1、壹般納稅人銷售藥品按照17%稅率征收增值稅，可以抵扣進項稅額；
2、小規模納稅人銷售藥品按照3%征收率征收增值稅，不得抵扣進項稅額。
納稅人銷售藥品開具增值稅發票（包括增值稅專用發票和增值稅普通發票），必須按照其實際稅率17%或者征收率3%開具，增值稅專用發票和增值稅普通發票是壹樣的。增值稅專用發票有四個聯次和七個聯次兩種（不含存根聯則為三個聯次和六個聯次），第壹聯為存根聯（用於留存備查），第二聯為發票聯（用於購買方記賬），第三聯為抵扣聯（用作購買方扣稅憑證），第四聯為記賬聯（用於銷售方記賬），七聯次的其他三聯為備用聯，分別作為企業出門證、檢查和倉庫留存用。普通發票則只有三聯，第壹聯為存根聯，第二聯為發票聯，第三聯為記賬聯。
開發票的方法如下：
1、稅務代開。當部分法人單位或個人沒有開發票的資格，可以前往稅務局開具發票，這就是稅務代開。主管稅務機關代開時要求現場繳稅，如果發票作廢稅款退回流程復雜、周期長，因此應認真核查開票信息及客戶的開票需求；
2、自行開票。企業註冊完成後可以申請稅控和發票，擁有開發票的資格。之後公司再配備電腦和針式打印機設備，就可以開始自行開票了。壹般建議只要公司有業務收入，就要盡早申請開票資格，自行開票。
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第四條 除本條例第十壹條規定外，納稅人銷售貨物、勞務、服務、無形資產、不動產（以下統稱應稅銷售行為），應納稅額為當期銷項稅額抵扣當期進項稅額後的余額。應納稅額計算公式為應納稅額=當期銷項稅額－當期進項稅額。當期銷項稅額小於當期進項稅額不足抵扣時，其不足部分可以結轉下期繼續抵扣。
第十壹條 小規模納稅人發生應稅銷售行為，實行按照銷售額和征收率計算應納稅額的簡易辦法，並不得抵扣進項稅額。應納稅額計算公式為應納稅額=銷售額乘以征收率。小規模納稅人的標準由國務院財政、稅務主管部門規定。