食品流通許可證和食品 經營許可證 的區別在於： 流通許可證不包括加工，而經營許可證是合並了衛生許可證和流通許可證。 使用的對象不同，食品流通許可證是做食品批發、零售需要辦理的，而食品經營許可證是包括不需要拿食品生產許可證的小作坊、餐館、糕點鋪和經營批發、零售的商店等。
法律客觀：食品經營許可證與食品流通許可證的區別如下：1、2015年10月1日食藥局發布的《食品經營許可管理辦法》正式實施，食品流通許可證和餐飲服務許可證合並為食品經營許可證。2、食品流通許可證是以前做食品批發、零售需要辦理的，不包括食品加工。食品經營許可證是包括不需要拿食品生產許可證的小作坊、餐館、糕點鋪和經營批發、零售的商店等。3、《食品經營許可證》啟用後，《食品流通許可證》和《餐飲服務許可證》將同時停止發放，仍在有效期內的證書可繼續使用，今後新申請從事食品經營活動和原證到期、變更需換證的，壹律發放《食品經營許可證》。：申請食品經營許可，應當按照食品經營主體業態和經營項目分類提出。食品經營主體業態分為食品銷售經營者、餐飲服務經營者、單位食堂。食品經營者申請通過網絡經營、建立中央廚房或者從事集體用餐配送的，應當在主體業態後以括號標註。食品經營項目分為預包裝食品銷售（含冷藏冷凍食品、不含冷藏冷凍食品）、散裝食品銷售（含冷藏冷凍食品、不含冷藏冷凍食品）、特殊食品銷售（保健食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方乳粉、其他嬰幼兒配方食品）、其他類食品銷售；熱食類食品制售、冷食類食品制售、生食類食品制售、糕點類食品制售、自制飲品制售、其他類食品制售等。列入其他類食品銷售和其他類食品制售的具體品種應當報國家食品藥品監督管理總局批準後執行，並明確標註。具有熱、冷、生、固態、液態等多種情形，難以明確歸類的食品，可以按照食品安全風險等級最高的情形進行歸類。國家食品藥品監督管理總局可以根據監督管理工作需要對食品經營項目類別進行調整