我國醫療企業供應鏈中存在運營效率較低，市場規模較小、數量眾多、集中、集聚率低等問題，而且供應鏈企業之間的信息、資金、交流不暢，使得藥品供應鏈在長期以來都存在混亂現象，從計劃與采購、入庫與保管、藥房藥品領用及發藥以及患者用藥後的不良反應的處理等各個方面，藥品供應管理都有著很多的缺陷。
藥品供應鏈現狀分析
1，醫藥流通的渠道混亂，不易監管
我國的醫藥流通渠道主要涉及到醫藥產品生產廠家、批發商、零售商、患者等幾個方面，表面看起來只有幾個參與單位，但是，卻可以變幻出幾種不同的藥品供應鏈模式。如醫藥生產商-批發商-零售商-患者。再如醫藥生產商-零售商-患者。有些會省去部分環節。這些不同的渠道，給監管部門增加了監管難度，同時對於患者自身的使用方便也產生了壹定的障礙。
2，供應鏈涉及面多 目前的醫藥供應鏈裏，從原料供應商、藥品生產商到批發商，然後是零售商，最終到達醫院或者藥店。壹方面造成了價格的不統壹，另壹方面在產品供應、質量保證等方面也存在隱患。3，醫藥供應鏈成本高
從藥品原料進入生產車間到制成藥品，這中間的費用成本很低，但是藥品在到達患者手中過程中的流通費用可以占到總成本的壹大部分。雖然醫藥生產企業及各級批發商、零售商表面看起來沒有受到什麽損失，但是從隱性意義上說，患者對於高藥價所產生的抵觸抗拒情緒間接的影響到了藥品生產企業及各級流通企業的利益。
目前的醫藥供應鏈中存在的問題
1，庫存問題 醫藥供應采購模式中，各級批發商零售商都是根據自己的市場了解狀況決定自己的庫存，沒有形成壹個有序高效的庫存模式。並且相互之間由於缺乏有效的信息***享，很難實現壹個藥品資源的有效配置。
2，風險問題
由於涉及了很多的批發商、零售商，各家在運輸條件、貯藏設備等方面存在差異，因而，在保證同樣的產品出廠後仍然保持相同的品質方面有難度。而藥品作為關於患者性命的特殊商品，對於質量的要求是很高的。因為監管難度的增加使得藥品在到達患者手中之前的風險系數壹再提高。
3，采購成本問題
在多級批發商、零星分布的藥店及醫院藥房裏，由於“各自為政”，相互之間信息不***享等原因，加之在藥品采購過程中，生產商、供應商需要進行必須的談判、手續落實等情況，都使得藥品物流成本增加了，進而影響到采購成本。
4，醫患問題
藥品作為特殊的消費品，在涉及到經濟利益時，往往會有不法行為發生。醫生作為專業的技術知識掌握者，可以利用這種優勢來謀取自身利益的最大化，因而在給患者開藥中，經常出現濫用抗生素、使用昂貴的替代藥品等現象，給患者造成肉體上的痛苦不說，還會造成經濟上的損失。
醫藥供應鏈發展趨勢 在國內醫藥改革的大背景下，未來醫藥商業公司可能就是配送公司+信息公司+融資公司，在新的政策和市場環境下，物流定位越清晰明確，戰略落地才能更為快速有力。
1. 物流集中度、專業化進壹步提升 由於“兩票制”實施後藥品生產企業需要直接面對省級甚至地市級商業公司，管理難度隨之加大，因此生產企業更願意選擇與有實力的集團型商業公司合作，導致諸多中小型醫藥企業退出市場或加入集團性商業企業，由此行業集中度將會大幅提升，從而推動供應鏈高效協同，爭取更多的市場份額。隨著“兩票制”推進，流通企業要主動為上遊生產企業提供更好的服務與便利，推動供應鏈高效協同。 2. 物流網絡運營 國家醫藥政策、市場環境對醫藥物流提出了更多的要求，如銷售規模擴張對庫容的挑戰；全國各地藥監部門對醫藥倉儲配送質量提出更高的要求；藥品零差率、上下遊終端將進壹步壓縮醫藥流通企業利潤，迫使企業要進壹步提高資金使用效率；越來越多的外圍競爭者湧入醫藥商業，在保障醫藥供應的基礎上對藥品配送效率提出更高的要求等。隨著市場及政策的變化，物流網絡扁平化及多倉壹體化是大勢所趨。
3. 醫藥公司職能轉型 從關系維護、渠道拓展、政策爭取、墊資、收款、物流配送，逐步向營銷服務、藥事管理、健康服務、物流專業配送等轉型，以客戶為中心的服務意識、理念將逐步加強，行業整體服務水平將得到明顯提升。對於相對封閉、保守的醫藥流通行業，雖然醫藥物流有其特殊性和專業性，但是隨著社會物流能力的逐步提升，醫藥企業需要以更加開放、***享、包容的心態積極融入到大的社會專業物流體系裏去，利用社會化資源、合資等方式，只有這樣才能降低物流成本，提高物流服務能力。如順豐通過收購四川壹家具有GSP資質的企業，在四川、廣東建設現代醫藥物流中心，力圖進入醫藥物流行業。
4.物流自動化和現代化水平提升 目前除了幾家大型醫藥商業企業物流網絡、規模、能力、信息化水平較好外，行業整體物流現狀與能力不容樂觀，普遍存在對物流的核心競爭力認識不足，重視度不夠的情況。伴隨著去中心化、互聯網體驗經濟的沖擊，物流信息技術，特別是移動互聯網、大數據、雲計算等技術應用水平將大幅度提升，行業發展將充分依賴信息化技術實現物流全程可視化、可控、可管理和可追溯。