菏澤市醫療保障局是菏澤市機構改革新組建的部門，是菏澤市人民政府工作部門。
（壹）負責擬訂全市醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的政策、規劃、標準並組織實施。
（二）負責制定全市醫療保險費征繳和轉移接續、個人賬戶劃轉辦法並監督實施。
（3）監督管理全市醫療保險基金，建立健全醫療保險基金安全防控機制，推進醫療保險基金支付方式改革。
（4）組織擬訂全市醫療保險籌資和待遇政策，完善動態調整和區域調劑平衡機制，整合城鄉醫療保險待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制。健全大病保險制度，推進長期護理保險制度改革。
（5）組織制定城鄉統壹的醫保藥品、醫用耗材、醫療服務項目和醫療服務設施目錄及支付標準，建立動態調整機制，制定醫保目錄談判準入規則並組織實施。
（六）組織擬訂全市藥品、醫用耗材價格和醫療服務項目、醫療服務設施收費標準等政策，建立醫保支付醫療服務價格合理確定和動態調整機制，推動建立以市場為主導的社會辦醫價格形成機制，建立價格信息監測和信息發布制度。
（七）制定全市藥品、大型醫用設備和醫用耗材招標采購政策並監督實施，指導藥品、醫用耗材集中采購平臺建設。
（八）擬訂全市定點醫療機構協議付費管理辦法並組織實施，建立健全醫療保險信用評價體系和信息披露制度，監督管理納入醫療保險支付範圍的醫療服務項目和醫療費用，規範醫療保險經辦業務，依法查處醫療保險領域違法違規行為。
（九）負責全市醫療保險管理、公共****、服務體系和信息化建設，組織制定和完善異地就醫管理和費用結算政策。開展醫療保險領域的對外合作與交流。
（十）完成市委、市政府交辦的其他任務。
（十壹）職能轉變。按照黨中央、國務院關於轉變政府職能、深化放管服改革的決策部署，認真落實省委、省政府和市委、市政府深化 "壹次辦好 "改革的要求，組織推進本系統政府職能轉變，完善全市統壹的城鄉居民基本醫療保險和大病保險制度、完善醫保 籌資和報銷調整機制，實行按病種付費為主的復合型付費方式，建立覆蓋城鄉的全方位多層次醫療保障體系，確保醫保基金合理使用、安全可控，按照職責分工推進醫療、醫保、醫藥 "三醫聯動 "改革，更好地保障人民群眾看病就醫需求，努力減輕政府醫療費用負擔。
（十二）與市衛生計生委的職責分工。市衛生健康委、市醫保局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。