1932年，武漢發生大水災，孟目的攜帶救濟藥品參加防治流行病時，發現有壹些進口藥品是假的或質量不合規定，十分氣憤，期望中國有生產原料藥品的藥廠。他在國立藥學專科學校遷到重慶磁器口時，就設立了壹個實驗藥廠，利用當地的礦石資源生產硫酸鎂等原料藥。被免去校長職務後，他又去香港創辦協和藥品公司制藥廠，壹面籌辦藥廠，壹面選購必需的藥品器材，運到後方，供軍民使用。太平洋戰爭爆發後，香港被日本占領，他輾轉回到重慶，在南岸龍門浩創辦協和制藥廠，生產磺胺、葡萄糖等原料藥品和制劑。磺胺是當時有效的抗菌消炎藥，在中國是由協和藥廠首先合成生產的。
1945年，抗日戰爭勝利後，孟目的被重慶國民政府衛生署派去上海接收12個日偽藥廠，這些藥廠是由經濟部接收後移交的，接管後成立衛生署藥品生化藥品實驗處，他任副處長。在商邱路的原重松制藥廠改建為第壹制藥廠，楊樹浦寧武路的原武田第四制藥廠改稱為第二制藥廠。這兩個藥廠規模比較大，由於工人在日本投降時護廠數晝夜，設備未遭破壞，仍有壹定生產條件。他主張盡快恢復生產，以發展中國制藥工業，但遭到上級反對，並因同情藥廠工人的復工請願，遭到排擠。1946年，孟目的回北平奔父喪，正值晉察冀解放區在張家口籌辦藥廠，派專人迎孟目的前往進行技術指導。他欣然前往，由沈其震陪同受到聶榮臻司令員的親切接見。他建議根據解放區的條件，就地取材，土法上馬，利用當地出產的麻黃提取麻黃堿，還指導生產柴胡註射液等中藥制劑。自從孟目的到解放區半年時間，藥廠的生產不斷擴大，產品質量不斷提高。他對操作要求很嚴格，經常親自動手洗安瓿、灌藥液、熔封等，別人操作後他還仔細檢查。他經常抽時間給青年工人講授制藥操作知識，給技術員講授制藥基礎理論，因人施教，用什麽，講什麽，有人生病缺課．還要設法補上，大家親切地稱他為孟老師或孟教員，樂意和他接近。
孟目的自解放區回到上海後，擔任善後事業保管委員會的制藥廠廠長。這個廠解放後改稱上海第壹制藥廠，解放初期生產磺胺噻唑、葡萄糖酸銻鈉等原料和制劑。葡萄糖酸銻鈉是五價銻鹽，比當時外國的三價銻鹽毒性小、療效高，對消滅華東幾省流行的黑熱病起了重大作用。