黨委辦公室
負責市委相關會議精神貫徹情況的督辦工作；負責領導批示、黨委重點工作和局黨委常委會決定事項、領導交辦工作的落實、督辦及回復工作；負責黨委有關工作的部署、調研和協調；負責局黨委常委會的籌備、記錄和會議紀要；負責局領導班子民主生活會記錄；負責上級對口部門視察、調研衛生相關工作和出席相關會議的安排、接待、聯絡等工作；負責黨建工作會議及相關部門以黨委名義召開的重要會議、重大活動的籌備；負責局系統保密工作；負責黨委工作群眾信訪；負責局黨委重要文稿、領導講話的起草、審核和工作計劃、總結起草工作；負責編發衛生信息；負責對以局黨委名義上報市委文稿的初審工作，負責審修黨委職能部門文稿；負責機要文件管理、文秘工作；負責完成領導和上級有關部門交辦的其他工作。
組織處
負責直屬單位領導幹部和機關副處級以上幹部的選拔、任免、考察、考核、交流、管理及培訓工作，提出調整、配備、任免、交流等建議；負責後備幹部的選拔、考察、培養工作；負責制定處級幹部及後備幹部的教育培訓工作計劃，並組織實施；負責指導、監督直屬單位幹部選拔任用工作；負責基層單位黨的組織建設和黨員教育管理工作；負責人才隊伍建設的牽頭抓總和協調工作；負責政工系列職稱評審與管理工作；負責黨費管理工作；負責完成領導和上級有關部門交辦的其他工作。
辦公室
負責擬訂全市衛生事業發展規劃、計劃，協調全市衛生行業管理；協助局領導處理機關日常政務；負責政策調研、督辦、檢查；綜合協調機關各項事務；負責局機關的公文處理和重要文件起草工作；制定局機關各項工作制度，負責會議的組織、落實。負責文秘、機要、檔案、統計、信息、新聞發布、信訪及機關財務、後勤工作。
政策法規處
負責天津市衛生事業中重大問題的調查研究；組織起草重要文稿；綜合提出有關衛生工作的方針、政策的實施意見，負責本局規範性文件的審核；起草天津市衛生法規、規章；組織衛生行業開展法制宣傳。
醫政處
實施醫療機構管理法規，依法對全市二、三級醫院進行監督管理；擬定醫療機構質量標準及服務標準並進行檢查；負責全市急救網絡的管理，推進我市醫療急救工作；負責醫院醫療新技術引進的核準工作；部署殘疾人的康復工作，並實施督促檢查；負責醫療糾紛的防範及處理工作；負責對重大突發性傷亡事件組織緊急搶救及治療；負責外地轉診病員的審批工作；負責制定天津市獻血規劃和年度獻血計劃；對全市獻血工作實行目標管理並進行監督考核；負責組織協調獻血工作和無償獻血宣教工作；負責血站及站外采血點的審批；制定並實施獻血、采血、供血、用血的有關管理制度和技術規範，並進行監督管理；負責本市和外省市的血液調劑；促進臨床用血新技術的研究和推廣；負責無償獻血專項資金。
疾病控制處
擬定傳染病、寄生蟲、職業病的防治規劃並組織實施；對重大疫情和自然災害，組織技術力量緊急處置；防止、控制疫情、疾病的發生和蔓延；提出和組織實施重點非傳染性疾病防治規劃；負責慢性病預防與控制工作；制定人群防治策略和幹預對策；負責擬訂地方病防治規劃，組織協調社會有關部門參與地方病預防與控制工作。
衛生執法監督處
負責擬訂職業、食品、學校、環境、放射、化學、保健品衛生及傳染病防治等法律、法規的實施規劃並組織落實；負責全市衛生許可證的管理工作和市管單位發放衛生許可證和審批工作；負責大型食物中毒、食品汙染和公***衛生突發事件進行調查處理；負責對全市公***衛生進行監督指導。
中醫處
實施國家有關中醫藥法律、法規，落實中醫藥方針、政策；擬定本市中醫發展規劃和年度計劃，並組織實施；起草本市有關中醫工作法規、部門規章，制定相關管理辦法及工作標準；指導和管理全市中醫、中西醫結合醫療機構；負責全市中醫、中西醫結合醫療機構設置審批，變更項目與註銷，技術項目準入審批；負責執業及助理執業醫師的考核工作；負責中醫醫療廣告審批；負責組織中醫、中西醫結合科研規劃，科研成果鑒定、獎勵及推廣；負責中醫、中西醫結合科研實驗室等級評審。
衛生應急辦公室
依法擬訂本市自然災害、事故災害、公***衛生和社會安全事件應急預案；負責制訂衛生應急和突發公***衛生事件工作的政策、計劃、制度和措施；負責對突發公***衛生事件和其他突發事件實施預防控制和現場醫學救援；負責組建與完善公***衛生事件監測和預警系統組織建立突發公***衛生事件應急處置專家庫和應急處置隊伍，組織對疾病控制和醫療救治等應急處置專業人員進行培訓和演練；制定本市應對突發公***衛生事件應急處置的應急藥品和消毒藥械等物資儲備目錄和計劃，並建立物資儲備機制；協調有關部門對重大突發公***衛生事件實施緊急處置；負責對鼠疫、霍亂、傳染性非典型肺炎、人間禽流感等重大傳染病的預防、控制、監測、報告和疫情處置工作；組織開展衛生應急健康教育和科普宣傳活動，指導各區、縣衛生應急工作負責完成領導和上級有關部門交辦的其他工作。
中醫壹處
擬定本市中醫工作相關政策、規劃，並組織實施；負責制訂中醫機構中長期建設項目規劃負責制定本市中醫、中西醫結合科技發展規劃，並組織實施；負責中醫、中西醫結合科研管理工作，負責中醫藥科研實驗室及研究機構的管理；負責受理民間驗方、秘方、獻方驗證工作；負責本市中醫藥人員繼續教育、在職培訓、師承教育工作；負責中醫藥綜述評審工作；負責中醫藥文化的宣傳和普及；負責完成領導和上級有關部門交辦的其他工作。
中醫二處
制訂本市中醫醫療、護理、藥劑管理辦法和醫療技術服務標準，並組織實施；負責本市中醫、中西醫結合醫療機構管理，指導區、縣及其他醫療機構的中醫業務工作；負責中醫醫師執業資格的考試、註冊、變更工作；承擔區域衛生規劃、社區衛生服務、農村合作醫療、初級衛生保健規劃中涉及中醫行業的工作任務；負責中醫、中西醫結合醫療機構新技術、新項目和中醫醫療廣告審批；負責完成領導和上級有關部門交辦的其他工作。
社區衛生處
擬定全市社區衛生發展規劃、政策與服務標準，並組織實施，發展社區衛生服務；推進我市農村合作醫療，負責對全市壹級醫院、企業保健站、社會辦醫機構、鄉村衛生所、鄉醫、個體醫的依法監督管理；負責全市社會辦醫、個體辦醫的管理及其醫療廣告的審批。
婦幼衛生處
組織實施《母嬰保健法》；擬定全市婦幼衛生、優生優育工作發展規劃、政策措施、規章制度、衛生標準，並組織實施；負責制定計劃生育的衛生技術標準，做好計劃生育服務的質量控制和業務指導；負責擬定全市婦女、兒童多發病、常見病防治方案並組織實施；負責全市婦幼保健機構管理等工作。
藥械處
負責全市大型醫用設備配置、應用質量和人員管理；負責擬定衛生行業大型醫用設備配置規劃、配置計劃及衛生系統醫用裝備應用準入，並組織實施；負責全市醫療機構臨床藥學和管理衛生系統藥劑科的業務工作；負責藥品招標采購；參與天津市職工醫療用藥報銷範圍和診療、治療範圍的制定；協調職工醫療保險定點醫療單位有關事宜。
幹部保健處
負責全市離休幹部、現職領導幹部和高級知識分子的醫療、保健工作及搶救會診；負責離休幹部和規定的離休幹部季節性保健工作；負責全市大型活動的醫療保健工作；配合衛生部、中央保健局完成來津黨和國家領導人的保健任務和選派醫務人員為黨和國家領導人醫療會診。
科技教育處
負責擬定全市醫藥衛生科技發展規劃和計劃，並組織實施；負責全市醫學科技基地建設；負責組織衛生行業實施醫學科技招標、新技術引進、學術活動；負責衛生行業科研成果鑒定和認定及請獎、申報的審核、組織工作；負責衛生行業科技成果推廣應用及轉化工作；擬定醫學教育發展規劃；研究提出全市醫學院校辦學方向、規模和專業設置意見。
食品安全綜合協調處
依據職責分工負責食品安全綜合監督和協調工作，參與地方食品安全法規、規章、政策、制度和規劃、計劃的起草工作；依法組織地方食品安全標準的制定、修訂和跟蹤、評價工作，承擔相關國家食品安全標準制定、修訂的有關任務；組織食品安全企業標準備案工作；協調和組織落實國家食品安全風險監測計劃任務，確定本市食品安全風險監測機構和食源性疾病監測醫院，組織制定和實施本市食品安全風險監測計劃方案；依據職責分工負責食品安全信息管理，承擔食品安全信息報告和通報工作；依據職責分工負責食品安全重大事故的調查處理，監督食品安全檢驗機構資質認定條件和檢驗規範的實施；負責完成領導和上級有關部門交辦的其他工作。
外事處
擬定衛生行業對外合作交流的工作制度和管理辦法，並監督實施；管理和組織衛生行業對外合作與交流、外事接待及國際會議；負責援外項目；負責衛生系統出國（境）任務的審批管理；參與衛生系統與外合資、合作項目審批管理。
人事處
擬定全市衛生人才發展規劃、政策，負責全市衛生隊伍建設和專家管理；管理全市衛生專業技術職稱工作、衛生技術工人考核評審及醫師執業資格認定；負責全市衛生專業執業資格考試工作；負責衛生局所屬事業單位的機構和人員編制管理工作；負責衛生系統勞動工資、津貼、福利、獎懲工作；負責衛生局所屬事業單位各類人員引進、使用、流動、退休工作；負責衛生系統人事信息統計工作。
武保處
負責局直屬單位社會治安綜合治理工作、內部治安防範工作，配合公安、檢察機關偵破內部案件；負責局直屬單位政治保衛工作；負責局直屬單位消防安全、交通安全、計算機安全管理工作；負責機關保衛和直屬單位保衛部門建設工作；負責民兵、國防教育、征兵、預備役、武器管理、人民防空工作；負責搶救救災動員、組織工作。
財務物價處
負責擬定衛生行業有關會計制度、財務管理辦法及財務紀律並監督實施；研究建立健全衛生事業補償機制；負責擬定衛生行業體制改革方案；負責衛生經濟信息收集、統計、發布；負責直屬單位衛生事業經費預算、編制計劃；監督各單位的預算執行情況；審批直屬單位國內外貸款安排配套資金的工作；負責直屬單位專項控制商品審批，出國人員用匯管理、國有資產管理；負責擬定醫療衛生服務收費標準和管理辦法；負責局直屬單位和局機關行政事業性收費審批和管理工作；負責醫療衛生服務收費標準的監督、檢查、管理工作。
後勤基建處
負責衛生行業基本建設項目規劃、建設管理和實施；負責衛生局所屬單位事業用房的調配、維護、監督、管理；負責局直屬單位小型基本建設項目審批和管理；負責衛生局直屬單位後勤、車輛、第三產業宏觀管理。
審計處
擬定局直屬單位財務審計工作的政策和規定，並組織實施；負責國有資產保值增值的監督檢查工作；負責對局直屬單位財務管理制度、內部控制制度的監督檢查工作；負責檢查評估局直屬單位資金、財產的使用效益。