根據上述主要職責，四川省商務廳設23個內設機構 ：
（壹）辦公室
制定機關工作制度並組織實施；負責綜合協調、會議組織、公文處理、秘書事務、新聞宣傳、政務信息、政務公開、政務督辦、績效考核、機要檔案、安全保密、維穩信訪、接待等機關日常政務和行政事務。
（二）綜合處
研究經濟全球化、區域經濟合作、現代市場體系和現代流通方式的發展趨勢並提出對策建議；研究商務領域重大問題並提出意見建議；擬訂商務發展中長期規劃並組織實施；負責商務運行情況的監測、分析、統計匯總工作；牽頭組織商務課題調研，草擬綜合性重要文稿；負責商務領域深化改革工作；承擔商務誌編篡工作。
（三）法規與貿易救濟處
組織起草地方性商務法規、規章草案，審核有關規範性文件；組織實施法制宣傳，指導商務系統依法行政；承辦本部門行政訴訟、行政復議、組織聽證及行政賠償等事務；承擔進出口公平貿易和產業損害調查相關工作；建立進出口公平貿易預警機制，指導協調對我省出口商品的反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；負責反壟斷相關工作；負責世界貿易組織涉及我省有關工作。
（四）行政審批處
負責指導、監督本系統行政審批制度改革以及本系統中介機構承擔的行政審批相關業務工作；按照“兩集中、兩到位”的要求，集中承擔省本級有關行政審批事項的受理和審批工作，組織協調相關事項的勘查、論證、審核等工作，發放行政許可證；承擔本部門行政權力事項的清理和納入電子政務大廳平臺工作，推進行政權力依法規範公開運行。
（五）服務業發展協調處
按要求承擔服務業發展工作中組織實施的協調工作，擬訂相關計劃和政策措施並組織實施；匯總分析全省服務業運行發展情況，提出解決相關問題的意見建議；推進服務業重大項目建設；承擔四川省服務業發展領導小組辦公室日常工作。
（六）市場秩序處
建設完善涉及國內貿易市場監管體系，規範市場交易行為，營造法治化營商環境；承擔組織整頓和規範市場經濟秩序相關工作，擬訂規範市場運行和流通秩序的政策措施；協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的有關工作，規範商貿企業交易行為；履行市場綜合治理和監管職責；負責商貿領域行政執法工作，完善市場秩序舉報投訴服務網絡建設；指導商業信用銷售，推進商務誠信建設，參與組織打擊商業欺詐工作；按規定承擔藥品流通相關管理工作；對內資直銷進行監督管理；承擔省打擊侵犯知識產權和制售假冒偽劣商品工作領導小組辦公室日常工作。
（七）市場體系建設處
建設完善涉及國內貿易市場規劃體系，優化空間布局和市場結構；組織擬訂涉及國內貿易發展規劃和促進國內市場體系建設、城鄉市場發展的政策；促進城市商業健康、有序發展，指導城市商業網點規劃、商業體系建設和社區商業發展；推進農村市場體系建設和農產品流通體系建設，促進產銷銜接；規範商業領域投資市場準入程序，推進各類商品市場建設，參與指導國內期貨市場發展；按規定對汽車流通行業進行監督管理。
（八）流通業發展處
建設完善涉及國內貿易市場組織體系，促進市場主體發展，推廣現代流通方式；擬訂流通業發展的政策措施，推進流通標準化和流通行業科技進步；推動連鎖經營等現代流通方式發展，負責商業特許經營相關工作；推動商貿流通中小企業發展，促進商貿物流體系新興業態發展；負責流通領域安全生產管理工作；促進指導流通領域節能降耗和再生資源回收工作；按規定對拍賣、典當、租賃、舊貨流通、免稅商店等特殊流通行業進行監督管理。 （九）市場運行與消費促進處（四川省繭絲綢協調辦公室）
建設完善涉及國內貿易市場調控體系，負責內貿行業統計、市場統計檢測調控和重要商品流通管理，穩定市場，擴大消費；監測分析市場運行和商品供求狀況，調查分析商品價格信息和行業發展狀況，進行市場預測預警和信息引導；組織實施重要消費品市場調控，建立健全生活必需品市場供應應急管理機制，按職責負責重要消費品（肉類、食糖、邊銷茶、小包裝食品等）儲備管理；負責重要商品流通管理及行業協調，承擔“菜籃子”商品供應、繭絲綢流通等協調工作；統籌商務領域消費促進工作，提出相關工作措施和政策建議。
（十）國際經貿關系處（臺港澳處）
協調對外經貿合作工作，研究提出促進多雙邊（含區域、自由貿易區）經貿合作對策建議；組織對香港、澳門特別行政區和臺灣地區的經貿交流與合作；負責多雙邊對我省無償援助和贈款（不含財政合作項目下外國政府對我省的贈款）；承擔廳機關並指導商務系統外事聯絡工作，管理商務因公出國（境）事宜，承辦重要商務外事活動；承擔商務涉外宣傳工作。
（十壹）對外貿易運行處（四川省機電產品進出口辦公室）
擬訂進出口貿易發展戰略和中長期規劃；研究提出加快對外貿易發展的政策措施並組織實施；承擔重要工業品、原材料和重要農產品進出口總量計劃的組織實施；會同有關部門協調大宗進出口商品，管理進出口商品配額及許可證；指導協調對外貿易信用體系建設和標準化建設；負責對外貿易統計工作；監督管理進口機電產品國際招標；建立並完善產業安全預警機制，開展產業競爭力調查、指導協調產業安全應對工作；負責兩用物項和技術進出口的監管。
（十二）對外貿易發展處
指導、協調對外貿易促進體系建設；研究境外目標市場，指導赴境外各種經貿交易會、展覽會、洽談會等貿易促進活動，推進對外貿易發展方式轉變；負責加工貿易指導、管理和服務，協調出口加工區的業務工作；負責貿易便利化，指導協調對外貿易運輸業務；負責對外貿易隊伍建設；培育形成以技術、質量、品牌、服務為核心競爭力的出口新優勢。
（十三）服務貿易與商貿服務業處
擬訂服務貿易和服務外包發展規劃，研究提出促進技術貿易和服務出口、服務外包的政策措施並組織實施；承擔技術引進和出口工作，負責服務貿易促進和統計工作，推動服務外包平臺建設；承擔商貿服務業（含餐飲業、住宿業）行業管理工作；負責會展業促進與管理工作；負責國際貨代工作。
（十四）外國投資管理處
指導外商投資管理工作，研究我省外商投資現狀及發展趨勢；參與擬訂利用外資發展規劃並組織實施，負責外商投資統計；依法監督外商投資企業執行有關法律法規規章、合同章程的情況，指導外商投資企業增資工作；指導外商投資企業履行社會責任並協調解決有關問題。
（十五）外國投資促進處
負責外商投資促進工作，擬訂外商投資促進中長期規劃和利用外資、改善投資環境的政策措施並組織實施；牽頭外資並購工作；建立利用外資項目庫和資源庫，跟蹤促進重大外資項目；規範對外招商引資活動，協調組織跨區域大型投資促進和外資政策宣傳，建立和完善多層次的投資促進工作網絡體系；承擔與境外投資促進機構及商會、協會的聯系與交流；指導協調省內國家級經濟技術開發區的有關工作。
（十六）對外經濟合作處
擬訂並執行對外經濟合作政策，依法管理和監督對外投資、對外承包工程、對外勞務合作、設計咨詢等對外經濟合作業務，指導對外承包工程項目帶動成套設備出口；擬訂公民出境就業管理政策，承擔外派勞務和赴境外就業人員的權益保護工作；管理承擔的國家對外援助任務。
（十七）電子商務與信息化處
擬訂電子商務發展規劃，擬訂推動企業信息化、運用電子商務開拓國內外市場的相關政策措施並組織實施，推動電子商務的應用和發展；負責商務系統信息化建設；承擔廳電子政務、政府網站及辦公自動化管理工作。
（十八）財務處
研究提出促進商務發展的財稅、金融等政策建議；監督管理各項商務發展專項資金；負責廳機關財務、資產管理和基本建設工作；指導監督直屬事業單位財務管理、資產管理和基本建設工作；負責定點扶貧和對口支援工作。
（十九）審計處
負責廳屬單位財政財務收支、資產、負債、所有者權益以及固定資產投資項目審計監督工作；承擔廳屬單位主要領導幹部任期經濟責任審計、部門預算執行及內控制度建設的審計評價工作；牽頭組織廳機關和廳屬事業單位基本建設工程造價結算審核工作；承擔商務重大項目專項審計工作；指導行業審計工作。
（二十）人事教育處
承擔廳機關和直屬事業單位的機構編制、人事管理、教育培訓等工作；指導商務人才隊伍建設；負責出國人員政審和遴選推薦駐外商務機構工作人員。
（二十壹）離退休人員工作辦公室
負責廳機關和原省外經貿廳離退休人員工作，指導商業離退休人員工作處、物資離退休人員工作處和直屬單位的離退休人員工作。
（二十二）商業離退休人員工作處
負責原省流通行業辦公室、省食品工業協會管理的離退休人員工作。
（二十三）物資離退休人員工作處
負責原省物資集團管理的離退休人員工作。