甲、乙、丙類疾病的確認與醫療機構級別有關，患者必須到相應的醫療機構進行疾病確認，如通知明確甲類門特由三級綜合醫療機構確認；乙、丙類門特由二級（含）以上醫療機構確認；精神病、結核病由專科醫院確認。
在報銷比例上，甲、乙、丙類病種也有區別，三類醫療機構的支付比例不同。比如，甲類病種，壹類醫療機構支付95%，二類醫療機構支付90%，三類醫療機構對精神病、結核病支付85%，其他甲類病種支付90%。乙類和丙類特殊疾病按以下比例支付：壹類醫療機構支付 85%，二類醫療機構支付 80%，三類醫療機構支付 75%。
目前，申請泯滅病種和特殊泯滅病種的流程如下：
壹．補差
申請流程
到區、市社保中心領取補差申請表，然後到補差名單中指定的三級醫院，由院長簽字、醫院蓋章後，交到區、市社保中心。
首先，到定點醫院大廳窗口領取《門特登記表》。
然後到相應科室就診、檢查、化驗。(如：糖尿病到糖尿病門診就診，需提供近壹個月內空腹血糖、近半年內OGTT、三個月內糖化血紅蛋白等；偏癱到腦系門診或急診就診，需提供近半年內CT或MRI報告，肌力小於3級；腫瘤患者需提供住院病歷及術後病理報告或影像學報告復印件）。
然後填寫門診登記表，上半部分由患者或家屬填寫，中間部分由醫生填寫並簽字。
最後，患者攜帶填寫好的登記表和相應的檢查化驗結果、病歷資料到醫保大廳窗口辦理特殊待遇登記手續。醫保科網上掛號三天後方可使用，患者掛號時需持社會保障卡和身份證，並登記相應疾病的門特號就醫。