根據上述職責，市衛生局設12個內設機構：
（壹）辦公室。
組織綜合性政策調研，擬訂衛生重大政策；負責綜合協調、督辦督查、會議組織、文電管理、綜合信訪、衛生信息、檔案管理、安全保衛、史誌編撰、政務公開、後勤事務管理工作。
（二）人事科。
擬訂全市衛生人才發展規劃並組織實施；負責機關、直屬單位機構編制、人事管理、社會保險工作；參與有關部門實施衛生系列高級專業技術職務推薦評審；組織衛生專業技術人員專業知識能力考試；負責醫師資格認定管理工作；組織開展衛生系統管理幹部相關培訓；承擔衛生系統全市性表彰工作；管理衛生系統業務目標工作。
（三）規劃財務審計科。
擬訂全市衛生事業中長期發展規劃和專項建設規劃，指導區域衛生規劃工作；統籌規劃與協調全市衛生資源配置；協調有關部門擬訂衛生事業發展的經濟政策和財務管理方面的規章制度並監督執行；擬訂全市衛生系統基本建設年度計劃並組織實施；負責全市醫療技術信息工作；負責大型醫用設備配置管理，管理全市藥品、醫療器械、醫用耗材的集中招標采購工作；提出衛生服務、藥品價格、基本醫療保險費用等政策建議，監督衛生服務價格；負責機關及直屬事業單位部門預算、醫療衛生資金、基建投資和專項資金的管理及經費報賬工作；監督管理機關和直屬事業單位國有資產；負責衛生系統內部審計工作。
（四）法規與衛生執法監督科。
擬訂衛生法制建設規劃，起草地方性法規、規章草案；組織擬訂衛生政策和標準；負責衛生聽證、行政應訴工作；負責市衛生局有關規範性文件的合法性審核工作；承擔衛生法制宣傳教育工作；負責職業衛生、放射衛生、學校衛生、保健用品和生活飲用水及涉水衛生安全產品等監督管理工作；負責衛生監督隊伍綜合協調工作，組織開展衛生監督員培訓；指導規範衛生行政執法工作，組織查處違法行為，整頓和規範醫療服務市場;督辦重大醫療衛生違法案件查處工作。
（五）市突發公***衛生事件應急指揮中心辦公室（食品安全綜合協調科與其合署）。
負責指導協調全市衛生應急工作；擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度預案和措施；指導和組織開展突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；建立與完善衛生應急信息和指揮系統；組織開展衛生應急科學研究和應急知識教育。
參與起草市政府食品安全監管規範性文件草案，擬訂食品安全地方標準、食品生產經營企業的衛生條件和衛生規範、食品安全檢驗機構資質認定條件和檢驗規範；依法組織開展對食品安全重大事故的查處工作；承擔食品安全監測、風險評估和預警工作；負責重大食品安全信息的管理。
（六）疾病預防控制科（保健科與其合署）。
擬訂全市重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施；完善重大疾病防控體系，預防和控制疾病的發生和疫情的蔓延；依法管理傳染病、地方病和慢性病的防治工作，開展疾病常規監測和預警監測；管理法定傳染病疫情信息；承擔市防治艾滋病委員會辦公室、市地方病防治領導小組辦公室、市計劃免疫協調領導小組辦公室的日常工作;負責健康教育與健康促進工作。
負責市委保健委員會確定的保健對象的醫療保健和預防保健工作；負責在我市召開的國際性、國家、省和市重要會議、重大活動的醫療保健工作；承擔黨和國家領導人、高級內外賓來大慶醫療保健和衛生防疫工作；指導檢查幹部門診、病房醫療保健工作；負責市委保健委員會的日常工作。
（七）婦幼保健與社區衛生科（農村衛生管理科與其合署）。
負責婦幼衛生、社區衛生工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；依法對婦幼保健和生殖健康專項技術、衛生系統計劃生育技術服務實施監督管理；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；負責母嬰保健技術服務執業許可;負責婦幼保健機構等級評審和出生醫學證明的管理；負責制定婦幼保健、社區衛生機構建設、人員崗位、技術服務和信息規範並組織實施；擬訂社區衛生服務體系建設規劃並指導實施；制定社區公***衛生服務項目考核標準，組織開展社區衛生服務機構標準化建設。
擬訂全市農村衛生事業發展規劃，指導農村衛生基礎設施建設與管理；擬訂農村基本衛生保健規劃並組織實施；負責新型農村合作醫療的綜合管理工作；組織擬訂新型農村合作醫療制度政策並組織實施；參與規劃並指導農村衛生服務體系建設；指導實施農村初級衛生保健、農村衛生人才培養、衛生支農等工作；指導鄉村醫生執業註冊與相關管理工作。
（八）醫政科（醫療服務監管科與其合署）。
負責對醫療機構分級管理評審；負責對醫療機構執業許可證的審定、發證及校驗工作；負責醫師執業資格考試和執業註冊、護士執業考試報名資格預審及執業註冊和外籍醫師在華短期執業註冊；審核醫療廣告內容；監管新藥臨床試驗和臨床藥品不良反應；協助有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護；負責麻醉藥品、壹類精神藥品購置審批工作。
負責醫療機構醫療服務的監管工作。監督醫療機構的醫療質量和服務質量；依法監督管理醫療機構、血站采供血及臨床用血質量；負責醫療事故技術鑒定委托及處理工作；承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（九）藥物政策與基本藥物制度科。
擬訂全市國家藥品儲備制度；貫徹執行國家和省基本藥物制度，組織和監督醫療衛生機構實施藥品法典和國家基本藥物目錄；負責醫務人員使用基本藥物培訓；分析基本藥物制度實施後產生的影響，提出應對方案。
（十）科技教育科。
擬訂全市醫學科技、醫學教育發展規劃並組織實施；組織督導醫學科研項目的實施；指導醫學科技成果推廣應用和科學知識普及工作；組織指導衛生技術人員崗位培訓工作；組織開展繼續醫學教育、畢業後醫學教育工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全管理工作；承擔衛生信息化建設工作。
（十壹）中醫科。
負責組織實施國家、省在醫療保障制度、區域衛生規劃、社區衛生服務、農村合作醫療等總體部署中中醫行業承擔的任務；擬訂中醫工作發展規劃並組織實施；負責中醫、中西醫、民族醫醫療機構的設置、審批、校驗、等級評審和監督管理；指導醫療機構中的中醫工作；負責中醫從業人員執業資格考核、水平能力考試和培訓；負責中醫醫療糾紛的調解和處理工作；負責中醫醫療廣告的初審和監督管理。
（十二）市愛國衛生運動委員會辦公室。
擬訂全市愛國衛生工作規劃並組織實施；組織開展愛國衛生各項工作，依據標準、方案進行監督檢查和考核評價；提出工作目標，組織協調市愛國衛生運動委員會各成員單位工作。
黨委辦公室。按黨章規定設置。負責衛生系統所屬單位的班子建設、基層組織建設、精神文明建設、衛生文化建設、思想政治工作、統戰、老幹部管理、婦女、工會和***青團工作；協助市委組織部考核管理所屬單位領導班子，管理市直醫院組織、人事、紀檢、監察、勞資、財務、審計、醫務、護理、科教等十個崗位的正科級幹部 及副處級單位的黨政班子副職幹部 ，管理機關及所屬單位的科級幹部；負責所屬單位黨組織換屆選舉工作（副處級以上黨組織的建立、換屆的人事安排意見須報市委審批）；完成衛生系統黨委（黨組）交辦的其他工作。
紀檢監察室。按紀檢監察規定設置。貫徹執行黨和國家關於紀檢、監察工作的方針、政策和規定，管理衛生系統黨風廉政建設工作。制定黨風廉政建設規劃並實施；檢查處理違反黨紀案件，申報需要黨委和上級紀委批準的案件；負責衛生系統行風建設工作，檢查醫務人員職業道德規範執行情況；受理個人和單位對監察對象的檢舉控告，受理監察對象不服黨紀、政紀處分的申訴；負責衛生系統的執法監察和效能監察，開展懲防體系建設及源頭治腐專項工作；對衛生系統重點項目及重大事項進行紀律監督；負責監督全市醫療衛生單位藥品收支兩條線、藥品集中招標采購、大中型醫療器械集中招標采購工作 。