新型農村合作醫療報銷範圍為：參加人員在統籌期內因病在定點醫院住院診治所產生的藥費、檢查費、化驗費、手術費、治療費、護理費等符合城鎮職工醫療保險報銷範圍的部分(即有效醫藥費用)。
新型農村合作醫療基金支付設立起付標準和最高支付限額。醫院年起付標準以下的住院費用由個人自付。同壹統籌期內達到起付標準的，住院兩次及兩次以上所產生的住院費用可累計報銷。超過起付標準的住院費用實行分段計算，累加報銷，每人每年累計報銷有最高限額。
農村合作醫療報銷標準
壹、門診報銷標準
1、村衛生室及村中心衛生室就診報銷60%，每次就診處方藥費限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費限額50元。
2、鎮衛生院就診報銷40%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額100元。
3、二級醫院就診報銷30%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。
4、三級醫院就診報銷20%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。
5、中藥發票附上處方每貼限額1元。
6、鎮級合作醫療門診補償年限額5000元。
二、住院報銷標準
1、藥費：輔助檢查：心腦電圖、X光透視、拍片、化驗、理療、針灸、CT、核磁***振等各項檢查費限額200元;手術費(參照國家標準，超過1000元的按1000元報銷)。
2、60周歲以上老人在鎮衛生院住院，治療費和護理費每天補償10元，限額200元。
三、大病報銷標準
1、鎮風險基金補償：凡參加農村合作醫療保險的住院病人壹次性或全年累計應報醫療費超過5000元以上分段補償，即5001-10000元補償65%，10001-18000元補償70%。
2、鎮級合作醫療住院及尿毒癥門診血透、腫瘤門診放療和化療補償年限額1.1萬元。
四、農村合作醫療報銷比例
（壹）鄉(鎮)衛生院醫療費報銷比例
1、300元以下的，報銷30%;
2、300元(不含)以上2000元以下的，報銷70%;
3、2000元(不含)以上的，報銷50%。
（二）縣級定點醫療機構醫療費報銷比例
1、500元以下的，報銷25%;
2、500元(不含)以上10000元以下的，報銷65%;
3、10000元(不含)以上的，報銷50%。
（三）二級醫院醫療費報銷比例
1、500元以下的，報銷25%;
2、500元(不含)以上10000元以下的，報銷55%;
3、10000元(不含)以上的，報銷50%。
（四）三級醫院醫療費報銷比例
1、1000元以下的，報銷20%;
2、1000元(不含)以上10000元以下的，報銷45%;
3、10000元以上(不含)的，報銷40%。
五、農村合作醫療報銷時間
當年發生的醫療費原則上在次年的1月底前必須結清。