國家食品藥品監督管理總局是國務院直屬的正部級行政管理機構，由國務院直接管理；省、市、縣食品藥品監督管理局分別是同級人民政府直屬的正廳級、正處級和正科級行政管理機構，分別由省、市、縣人民政府直接管理，同時接受上級食品藥品監督管理機構指導、監督。
我國各級食品藥品監督管理局是負責所屬各行政區域內食品（含食品添加劑）、藥品（含中藥、民族藥）、醫療器械、保健食品、化妝品（以下統稱為食品藥品）監督管理的政府直屬機構， 加掛同級食品藥品安全委員會辦公室牌子。
註：我國以前食品藥品監督管理局的管理體制是屬地政府和上級食品藥品監管局雙重管理。2008年11月10日，國務院辦公廳下發《關於調整省級以下食品藥品監督管理體制有關問題的通知》，撤銷食品藥品監督管理機構省級以下的垂直管理，改為由地方政府分級管理。 由此加強了地方對於食品藥品監督管理的各部門協調，強調了地方對於食品藥品監督管理的責任。
法律依據：
《食品經營許可管理辦法》
第六條 國家食品藥品監督管理總局負責監督指導全國食品經營許可管理工作。縣級以上地方食品藥品監督管理部門負責本行政區域內的食品經營許可管理工作。省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門可以根據食品類別和食品安全風險狀況，確定市、縣級食品藥品監督管理部門的食品經營許可管理權限。
第七條 國家食品藥品監督管理總局負責制定食品經營許可審查通則。縣級以上地方食品藥品監督管理部門實施食品經營許可審查，應當遵守食品經營許可審查通則。
第四十條 縣級以上地方食品藥品監督管理部門應當建立食品許可管理信息平臺，便於公民、法人和其他社會組織查詢。
縣級以上地方食品藥品監督管理部門應當將食品經營許可頒發、許可事項檢查、日常監督檢查、許可違法行為查處等情況記入食品經營者食品安全信用檔案，並依法向社會公布；對有不良信用記錄的食品經營者應當增加監督檢查頻次。