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林肯4月14日晚在劇院看戲時被刺，第二天早上去世。兇手約翰·威爾克斯·布斯是壹個同情奴隸主的表演者。長期以來，他壹直是壹個憎恨黑人、同情奴隸制的人。他曾說:“這個國家是為白人而建的，不是為黑人而建的”，他把奴隸制描述為“上帝給予壹個他所愛的國家的最大福利”。布斯在內戰期間是壹名隱蔽的反革命分子。在演戲時，他從事破壞革命的犯罪活動。他曾幫助走私者將矽和其他毒品運往南方，並說:“我敢在那天發誓:我的靈魂，我的生命，我的財產都在南方。”1865年初，布斯和他的四個同夥秘密計劃將林肯作為人質，然後與政府談判，用林肯交換北方監獄的邦聯囚犯。因為沒有機會做，這個陰謀流產了。1865年4月11日，布斯偷偷溜進白宮庭院，無意中聽到林肯談論他打算將選舉權給予曾在軍隊服役的有知識的有色人種。此時，他甚至產生了謀殺林肯的惡毒想法。
布斯的決定也是南方叛軍報紙和北方“銅頭蛇”報紙多年宣傳倡導的結果。觀察家杜克·拉斯基(Duke Laszki)在日記中寫道:“在整個反叛地區，報紙煽動林肯被謀殺已經有好幾年了。幾年來，壹些北方報紙，作為北方銅斑蛇、奴隸販子和叛徒的福音書，指責林肯是暴君，蘇厄德是他的忠實追隨者。憤怒的惡棍犯下的謀殺和屠殺是這些(報紙)煽動的結果。”
布斯殺害林肯強烈地表明，和所有反動階級壹樣，南方的種植園主及其北方的走狗是不願意失敗的，他們在戰場上失敗後還會繼續搗亂。同時，林肯遇刺給革命人民留下了慘痛的歷史教訓:革命者任何時候都不能喪失警惕，必須堅決鎮壓反革命分子。