1、每例住院患者醫藥總費用中首先剔除自費藥品和自費診療項目費用，再減去起付費用，即為報銷基數，報銷基數再乘以相應定點醫療機構報銷比例，即為新農合實際報銷額；
2、21類重特大疾病住院醫藥費用，經首次常規報銷後，剩余醫藥費用含住院起付費用和自費費用從重特大疾病醫療保障基金中給予二次補助，常規首次報銷和二次補助合計，即為新農合實際報銷額；
3、21類重特大疾病以外的其他大病住院醫藥費用經首次常規報銷後，剩余醫藥費用不含住院起付費用和自費費用仍在3000元以上的，從重特大疾病醫療保障基金中給予二次補助，常規首次報銷和二次補助合計，即為新農合實際報銷額。
法律依據
《醫療機構管理條例》第六條 縣級以上地方人民政府衛生行政部門應當根據本行政區域的人口、醫療資源、醫療需求和現有醫療機構的分布狀況，制定本行政區域醫療機構設置規劃。
機關、企業和事業單位可以根據需要設置醫療機構，並納入當地醫療機構的設置規劃。