最近有市民質疑，醫改後到社區開藥部分藥價卻和之前的價格是相同的，北京市衛計委表示，北京基層醫療機構早在2006年起就開始實行了基本藥物的零差率銷售。這些藥品在本次醫藥分開綜合改革執行前，社區已經取消了藥品加成，老百姓已提前享受到了實惠。2014年，北京將基本藥物品種擴充到699種，並開展了全國各省級藥品集中采購價格的聯動，許多產品價格已經處於全國較低水平了，所以改革執行後價格無明顯變化。
北京醫改新政4月8日實施，4天中，藥品讓利已近6000萬。有居民質疑，社區很多藥品藥價並未下降，還有部分藥品醫改後反而更貴。對此，北京市衛計委作出回應;同時表示，699種藥品已經取消藥品加成，還有部分低價藥政策需加大扶持。
4月8日，北京市醫藥分開綜合改革政策全面實施，藥品陽光采購作為其中壹項措施同步實施。全市所有公立醫療機構在用的所有藥品(毒麻精放、國家免疫規劃疫苗、中藥飲片等不在采購範圍內的藥品除外)全部納入陽光采購範圍。
本次陽光采購中，按照分類采購的原則，藥品價格有升、有降，還有壹部分價格持平。如拜糖平(阿卡波糖片)早在2009年就已在社區實現了零差率銷售，2014年基本藥物價格聯動中也已完成聯動，故其在陽光采購執行前後價格無明顯變化，穩定維持在全國較低的價格水平。
但是有市民表示，自己長期服用的速效救心丸，這次改革後漲了9塊多，從30.62漲到39.72元。
市衛計委回應，按照價格部門中成藥日均費用不超過5元即可納入低價藥品政策管理的原則，速效救心丸屬於國家低價藥品政策範圍。對這些藥品國家的政策是加大政策扶持，鼓勵生產和臨床更多使用低價藥品。價格上在不違反國家低價藥品政策基礎上，醫療機構可參考周邊省份價格，隨行就市與生產企業談判形成供貨價格。
同時，中成藥的主要原料草藥，屬於農副產品，其價格隨農產品市場價格波動較大，且近年來價格連續上漲。經查，速效救心丸雖然隨著周邊省份的價格有所上漲，但其日均費用仍較低，依然屬於低價藥品範圍。按照該產品不同包裝數量計算，39.72元折合成單粒的價格約0.22元，已為全國較低水平。