核定醫院的差額預算補助，以病床數、門診工作量為基礎，並結合承擔的教學、科研任務確定，采用“經費補助與任務掛鉤，壹年壹定”的辦法。
差額預算補助實行預算包幹辦法。
專項補助主要是大型設備購置和大型修繕補助。核定醫院的專項補助，以醫院發展需要和財力可能專項安排，專款專用，實行專項資金追蹤反饋責任制度，不列入預算包幹範圍。第三條 醫院接受上級下達及其他單位委托的工作任務，由上級單位或委托單位撥給的其他專項資金（如專題科研經費、抗震加固款等），要專款專用，不準與醫院的預算撥款或其他專項經費、專用基金互相擠占、挪用。根據“先收後支、量入為出”的原則，應做到收支平衡，不得發生赤字。除上級主管部門或委托單位要求交還結余專項撥款外，完成任務後的結余專項資金可由醫院自主安排，用於發展事業。第四條 醫院進行醫療服務工作，保證業務工作正常開展，需要正確核定壹定數量的周轉金，主要包括：低值易耗品周轉金、藥品周轉金、衛生材料周轉金、其他材料周轉金、結算周轉金。
1．藥品周轉金的核定：
藥品、材料的儲備期壹般不超過3個月。
藥品每日消耗量，以上年度最高兩季度的藥品實際消耗金額為計算基礎（特殊情況除外）。
計算公式：
藥品周轉金＝上年度藥品平均每日消耗定額×計劃儲備天數×（1＋計劃年度醫療任務增減幅度％）
低值易耗品、衛生材料、其他材料周轉金的核定方法與藥品相同。
2．結算周轉金的核定：
結算周轉金的核定數額，壹般根據上年的各類應收款和暫付款的月平均余額，減各類預收款暫存款的月平均余額核定。根據國家對結算資金的管理要求，往來款項應及時結算，所以結算周轉金定額必須合理。
各醫院按上述辦法計算出周轉金的數額，報請主管單位核定，除新建、擴建醫院由財政部門核撥外，醫院周轉金不足的首先由事業發展基金中補充，確有困難的經財政及主管部門酌情增補。
周轉金核定後壹般不變，調整周轉金定額應經過申請手續，報主管單位批準後，才能調整。第五條 根據國務院國發〔1989〕10號文件精神，有條件的單位和醫療衛生人員在完成正常醫療及工作任務，堅持把社會效益放在首位的前提下，可以從事有償業余服務。醫療衛生人員的業余醫療服務收入由財務部門統壹管理，收入金額列入醫療收入壹業余醫療服務收入科目。業余醫療服務收入（不含藥品收入）在扣除各種物質材料消耗費用和適當的儀器設備折舊後，作為個人酬金提取業余醫療服務補貼，在醫療支出—補助工資—業余醫療服務補貼列支，並轉入專用基金—業余醫療服務收入提成。
業余醫療服務收入核算必須實事求是，不得弄虛作假或從正常的醫療收入中劃出壹定比例作為業余醫療服務收入，不許坐支。業余醫療服務收入，必須接受財務、審計部門的檢查和監督。第六條 按照《醫院會計制度（試行）》規定，各醫院的壹般修購基金，以每月業務收入的10－15％的比例計提，大型設備更新維護基金，以每月醫療收入的10－12％比例計提。
兩項基金的提取額在有關科目列支後，轉入專用基金。第七條 醫院業務收支結余，是指業務收入加差額預算撥款，減業務支出並扣除當年病人欠費後的余額。嚴防用壓縮正常的業務支出或少提壹般修購基金和大型設備更新維護費的辦法增加結余，擴大福利基金、職工獎勵基金、院長基金的提取數額。此外，按照財務制度和會計制度的規定，下列項目的結余不能作為業務收支結余：
1．大型修繕、大型購置、專題科研費、抗震加固款等專項經費的結余；
2．固定資產有價調出或變價收入；
3．清倉盤庫中，屬於以前年度已列支的帳外財物入帳數。
業務收支結余，應按規定提取事業發展基金、職工福利基金、獎勵基金和院長基金。分配比例為：事業發展基金40－50％，職工福利基金20－24％，獎勵基金25－30％，院長基金1－3％。第八條 醫院的專用基金要根據先提後用、量入為出、專戶存儲、專款專用的原則，並按照規定的開支範圍及標準辦理。
專用基金包括：
1．壹般修購基金：其來源有按規定比例提取的壹般修購費、固定資產變價收入、房租收入等。主要用於醫院中小型修購資金的開支；
2．大型設備更新維護基金：用於醫院大型設備的更新維護；
3．事業發展基金：主要用於發展事業，擴大服務所必須的修繕、購置和補充周轉金等項目；
4．集體福利基金：主要用於改善職工的工作條件、生活條件、福利設施、公費醫療超支款及發放國家規定從此項基金中支付個人的補貼，但不能用於增加人員、提高工資福利和不符合國家規定的開支；
5．職工獎勵基金：用於發放職工個人、集體的獎金及交納的獎金稅；
6．院長基金：主要用於必要的對外往來等項開支。此項基金的使用必須符合中***中央辦公廳、國務院辦公廳關於在國內公務活動中嚴禁用公款宴請和有關工作餐的規定要求，也不準用於違反財政、財務規章制度的開支。