在衛生部領導下，在中國微生物菌種保藏委員會指導下，設下列醫學微生物菌種保藏管理中心：
中國醫學真菌菌種保藏管理中心：由中國醫學科學院皮膚病防治研究所負責。
中國醫學細菌菌種保藏管理中心：由衛生部藥品生物制品檢定所負責。
中國醫學病毒菌種保藏管理中心：由中國預防醫學中心病毒學研究所負責。
保藏管理中心的任務是：
（壹）負責本門類微生物菌種的選擇、收集、鑒定、保藏、交換和供應；
（二）開展菌種分類、鑒定及保藏管理的研究；
（三）組織學術交流和經驗交流；
（四）辦理國內外菌種交換；
（五）編制保管的菌種目錄。
保藏管理中心下設專業實驗室，承擔全國性的業務工作。專業實驗室對其直接領導機構和保藏管理中心負責，並定期向管理中心匯報工作情況。其具體任務是：
（壹）負責本專業有關微生物菌種的選擇、收集、鑒定、保藏、交換和供應；
（二）承擔本專業有關疑難菌種鑒定；
（三）開展有關菌種分類、鑒定、保藏的研究，包括新技術、新方法的研究和應用；
（四）辦理對外交流和交換菌種。
各專業實驗室科研技術人員的編制和經費由所屬主管部門負責。
生物制品生產、檢定用的菌種按“生物制品生產、檢定用菌種、毒種管理規程”執行，統壹由衛生部藥品生物制品檢定所辦理。第二條 菌種的分類
菌種的分類根據其危險性決定（包括實驗室感染的可能性，感染後發病的可能性，癥狀輕重及愈後情況，有無致命危險及有效的防止實驗室感染方法，用壹般的微生物操作方法能否防止實驗室感染、我國有否此種菌種及曾否引起流行、人群免疫力等情況）。依其危險程度的大小，我國的菌種分為四類。
壹類：實驗室感染的機會多，感染後發病的可能性大，癥狀重並能危及生命，缺乏有效的預防方法，以及傳染性強，對人群危害性大的烈性傳染病，包括國內未發現或雖已發現，但無有效防治方法的烈性傳染病菌種。如：
鼠疫耶爾森氏菌、霍亂弧菌（包括EL－tor弧菌）；
天花病毒、黃熱病毒（野毒株）、新疆出血熱（克裏米亞剛果出血熱）病毒、東、西方馬腦炎病毒、委內瑞拉馬腦炎病毒、拉沙熱（Lassa）病毒、馬堡（Marburg）病毒、埃波拉（Ebola）病毒、猴皰疹病毒（猴B病毒）；
粗球孢子菌、莢膜組織胞漿菌、杜波氏組織胞漿菌。
二類：實驗室感染機會較多、感染後的癥狀較重及危及生命，發病後不易治療及對人群危害較大的傳染病菌種。如：
土拉弗郎西絲氏菌、布氏菌、炭疽芽胞菌、肉毒梭菌、鼻疽假單胞菌、類鼻疽假單胞菌、麻風分枝桿菌、結核分枝桿菌；
狂犬病病毒（街毒）、森林腦炎病毒、流行性出血熱病毒、國內尚未發現病人在國外引起腦脊髓炎及出血熱的其它蟲媒病毒、登革熱病毒、甲、乙型肝炎病毒；
各種立克次體（包括斑疹傷寒、Q熱）；
鸚鵡熱、鳥疫衣原體、淋巴肉芽腫衣原體；
馬納青黴、北美芽生菌、副球孢子菌、新型隱球菌、巴西芽生菌、煙曲黴、著色黴菌。
三類：僅具有壹般危險性，能引起實驗室感染的機會較少，壹般的微生物學實驗室采用壹般實驗技術能控制感染或有對之有效的免疫預防方法的菌種。如：
腦膜炎奈瑟氏菌、肺炎雙球菌、葡萄狀球菌、鏈球菌、淋病奈瑟氏菌及其它致病性奈瑟氏菌、百日咳博德特氏菌、白喉棒桿菌及其它致病性棒桿菌、流感嗜血桿菌、沙門氏菌、誌賀氏菌、致病性大腸埃希氏菌、小腸結腸炎耶爾森氏菌、空腸彎曲菌、酵米面黃桿菌、副溶血性弧菌、變形桿菌、李斯特氏菌、銅綠色假單孢菌、氣腫疽梭菌、產氣莢膜梭菌、破傷風梭菌及其它致病梭菌；
鉤端螺旋體、梅毒螺旋體、雅司螺旋體；
乙型腦炎病毒、腦心肌炎病毒、淋巴細胞性脈絡叢腦膜炎病毒以及未列入壹、二類的其它蟲媒病毒、新必斯（Sindbis）病毒、濾泡性口炎病毒、流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腮腺炎病毒、麻疹病毒、脊髓灰質炎病毒、腺病毒、柯薩奇（A及B組）病毒，艾柯（ECHO）病毒及其它腸道病毒、皰疹類病毒（包括單純皰疹、巨細胞、EB病毒水痘病毒）、狂犬病固定毒、風疹病毒；
致病性支原體；
黃曲黴、雜色曲黴、梨孢鐮刀菌、蛙類黴菌、放線菌屬、奴卡氏菌屬、石膏樣毛癬菌（粉型）、孢子絲菌。
四類：生物制品、菌苗、疫苗生產用各種減毒、弱毒菌種及不屬於上述壹、二、三類的各種低致病性的微生物菌種。
對通過分子生物學方法產生的新菌株，應按其原始親本中的最高類別對待。
不允許進行兩個菌株完整基因組的重組試驗。