衡陽市食品藥品監督管理局前身為衡陽市藥品監督管理局，始建於2000年4月26日，2001年7月實行省以下垂直管理，正處級，現為省食品藥品監督管理局直屬機構。
內設機構：辦公室，政策法規科，食品安全監察與協調科，藥品註冊安全監管科，藥品市場監督科，醫療器械科，稽查支隊，人事教育科，財務科，監察室，機關黨委。
直屬機構：衡陽市食品藥品檢驗檢測中心和衡陽縣、祁東縣、常寧市、耒陽市、衡東縣、衡山縣、衡南縣、南嶽區食品藥品監督管理局。
根據《中***衡陽市委衡陽市人民政府關於印發〈衡陽市人民政府機構改革方案的實施意見〉 的通知》（衡發〔2010〕3號）和《中***衡陽市委衡陽市人民政府關於衡陽市人民政府機構設置的通知》（衡委〔2010〕4號），設立衡陽市食品藥品監督管理局，為衡陽市人民政府工作部門。 （壹）取消已由衡陽市人民政府公布取消的行政審批事項。
（二）將衡陽市衛生局食品衛生許可，餐飲業、食堂等消費環節（以下簡稱消費環節）食品安全監管和保健食品、化妝品衛生監督管理的職責劃入市食品藥品監督管理局。
（三）將綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責劃給衡陽市衛生局。 （壹）監督實施藥品、醫療器械、化妝品和消費環節食品安全監督管理的政策、規劃；起草相關規範性文件。
（二）負責消費環節餐飲服務許可和食品安全監督管理。
（三）監督實施消費環節食品安全管理規範；開展消費環節食品安全狀況調查和監測工作。
（四）負責化妝品衛生監督管理工作，監督實施化妝品衛生標準和技術規範。
（五）負責藥品、醫療器械行政監督和技術監督，監督實施藥品和醫療器械研制、生產、流通、使用過程的質量管理規範。
（六）負責藥品、醫療器械監督管理和壹類醫療器械產品註冊，監督實施國家藥品、醫療器械標準；組織開展藥品不良反應、醫療器械不良事件監測；配合有關部門實施國家基本藥物制度；組織實施國家處方藥和非處方藥分類管理制度。
（七）組織實施中藥、民族藥監督管理規範，監督實施中藥材生產質量管理規範、中藥飲片炮制規範；依法實施中藥品種保護制度。
（八）監督管理藥品、醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品。
（九）組織查處消費環節食品安全和藥品、醫療器械、化妝品等研制、生產、流通、使用方面的違法違規行為。
（十）指導全市食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和信息化建設工作。
（十壹）開展與食品藥品監督管理有關的交流與合作。
（十二）在職責範圍內，貫徹實施國家和省市食品、醫藥產業政策。
（十三）承辦衡陽市人民政府交辦的其他事項。 根據上述職責，衡陽市食品藥品監督管理局設12個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作及安全、保密、信訪等工作；承擔統計、新聞宣傳、綜合信息管理工作；指導本系統信息化建設；負責有關食品藥品安全突發事件應急管理的組織、指揮和協調工作。
（二）政策法規科。
組織開展有關法律法規的宣傳教育並監督實施；承擔規範性文件的合法性審核工作；承擔行政執法監督工作；承擔行政復議、行政應訴和聽證等工作；組織實施食品藥品執法大檢查；協助食品藥品重大案件、跨地區案件的處理；負責食品藥品執法人員執法證件的核發、變更等有關工作。
（三）餐飲服務監管科。
負責消費環節食品安全監督管理工作；監督實施消費環節食品安全管理規範；承擔消費環節食品安全狀況調查和監測工作；承擔餐飲服務許可管理工作；監督實施餐飲服務許可的有關規範；協助消費環節食品安全重大事故的應急處置和調查處理。
（四）保健食品化妝品監管科。
負責保健食品的監督管理工作；承擔化妝品衛生監督管理工作；監督實施化妝品安全管理規範；承擔化妝品安全狀況調查和監測工作；承擔化妝品衛生許可管理工作；監督實施化妝品衛生許可的有關規範；協助化妝品安全重大事故的應急處置和調查處理；負責保健食品、化妝品廣告的監測工作。
（五）藥品註冊與安全監管科。
監督實施中藥材生產、藥品和直接接觸藥品的包裝材料生產以及醫療機構制劑等質量管理規範；受省食品藥品監督管理局委托，負責轄區內醫療機構制劑調劑使用的審批；負責新藥臨床試驗的監督管理；依法監管醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和藥品類易制毒化學品的生產、使用；依法實施中藥品種保護制度；組織實施藥品不良反應監測工作；指導全市藥品、藥品包裝材料檢驗機構的業務工作。
（六）藥品市場監管科。
監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施處方藥、非處方藥、中藥材、中藥飲片的購銷規則；組織實施處方藥與非處方藥分類管理制度；依法對醫療機構藥品使用實施監督；依法核發《藥品經營許可證》；依法監管醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和藥品類易制毒化學品的經營；負責藥品廣告的監測工作，組織醫療器械、保健食品、化妝品廣告的監測工作；負責互聯網藥品信息服務和交易行為的監督管理。
（七）醫療器械監管科。
監督實施醫療器械標準和醫療器械產品分類管理目錄；監督實施醫療器械研制、生產、流通、使用過程的質量管理規範；推行醫療器械認證制度；組織實施醫療器械不良事件監測工作；依法核發醫療器械生產、經營許可證；負責核發壹類醫療器械產品註冊證；負責醫療器械廣告的監測工作。
（八）規劃財務科。
擬訂全市食品藥品事業發展規劃；擬訂局機關和直屬單位財務管理制度並組織實施；編制局機關和直屬單位經費預算、決算並監督執行；負責局機關日常財務核算工作；負責局機關和直屬單位資產管理和行政事業性收費的監督管理；承擔局機關和直屬單位內部審計工作；承擔局機關和直屬單位基本建設的審核報批工作。
（九）人事教育科。
負責局機關和直屬單位的幹部人事、勞動工資、機構編制管理、離退休幹部管理、職稱和外事行政
等有關工作；制定本地區食品藥品監督管理人員培訓規劃並組織實施；承擔食品、藥品等相關從業人員的教育培訓工作。
（十）稽查辦公室
受理案件舉報和投訴，負責依法查處藥械(含藥品、醫療器械、藥品包裝材料和容器）、保健食品、化妝品和消費環節食品安全方面的違法違規行為案件；組織實施相關人員稽查抽驗計劃；對產品召回進行監督；配合重大案件、跨地區案件的處理；承辦局交辦的其他事項。
（十壹）監察室
在上級紀檢、監察部門和本局黨組的領導下，開展行政監察工作，負責局機關和直屬單位工作人員違紀違規案件的查處工作，配合開展黨風廉政建設的宣傳教育工作。
（十二）機關黨委
負責局機關和局直屬單位黨群工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設置。 市食品藥品監督管理局機關行政編制為38名，其中：局長1名，副局長3名，紀檢組長1名，工會主席1名；正科級領導職數10名（含監察室主任1名），副科級領導職數19名。
機關後勤服務全額撥款事業編制4名。 （壹）派出機構
設立衡陽市食品藥品監督管理局雁峰、石鼓、珠暉、蒸湘分局，加掛雁峰、石鼓、珠暉、蒸湘食品藥品執法大隊牌子，為衡陽市食品藥品監督管理局的派出機構。所需人員從衡陽市衛生監督所連人帶編劃入15名，四個城區按雁峰在職12人，石鼓在職9人、退休2人，珠暉在職9人、退休3人，蒸湘在職10人、退休3人進行劃轉，***計劃轉人員63人，其中在職55人、退休8人。
（二）事業單位
1、衡陽市藥品檢驗所更名為衡陽市食品藥品檢驗檢測中心，加掛衡陽市藥品不良反應監測中心牌子，實行壹個機構、兩塊牌子，為衡陽市食品藥品監督管理局管理的副處級事業單位。
2、保留衡陽市食品藥品監督管理局稽查支隊機構編制，將其設置為衡陽市食品藥品監督管理局管理的正科級事業單位。
以上派出機構和事業單位的機構編制方案另行下達。
（三）保健食品的監督管理由衡陽市食品藥品監督管理局負責，法律法規另有規定的從其規定。
（四）食品生產、流通、消費環節許可工作監督管理的職責分工。衡陽市衛生局負責對國家制定的食品生產、流通環節的衛生規範和條件，以及納入食品生產、流通許可的條件實施監督。衡陽市食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費環節餐飲服務許可的監督管理。衡陽市質量技術監督局負責食品生產環節許可的監督管理。衡陽市工商行政管理局負責食品流通環節許可的監督管理。不再發放食品生產、流通環節的衛生許可證。
（五）藥品流通管理的職責分工。衡陽市商務局是藥品流通行業主管部門，負責研究擬訂藥品流通行業發展的規劃、政策，推進藥品流通行業結構調整，指導藥品流通企業改革，推動現代藥品流通方式的發展。衡陽市食品藥品監督管理局依法負責藥品流通企業的準入管理和藥品流通監管，擬訂藥品流通過程中涉及質量與安全的相關標準並監督實施；配合衡陽市商務局執行藥品流通行業發展規劃和政策。