國家基本藥物制度首先在政府舉辦的基層醫療衛生機構實施，主要內容包括國家基本藥物目錄的遴選調整、生產供應保障、集中招標采購和統壹配送、零差率銷售、全部配備使用、醫保報銷、財政補償、質量安全監管以及績效評估等相關政策辦法。
《國家基本藥物制度》第壹條 基本藥物是適應基本醫療衛生需求，劑型適宜，價格合理，能夠保障供應，公眾可公平獲得的藥品。政府舉辦的基層醫療衛生機構全部配備和使用基本藥物，其他各類醫療機構也都必須按規定使用基本藥物。
第二條 國家基本藥物目錄中的藥品包括化學藥品、生物制品、中成藥和中藥飲片。化學藥品和生物制品主要依據臨床藥理學分類，中成藥主要依據功能分類。
第三條 國家基本藥物工作委員會負責協調解決制定和實施國家基本藥物制度過程中各個環節的相關政策問題，確定國家基本藥物制度框架，確定國家基本藥物目錄遴選和調整的原則、範圍、程序和工作方案，審核國家基本藥物目錄，各有關部門在職責範圍內做好國家基本藥物遴選調整工作。委員會由國家衛生計生委、國家發展改革委、工業和信息化部、財政部、人力資源社會保障部、商務部、國家食品藥品監管總局、國家中醫藥局、總後勤部衛生部組成。辦公室設在國家衛生計生委，承擔國家基本藥物工作委員會的日常工作。
第四條 國家基本藥物遴選應當按照防治必需、安全有效、價格合理、使用方便、中西藥並重、基本保障、臨床首選和基層能夠配備的原則，結合我國用藥特點，參照國際經驗，合理確定品種（劑型）和數量。
國家基本藥物目錄的制定應當與基本公***衛生服務體系、基本醫療服務體系、基本醫療保障體系相銜接。