在昆明期間，他始終憂國憂民，想方設法為國家尋找出路。
1945年，他獲得英國文化協會獎學金和美國庚子賠款獎學金，考入倫敦藥學院研究生，1946年轉入劍橋大學。在英國皇家學會前主席、諾貝爾化學獎獲得者A.R.托德（Todd）為化學系主任和P.G.曼恩（Mann）的悉心指導下，1948年被授予博士學位，博士論文題為《吲哚化合物的若幹問題》。吲哚化合物以天然產物的形式廣泛存在於動植物體內，其中許多具有工業應用價值，如靛藍可用作染料，吲哚生物堿可用作藥物，而且可以人工合成。在對吲哚化合物的合成研究中，黃新民提供了50多種新的吲哚衍生物，並發現其中壹些化合物具有光敏性，有望成為新型光敏劑。在劍橋大學攻讀博士學位的第四年，他繼續進行異吲哚的研究，尋找更好的光敏染料，即壹些能使照相底片的感光速度大幅提高的染料。
黃新民在英國學習不久，就接受了英國黨組織的直接領導。1948年，他代表中國科學工作者協會出席了在布拉格舉行的世界科學工作者代表會議，並作了題為《科學與人類》的發言。1949 年，他還作為國際學生聯合會的代表出席了在巴黎舉行的第壹次和平會議，並作了題為《科學與人類》的發言。1949年，作為國際學生聯合會代表出席巴黎第壹次和平會議，為黨在海外的進步活動作出了貢獻。
1949年7月，根據黨的指示和安排，黃新民動員和組織留歐學生回國參加祖國建設。
1949年9月，黃新民等30余人從國外回到北京，進入華北人民革命大學政治研究所工作，先後被任命為教育部留學生管理處處長、政務院文化委員會招待歸國留學生委員會秘書。黃新民根據周總理的指示，以個人名義向歐美日的中國留學生發出了 2000 多封邀請信，號召留學生和科學家回國。他領導的***留學生辦公室接待和安置了近2000名回國的科技人員，他們為***和國家的建設事業，為中國科學事業的發展做出了重要貢獻。
周總理曾親切地勉勵黃新民說"犧牲壹個博士學位，換來壹千個專家，不太劃算"。黃新民深受鼓舞，在30多年的革命生涯中，他把周總理的話當作座右銘，經常勉勵自己，教育同誌。他說：總理的指示很深刻，我們要從大局著想，從長遠著想，聽黨的話，服從黨和國家的需要。
在此期間，他歷任華北大學工學院副教授，北京大學、清華大學教授。此外，他還參與了國務院文教委員會關於統壹學術命名的工作，並被聘為化學物質命名原則修訂審查委員會委員。
化學物質種類繁多，其名稱的系統化和統壹化極為重要。化學命名法比其他科學命名法更多，在壹本篇幅有限的書中很難壹壹列舉。而且，不斷有新化合物被發現，事實上不可能將它們全部列出。比較合理的做法是列出壹套命名規則，這樣學者們對於壹些結構已知的物質，不管是早期發現的還是新發現的，壹看就能列出其系統名稱。18 世紀，歐洲已開始從事無機化學物質命名的系統化工作。19 世紀關於有機化學，曾召開過壹次國際會議。我國的化學物質名稱統壹工作始於 1915 年，並於 1932 年公布了化學命名原則，1937 年進行了修訂，1945 年公布了更新的化學命名原則。中華人民共和國成立後，高度重視學術命名的統壹工作。黃新民從 1950 年開始參加《化學命名原則》的修訂工作，1953 年參加了《化學命名原則》壹書的修訂和《中華人民共和國藥典》的編纂工作。黃新民曾提出：所有雜環核應由其結構等價的碳環核派生；命名前應在碳環名上加上雜原子名。常見的芳香碳環核，大體上都有壹個簡單的名稱；關於新字的讀音提出兩種方法：（壹）音切法，即原音與烷切。到目前為止已在有機化學命名法中得到驗證，已使用的命名法中只保留了 "甾 "字命名法。
抗美援朝戰爭期間，侵朝美軍踐踏國際公約，在朝鮮戰場上公然使用化學武器。當時，誌願軍急需防護裝備，我軍防護科研尚屬空白。為了建設防護科研事業，適應現代戰爭的需要，1952年8月黃新民不計名利，不計個人得失，離開國家機關，辭去三所大學教授職務，從地方來到部隊。
黃新民開始在防化學校擔任訓練部防化處處長，主持防化研究室工作。他說："這是壹個嶄新的領域，需要許多開拓者。""我願意獻身於這項事業。"他壹到任，就立即帶領實驗室的工作人員奮力拼搏。短時間內就研制出壹批我軍早期型號的探測器等防護裝備。防護研究室從計劃、專業設置到實驗、翻譯國外專業書籍和組織科研協作等，都是他親自操辦，東奔西跑，費盡心血。他常說"科技的進步，科研管理水平的提高，基礎在於人才的培養"。他主編、翻譯、撰寫了《毒劑化學》、《毒劑化學與分析》、《軍用毒物與毒品檢測》、《雜環化學》、《高等有機化學》等多部著作和大學講義在軍內發行。在黃新民的努力下，為國家培養了大批科技人才，他們是上世紀五六十年代開創防護科研事業的中流砥柱，也是現在和今後發展防護科研事業的中堅力量。同誌們說："培養人才是關鍵之舉，是黃新民的重大貢獻"。
為了開創軍事防護科研事業，黃新民從主持防化研究室到建立防化研究所，始終擔任科研管理工作的領導者。他著眼於現代戰爭的需要，從當時的條件出發，有針對性地設置了禁毒專業和核禁毒專業，為防化科研事業的發展奠定了重要基礎。1956年，他加入中國****，1962年當選為第三屆全國人民代表大會代表。
1979年2月，黃新民任國務院科技幹部局臨時領導小組成員、國務院人才引進辦公室主任。
1980年8月，中國環境科學研究院成立後不久，黃新民就擔任了中國環境科學研究院副院長，他以極大的熱情投入到環境科學領域的探索中，努力做好各項籌備工作。他從部署和培養科技隊伍，制定科研發展規劃，建設科研基地，廣泛開展與高校、科研院所和國際組織的學術交流等方面做了大量開拓性的工作，為中國環境科學研究院的發展奠定了基礎。
中國環境科學研究院是我國唯壹的大型綜合性環境科研機構，承擔國家環境科技攻關和重大綜合性、區域性、應用性環境問題研究，開展全球性、超前性環境問題研究，為國家環境立法、政策制定和加強環境管理提供技術支持。黃新民深刻理解國家建院的目的，以其豐富的科研組織領導經驗，對組織建設嚴格要求，為科研人員學習環境科學新理論樹立了良好的榜樣，強調樹立壹絲不茍的科研作風，號召每壹位員工立誌為中國環境科學研究院的建設貢獻力量。他的領導作風給大家留下了深刻的印象。
1981年，在他的主持下，中國環境科學研究院創辦了《中國環境科學》雜誌，他擔任主編。該刊物在國內外環境科技信息傳播和學術交流中發揮了重要作用。同年，在十分困難的條件下，他組織科技人員和剛入院的大學畢業生編輯了《英漢環境科學詞匯》，由中國環境科學出版社出版。該書的出版為中國環境科學工作者提供了壹個及時而急需的工具書。
1982年8月，黃新民因病離崗休養。
1983年1月，黃新民被任命為中國人民解放軍防化研究院顧問。