二是種植零星，不成規模。藥材大多產在老、少、窮地區，生產零星分散，經營規模以家庭小規模生產為主。據統計，國營藥材種植場和集體種植場藥材種植面積占10.1%，藥材專業戶種植面積占8.9%，農戶零星種植面積占81%。這種狀況在很大程度上限制了良種和優質高產技術的推廣，也不利於產銷溝通。
三是市場預測能力差，產銷價格波動大。中草藥壹年的生產周期很小，大部分年份甚至十幾年甚至更長，因此其生產對市場的反饋比較慢，這就要求有較強的市場預測能力，而壹般農戶很難做到這壹點。因此，就出現了 "跟跑 "現象，說種什麽，壹窩瘋都種什麽，導致市場飽和，積壓的藥材賣不出去，經濟蒙受損失。
四是重產量，輕質量。由於傳統的藥材質量標準僅限於外觀質量，而對於反映其藥效的內在質量--有效成分含量則無法考察。因此，藥材生產往往片面追求產量，有的大量施用化肥和農藥，不僅會影響藥材原有的功效，還會造成重金屬和農藥殘留超標，降低藥材質量。
五是生產技術落後，經濟效益低。與壹般農作物相比，許多藥用植物的種植技術性更強、更特殊，壹般農民較難掌握。而目前傳統種植藥材面積較大的大田農業技術落後、馬虎，從事種植的農民文化水平也較低，這些都會影響藥材生產的發展和經濟效益的提高。
當前，我國正在實施的 "中藥現代化科技產業行動計劃 "為上述問題的解決提供了良好契機。國家首先加強了對中藥材生產的全面研究，以《中藥材生產質量管理規範》（GAP）為重點，推動藥材生產逐步產業化、區域化，建立名優地道藥材生產基地，實施中藥材名牌戰略。其次，加強信息引導，建立中藥材信息網絡，及時發布產、供、銷信息，提供咨詢服務，引導藥農科學種藥，提高經濟效益。此外，在 "優質種質資源與品種標準化"、"優質高產高效與栽培措施優化組合"、"采收加工科學合理化"、"綠色優質藥材與生產流通無公害化 "等方面正在組織人力、物力開展研究、示範，經驗成果立即推廣。
總之，在新世紀裏，藥材生產的科技水平將不斷提高，她將為我國國民經濟的發展、人民的健康和中醫藥事業的振興做出更大的貢獻。