壹、定義不同
擁有藥品銷售上崗證就是醫藥營銷師，是國家相關部門為了整頓醫藥營銷行業而推出的壹個職業資格鑒定。是從事醫藥產品的介紹、推薦、銷售及售後服務的涉藥專業人員。
藥品從業人員上崗證是國家為了規範藥品從業人員的知識儲備，整合素質必須擁有的證件。
二、證件等級不同
藥品銷售上崗證該職業資格***分三級：助理醫藥營銷師、醫藥營銷師、高級醫藥營銷師。
藥品從業人員上崗證依據專業知識水平、職業技能和實際工作能力的從高到底，高級店長、中級店長、初級店長、優秀店員。
三、發展前景不同
中國藥業人才網壹項調查結果顯示,我國藥品行業中高層員工收入水平整體上漲5.98%,尤其是中高層管理人員薪酬漲幅達到11%以上。
醫藥行業對精通醫藥理論知識並具有管理能力的復合型人才的需求量很大，隨著新修訂的藥品管理辦法即將實施和藥品分類管理制度的逐步推行，藥店店長在藥店經營和管理領域中將發揮越來越重要的用。可以判斷，對於醫藥經營從業人員職業培訓的考試報名審核的要求也越來越嚴。
目前醫藥市場競爭日趨激烈，更多的醫藥生產企業將目光從“生產”投入了“銷售”，醫藥營銷隊伍不斷擴大。據悉，部分醫藥生產企業的產品生產人員數量與醫藥銷售人員數量相比已達1:8，而且這壹數字正以每年近20%的速度發展。
醫藥營銷師證書針對性強，只針對醫藥行業，以後將有可能變成醫藥行業銷售的準入證，所以如果想從事醫藥銷售的話，應該並應該盡早選擇醫藥營銷師職業資格證書。
參考資料：
百度百科-醫藥營銷師參考資料：
百度百科-醫藥經營從業人員職業認證