為管理第五條 開辦藥品經營企業，應當符合法律、法規規定的條件，並依法辦理行政許可、工商登記等相關手續。第六條 藥品經營企業應當對其設立的分支機構或派出的銷售人員以本企業名義從事的藥品經營行為承擔法律責任。第七條 藥品經營企業應當建立計算機管理信息系統，通過計算機如實記錄藥品的購進、儲存和銷售情況，並按照食品藥品監督管理部門的要求，及時、準確上報本企業藥品的購進、儲存、銷售等數據。第八條 藥品經營企業應當保持藥品經營場所面積和布局相對穩定。因經營管理需要對藥品經營場所面積和布局作調整的，不得降低經營條件，並應當在調整之日起15日內報食品藥品監督管理部門備案。第九條 藥品經營企業委托藥品物流企業承擔藥品運輸或倉儲業務的，應當對藥品在運輸或倉儲期間的質量安全負責。對有溫度要求的藥品的運輸或倉儲，藥品經營企業應當督促物流企業按照規定采取必要的保溫或冷藏措施。
藥品經營企業將藥品交郵政營業機構或快遞公司郵寄的，應當出示證明藥品合法性的相關材料；郵政營業機構或快遞公司應當當場查驗。
麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品和放射性藥品等特殊管理藥品的運輸、儲存、郵寄，應當按照有關規定辦理。第十條 藥品批發企業銷售非首營藥品，可以從藥品生產企業或者其他藥品批發企業直接調撥藥品給購買企業，但須經本企業質量管理人員驗收合格，並按規定做好記錄。第十壹條 藥品批發企業經營含特殊藥品復方制劑，應當建立客戶檔案，核實並留存購銷方資質證明復印件、購銷人員法人委托書和身份證明復印件等資料。第十二條 藥品經營企業銷售藥品，應當按規定開具銷售憑證。第十三條 藥品經營企業購進藥品應有合法票據，並按規定建立購進和驗收記錄；對票據不符合有關規定，或者票、帳、貨不相符的藥品，不得驗收入庫。
藥品經營企業購進藥品時接受附贈的藥品，應當索要證明藥品合法來源的相應憑證，並按照規定進行驗收。第十四條 藥品經營企業購銷藥品，銷售憑證記載的購銷方名稱應當與實際付款流向相壹致，購銷金額應當與購銷方相關財務賬目相對應。第十五條 藥品零售企業應當執行處方藥與非處方藥分類管理的規定，按規定銷售處方藥。第十六條 藥品零售企業銷售含特殊藥品復方制劑的，應當按規定做好身份登記，壹次銷售不得超過規定數量，不得將藥品直接銷售給未成年人。第十七條 未經衛生行政部門批準，藥品零售企業不得在其經營場所進行診療活動。經衛生行政部門批準從事診療活動的，藥品銷售區與診療區應有明顯物理隔離。第十八條 藥品經營企業應當按照《藥品經營許可證》許可的經營方式和經營範圍經營藥品。第十九條 藥品經營企業兼營藥品以外其他產品的，應當將藥品與其他產品分區域儲存、陳列，設置明顯標識。
下列產品不得在藥品經營企業銷售：
（壹）通用名、商品名或者其他指代名稱已經被批準註冊為藥品名稱的產品；
（二）在包裝、標簽、說明書及有關宣傳資料上進行診斷、治療、緩解或預防等宣傳的產品；
（三）違法添加藥品成分的產品。第二十條 藥品經營企業不得通過在藥品包裝內夾帶或者隨藥附贈宣傳材料等方式，對藥品的適應癥或者功能主治作超出國家食品藥品監督管理部門核準範圍的介紹。第二十壹條 藥品經營企業應當定期對庫存藥品的質量和儲存條件進行檢查，並做好記錄；對過期、被汙染、變質等不合格藥品，應當登記造冊，並按照有關規定予以銷毀。