中草藥的命名，除少數不明原意者外，絕大多數都有它壹定的來歷和意義，大致有以下方面。
以藥材生產地來命名：如上黨生產的參最好，所以叫黨參；川貝、川連等因都是產於四川而得名；產於廣東或由此進口的有廣陳皮、廣郁金、廣木香等；阿膠因用山東東阿縣的阿井水將黑驢皮熬成膠而得名。
因形態而命名：以原植物或生藥的形態不同而命名。如牛藤因其莖節膨大如牛的膝關節而得名；白頭翁因其莖葉有白毛如老人白發而得名；烏頭因其塊根頗象烏鴉的頭；人參因其根象人形而得名；
因顏色而命名：中草藥具有各種天然顏色，有些藥就因植物本身顏色得名。如白芷是白色的、青皮是因為其皮為青色。
因氣味而命名：不少中草藥具有特殊的香氣和滋味，因而有些中草藥便依其氣味的特點而命名。如丁香、檀香、麝香等都是因為氣味香氣撲鼻而得名。
因生長特性而命名：如夏枯草，因為壹到夏至後，此花的葉就會枯萎所以叫夏枯草；
因性能功效而命名：如防風能防治多種風病，所以叫防風，益母草能治婦科某些疾病，是對女性有益的，決明子功能明目，續斷可續筋骨等。
用人名命名的：壹部分中草藥以最先發現藥物的人或最初使用此藥物治病的人的姓名作為藥名。
沿用外國譯名：如曼陀羅、婆羅得等。但也有名字前用“番”字樣和胡字樣的，如番木鱉、胡椒等，意思就是在表明這些藥當初不是中國所產，是從外國進來的。
因入藥部位而命名：中草藥少數用其全株，多數僅用其花、葉、根、莖、果實或種子入藥，因而有些藥以入藥部位而命名，像以花的名字來命名，比如金銀花、菊花，槐花等。
因使用價值或相關作用而命名：如金不換形容價值高。
中草藥有同名異藥或同藥異名的情況，所以在使用時還要嚴格加以區分。