1、整體投入嚴重不足，投入結構不合理。據統計，我國衛生投人占全民經濟總產值的2.7%，遠低於美國的13.7%和德國的10.5%，也明顯低於印度的5.2%’，占全國人口不到15.0%的城市人口享受2/3的醫療保障服務，而廣大農村人口僅能享受1/3的醫療保障服務，投人結構嚴重不合理。衛生應急物資儲備和快速配送保障能力不足，衛生應急物資儲備信息管理系統尚未建立，現有應急物資缺乏統籌管理，物資儲備的更新、輪換、補償機制不健全。
2、突發公***衛生事件應急反應管理體系需進壹步健全。國務院在2003年5月頒發了《公***衛生突發事件應急反應條例》，將公***衛生突發事件納入法制化管理。各地方政府，甚至部分企事業單位當時也制訂了各自的應急反應預案。但是，這些條例和規章制度基本上是從行政角度對如何協調、落實各部門之間的具體任務進行規定的。行政條例是壹個綱領性的文件，它不能等同於壹個完整的行之有效的管理體系。
3、人才培養及後備人才不足。醫學生在校學習應全面兼顧。預防醫學生和醫療醫學生在校學習期間應在課程設置上給予充分的互補，預防醫學生應開設壹些必要的臨床醫學課程，以補充其今後工作中的知識量不足;臨床醫學生也應該學習預防醫學相關課程，畢業後分配到醫院傳染科，可參與院內控制傳染方案的制定和實施，參與防止院內交叉感染等工作。就“非典”傳播來說，醫務人員感染率比較高，盡管到目前，我們對“非典”的認識仍有許多不清楚的地方，但該病是呼吸道傳染病，傳統的呼吸道傳染病預防措施完全可以預防其傳染，大量臨床實踐也證明了這壹點。這充分說明，“非典”在壹些醫院傳播，與臨床醫生普遍缺乏預防醫學知識，自我保護意識差，防護措施不到位密切相關。上述情況充分體現出疾病預防控制體系人員知識結構的不合理性。
4、應急藥品、物品的生產能力和儲備不足。據調查個別省、市應急藥品的調撥和儲備情況，認為應急藥品儲備品種缺漏較多，藥品儲備品種和數量不足，針對性不強;藥品生產企業科研力量薄弱，沒有應急開發能力;藥品生產不均衡，藥品生產存在盲目性，沒有及時根據人群疾病種類和數量的改變調整藥品品種結構;我國雖然有中央、省級藥品儲備制度，但相互之間缺乏信息溝通，難以形成聯動;儲備資金不到位，承儲企業損失較大，加重了藥品儲備的匱乏。
5、緊急醫療救援基地網絡和應急實驗室檢測網絡尚未有效建立。全國尚未建立起統壹規劃、布局合理、功能明確、裝備完善的省區、地市盟、旗縣、鄉四、級突發公***衛生事件緊急醫療救援基地網絡，尤其缺乏能夠承擔巨災等大規模人員傷亡事件醫療救援任務的區域性緊急醫療救援中心，難以滿足各類突發事件傷病員應急醫療救治的需要。各級疾病預防控制機構實驗室應急檢測功能還不到位，盟市級實驗室尚不完全具備“壹錘定音”的檢測能力，旗縣級實驗室應急檢測能力尚不能滿足早期識別和初步鑒定的需要。
6、衛生應急信息管理工作亟待加強應急工作。信息為先信息管理是做好應急工作的生命線。目前，各地衛生應急信息報送工作很不平衡，良莠不齊，信息報送的及時性、準確性和敏感性還有待提高。部分地區不能按照相關要求報送非公***衛生類突發事件應急醫療衛生救援的工作信息，存在該類信息報告不及時，甚至不報告的現象。各類信息的分析利用和事件趨勢研究工作相對薄弱，在工作意識、專家隊伍和工作機制等方面都需要進壹步加強。