醫院的結余按資金用途不同分為：經常性收支結余和財政專項結余。經常性收支結余又分為醫療結余、藥品結余和其他結余。
(1)醫療結余是醫院在壹定期間醫療收入和醫療支出相抵後的余額，通過“收支結余壹醫療結余”科目核算。本科目平時壹般不核算，只在期末(壹般在年末)轉賬時，將“醫療收入”科目余額轉入本科目貸方，將“醫療支出”科目余額轉入本科目借方，本科目貸方余額為當期實現的結余，借方余額為當期需要彌補的差額。年度終了，單位應將當年實現的結余全數轉入“結余分配”科目，結轉後，本科目無余額。
(2)藥品結余是醫院在壹定期間藥品收入和藥品支出相抵後的余額，通過“收支結余壹藥品結余”科目核算。本科目平時壹般不核算，只在期末(壹般在年末)轉賬時，將“藥品收入”科目余額轉入本科目貸方，將“藥品支出”科目余額轉入本科目借方，本科目貸方余額為當期實現的結余，借方余額為當期需要彌補的差額。年度終了，單位應將當年實現的結余全數轉入“結余分配”科目，結轉後，本科目無余額。
(3)其他結余是醫院在壹定期間其他收入和其他支出相抵後的余額，通過“收支結余～其他結余”科目核算。本科目平時壹般不核算，只在期末(壹般在年末)轉賬時，將“其他收入”科目余額轉入本科目貸方，將“其他支出”科目余額轉入本科目借方，本科目貸方余額為當期實現的結余，借方余額為當期需要彌補的差額。年度終了，單位應將當年實現的結余全數轉入“結余分配”科目，結轉後，本科目無余額。
(4)財政專項結余是醫院在壹定期間財政專項收入和財政專項支出相抵後的余額，通過“收支綾財政專項結余”科目進行核算。財政專項結余應按每壹專項項目分別進行計算，其計算公式為：
某項目專項結余=該項目撥入專款－該項目專款支出(相關部分)－該項目撥出專款(相關部分)
2 醫院結余的會計核算
2.1 進行結余核算前需做好的3個工作
(1)清理、核對年度預算收支和各項繳撥款項。對財政部門和上級單位之間的全年預算數以及應上繳、撥補的款項等，都應按規定逐筆進行清理結算，保證上下級之間的年度預算數、領撥經費數和上繳、下撥數壹致。
(2)清理往來款項。按照規定應當轉作各項收入或各項支出的往來款項不能掛在往來款上，凡屬本年的各項收支都應及時入賬，列入當年收支。
(3)分別計算各項結余，不能相互混淆。①醫療結余的核算：“收支結余——醫療結余”科目核算醫院在壹定期間醫療收入和醫療支出相抵後的余額。②藥品結余的核算：“收支結余——藥品結余”科目核算醫院在壹定期間藥品收入和藥品支出相抵後的余額。③其他結余的核算：“收支結余——其他結余”科目核算醫院在壹定期間其他收入和其他支出相抵後的余額。④財政專項結余的核算：“收支結余——財政專項結余”科目核算醫院在壹定期間財政專項收入和財政專項支出相抵後的余額。
2.2 收支結余的分配程序
醫院業務收支結余應按《醫院財務制度》規定，根據各省(市、自治區)制定的分配比例，分配為職工福利基金和事業基金。
《事業單位財務規則》規定，醫院的財政專項結余不參與結余分配。
“結余分配”科目核算醫院當年結余分配的情況和結果。貸方登記結轉數和待分配結余，借方登記結余分配數，年終借方余額反映收支結余的累計分配數。年終將“收支結余”科目余額中扣除“財政專項補助結余”外的其他結余轉入時，借記“收支結余”科目，貸記本科目，結轉後本科目無余額。
“結余分配”科目壹般應設置以下明細科目：職工福利基金、轉人事業基金、事業基金補虧和待分配結余。結余轉入時：
借：收支結余
貸：結余分配
分配時，會計分錄如下：
(1)提取職工福利基金：按財政部門核定的比例提取職工福利基金。
借：結余分配壹職工福利基金
貸：專項基金壹職工福利基金
(2)轉作事業基金：
在醫院的資金運動過程中，事業基金起的是“蓄水池”的作用，用來調節年度之間的收支平衡，因此，按提取職工福利基金後的余額全部轉作事業基金。如果收入大於支出，則繼續轉增事業基金，如果支出大於收入，則用以前年度的事業基金彌補其差額。在確定年初預算時，如支出安排出現缺口，也可以直接安排壹部分事業基金用於彌補差額。
經上述分配後結余全額轉作事業基金的壹般基金。
借：結余分配壹事業基金
貸：事業基金——般基金
如醫院當年“事業結余”出現負結余，則“結余分配”科目出現借方余額，經批準後可用事業基金彌補。
借：事業基金——般基金
貸：結余分配事業基金補虧
醫院作為國家實行壹定福利政策的公益事業，是非盈利單位。但非盈利並不等於沒有盈利，特別是在目前，我國社會主義市場經濟已經建立，隨著醫院發展和醫院業務的擴大，在財政補助相對減少的情況下，醫院在保證社會效益的前提下，越來越註意醫院的經濟效益。因此，醫院更應該加強對結余的管理、核算和控制，以真實、準確地計算和反映醫院業務收支結余虧損的形成，向決策者提供信息，及時發現開展業務過程中存在的問題和管理上的薄弱環節，促進醫院加強經濟核算，提高管理水平。