制定《辦法》是細化保密法及其實施條例原則性規定的需要。保密法》第二十九條規定："機關、團體公開發布信息以及采購涉及國家秘密的工程、貨物、服務，應當遵守保密規定。"保密法實施條例》第二十六條規定"政府采購監督管理部門和保密行政管理部門應當依法加強對涉及國家秘密的工程、貨物和服務采購的監督管理。"這些原則需要通過具體措施加以落實和細化，為開展政府采購涉密管理工作提供制度依據。
制定《辦法》是落實 "放管服 "改革要求和保密依法行政的需要。此前，涉密政府采購實行的是保密部門確認涉密項目、財政部門審批采購的管理模式。這種管理模式對規範機關涉密采購活動起到了積極作用，但也存在缺乏法律依據、事中事後監管不到位等問題。根據國務院 "放管服 "改革精神和保密工作依法行政的要求，2018年，國家保密局下發通知，停止涉密項目、貨物和服務的審核確認，將權限移交采購人，同時將涉密項目納入保密檢查範圍。新的管理模式要求制定《辦法》，明確和規範如何更好地發揮采購人的主體作用，切實加強涉密政府采購項目事中事後監管。