第十三條 藥品招標代理機構應當在招標人委托的範圍內進行招標活動，並遵守藥品招標程序和代理規範。
第十四條 藥品招標代理機構違反藥品招標程序和代理規範的，由省、自治區、直轄市衛生行政部門、藥品監督管理部門按照《招標投標法》的有關規定進行處理。情節嚴重的，由省、自治區、直轄市藥品監督管理部門取消其藥品招標代理資格，同時，三年內不再受理其資格認定申請。
第十五條 藥品招標代理機構有下列情況之壹的，應在壹個月內報省、自治區、直轄市藥品監督管理部門辦理變更登記手續。逾期不辦的，省、自治區、直轄市藥品監督管理部門可視情節取消其藥品招標代理資格或復審時不受理其復審申請：
(壹)藥品招標代理機構名稱變化的；
(二)藥品招標代理機構法定代表人變化的；
(三)藥品招標代理機構註冊地址變化的。
第十六條 藥品招標代理機構在終止藥品招標代理業務時，應於壹個月內將其資格證書交回。
第十七條 藥品招標代理機構在資格認定和復審時有弄虛作假行為的，省、自治區、直轄市藥品監督管理部門取消其申請資格或暫停其三年藥品招標代理資格，三年內不再受理其資格認定申請。情節嚴重的，取消其藥品招標代理資格，同時，今後不再受理其資格認定申請。
第十八條 藥品招標代理機構塗改、轉讓其資格證書的，省、自治區、直轄市藥品監督管理部門取消其藥品招標代理資格，同時，今後不再受理其資格認定申請。
第十九條 藥品招標代理機構違反規定，未審查招標人、投標人合法資格及藥品批準文號和藥品質量檢驗報告書的，由省、自治區、直轄市藥品監督管理部門取消其藥品招標代理資格。情節嚴重的，今後不再受理其資格認定申請。
由於上述原因，導致招標了假劣藥品的，由藥品監督管理部門按照《藥品管理法》的規定處理。
第二十條 藥品招標代理機構接受無《醫療機構執業許可證》單位的委托並為其代理藥品招標業務，或接受醫療機構的委托與無《藥品生產企業許可證》、《藥品經營企業許可證》的單位進行藥品招標代理活動的，省、自治區、直轄市藥品監督管理部門取消其藥品招標代理資格，同時不再受理其資格認定申請。
藥品招標代理機構代理招標的藥品不符合法律規定的和代理招標毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品等國家有特殊規定要求的品種的，省、自治區、直轄市藥品監督管理部門取消其藥品招標代理資格，壹年內不再受理其資格認定申請。
第二十壹條 藥品招標代理機構有下列情況之壹的，省、自治區、直轄市藥品監督管理部門責令其限期改正。逾期不改正的，取消其藥品招標代理資格，並在三年內不再受理其資格認定申請。對情節嚴重的，今後不再受理其資格認定申請：
(壹)利用不正當手段，使醫療機構參加由其舉辦的藥品招標采購活動；
(二)違反《招標投標法》的規定，對藥品投標人、招標人采取強迫、歧視或限制政策的。
第二十二條 藥品招標代理機構在招標業務操作過程中，有其它違反《藥品管理法》和《招標投標法》規定的行為的，藥品監督管理等部門按照有關法律、法規的規定予以處罰。同時，省、自治區、直轄市藥品監督管理部門可視情節取消其藥品招標代理資格。
第二十三條 藥品招標代理機構不得從事藥品經營活動。對進行藥品經營性交易的，視為無證經營藥品，由藥品監督管理部門按照《藥品管理法》的有關規定依法處理。
招標代理機構未經資格認定從事藥品招標代理活動的，依據有關規定嚴肅查處。
第二十四條 對省、自治區、直轄市藥品監督管理部門、衛生行政部門違規進行的資格認定，國家藥品監督管理局、衛生部可分別責令其限期改正。對逾期不改正的，國家藥品監督管理局可直接撤銷其頒發的資格認定證書。
對違規進行資格認定情節嚴重的，國家藥品監督管理局可停止其進行資格認定工作。
發現藥品招標代理機構進行違法、違規活動，國家藥品監督管理局、衛生部可分別責令省、自治區、直轄市藥品監督管理部門、衛生行政部門依照本辦法規定進行處理。對省、自治區、直轄市藥品監督管理部門、衛生行政部門不能進行及時或有效處理的，國家藥品監督管理局、衛生部可分別停止其進行資格認定工作。國家藥品監督管理局可直接撤銷從事違法、違規活動的藥品招標代理機構的資格證書。
第二十五條 當事人對藥品監督管理部門、衛生行政部門的有關處理決定不服的，可按照《行政復議法》和《行政訴訟法》的規定申請行政復議或提起行政訴訟。