消毒效果受許多因素的影響，增強或減弱抗菌消毒作用，了解和掌握這些因素，可以指導我們正確進行消毒工作，提高消毒效果。
（1）消毒劑種類
針對所要消毒的微生物特點，選擇恰當的消毒劑很關鍵，如果要殺滅細菌芽孢或非囊膜病毒，必須選擇滅菌劑或高效消毒劑如碘制劑或氯制劑、醛類，才能取得可靠的效果，若使用酚制劑或壹般季銨鹽消毒劑則效果不佳。季銨鹽類是陽離子表面活性劑，有殺菌作用的陽離子具有親脂性，殺革蘭氏陽性菌和囊膜病毒效果較好，但對非囊膜病毒就無能為力了。為了取得理想的消毒效果，必須根據消毒對象及消毒劑本身特點科學地進行選擇，采取合適的消毒方法才能達到最佳消毒效果。
（2）消毒劑配方
良好的配方能顯著提高消毒效果，如季銨鹽類消毒劑用70%乙醇配制，比用水配制穿透力更強，殺菌效果更好，酚若制成甲酚的肥皂溶液就可殺死大多數繁殖體型微生物，後來用二甲苯酚和乙基酚代替甲酚，降低了產品的腐蝕性，同時拓寬了應用領域。當然消毒劑之間也會產生拮抗作用，如酚類（石炭酸、復合酚等）不宜與堿類消毒劑混合，陽離子表面活性劑不宜與陰離子表面活性劑（肥皂等）及堿類物質混合，彼此會發生中和反應，產生不溶物質，降低消毒效果。又如高錳酸鉀、過氧乙酸等氧化劑與碘酊等還原劑之間可發生氧化反應，不但減弱消毒效果，還會加重對皮膚的刺激性。消毒劑不能隨意混合使用，可考慮選擇幾種產品輪換使用。
（3）消毒劑濃度
任何壹種消毒藥的消毒效果都取決於與微生物接觸的有效濃度，同壹種消毒劑的濃度不同，其消毒效果也不壹樣。通常消毒劑的消毒效果與其濃度呈正比，在配制消毒劑時，要選擇有效而又對人畜安全並對設備無腐蝕的殺菌濃度。每壹種消毒劑都有它的最低有效濃度，若低於該濃度就會喪失殺菌能力。濃度也不宜過高，過高的濃度往往對消毒對象不利，有的還有腐蝕性、刺激性或毒性；盲目提高使用濃度會造成不必要的浪費，應按照說明書正確使用。
（4）消毒劑作用時間
消毒劑接觸病原微生物後，要經過壹定時間才能將其殺死，只有少數能立即產生消毒作用，因此，要保證消毒劑有壹定的作用時間。消毒劑與微生物接觸時間越長消毒效果越好，接觸時間太短往往達不到消毒效果。被消毒物上微生物數量越多，滅菌所需時間越長。大部分消毒劑在幹燥後就失去消毒作用，溶液型消毒劑在溶液中才能有效地發揮作用。消毒時間長短，主要取決於病原微生物的抵抗力和消毒劑的種類、濃度和溫度等。
（5）溫度
通常溫度升高消毒速度會加快，藥物的滲透能力也會增強，可顯著提高消毒效果，消毒所需要的時間也可以縮短。壹般溫度按等差級數增加，則消毒劑殺菌效果按幾何級數增加。消毒劑的抗菌效果與環境溫度呈正相關，即溫度越高，殺菌能力越強。壹般規律是溫度每升高10℃，消毒效果增強1～1.5倍。消毒劑抗菌效力的測定通常都是在15～20℃氣溫下進行。許多消毒劑在溫度低時，反應速度緩慢，消毒效果就很受影響甚至不能發揮消毒作用。如福爾馬林在室溫15℃以下用於消毒時，即使用其有效濃度，也不能達到很好的消毒效果，但室溫在20℃以上時，則消毒效果很好。
（6）濕度
濕度對許多氣體消毒劑的作用有顯著影響。這種影響來自兩方面：壹是消毒對象的濕度，它直接影響微生物的含水量。如用環氧乙烷消毒時，細菌含水量太多，則需要延長消毒時間；細菌含水量太少，消毒效果亦明顯降低。二是消毒環境的相對濕度。每種氣體消毒劑都有其適宜的相對濕度範圍，如甲醛以相對濕度大於60%為宜，用過氧乙酸消毒時要求相對濕度不低於40%，以60%～80%為宜。直接噴灑消毒劑幹粉處理地面時，需要有較高的相對濕度，使藥物潮解後才能發揮作用。紫外線消毒時，相對濕度增高，反而影響穿透力，不利於消毒處理。
（7）酸堿度（pH）
酸堿度可從兩方面影響消毒效果，壹是對消毒作用，酸堿度變化可改變消毒劑溶解度、離解度和分子結構；二是對微生物的影響，病原微生物的適宜pH在6～8，過高或過低的pH值有利於殺滅病原微生物。酚類、次氯酸等是以非離解形式起殺菌作用，所以在酸性環境中殺滅微生物的作用較強，堿性環境就差。在偏堿性時，細菌帶負電荷多，有利於陽離子型消毒劑作用；而對陰離子消毒劑來說，酸性條件下消毒效果更好些。新型的消毒劑常含有緩沖劑等成分，可以減少酸堿度對消毒效果的直接影響。
（8）表面活性劑和稀釋用水水質
非離子表面活性劑和大分子聚合物可以降低季銨鹽類消毒劑的作用，陰離子表面活性劑會影響季銨鹽類的消毒作用，在用表面活性劑消毒時應格外小心。由於水中金屬離子如Ca2+和Mg2+對消毒效果也有影響，在稀釋消毒劑時，必須考慮稀釋用水的硬度問題。如季銨鹽類消毒劑在硬水環境中消毒效果不好，最好選用蒸餾水進行稀釋。壹種好的消毒劑應該能耐受各種不同的水質，不管是硬水還是軟水，消毒效果都不受什麽影響。
（9）有機物
消毒現場通常會遇到各種有機物，如血液、血清、培養基成分、分泌物、膿液、飼料殘渣、泥土及糞便等，這些有機物的存在會嚴重幹擾消毒劑消毒效果。因為有機物覆蓋在病原微生物表面，妨礙消毒劑與病原直接接觸而延遲消毒反應，以至於對病原殺不死、殺不全。部分有機物可與消毒劑發生反應生成溶解度更低或殺菌能力更弱的物質，甚至產生的不溶性物質反過來與其他組分壹起對病原微生物起到機械保護作用，阻礙消毒過程的順利進行。同時有機物消耗部分消毒劑，降低了對病原微生物的作用濃度。如蛋白質能消耗大量的酸性或堿性消毒劑，陽離子表面活性劑等易被脂肪、磷脂類有機物所溶解吸收。在消毒前要先清潔再消毒。當然各種消毒劑受有機物影響程度有所不同。對大多數消毒劑來說，當有有機物存在時，需要適當加大處理劑量或延長作用時間。
（10）微生物類型和數量
不同類型的微生物對消毒劑的敏感性不同，而且每種消毒劑有各自的特點，消毒時應根據具體情況科學地選用消毒劑。消毒對象的病原微生物汙染數量越多，消毒越困難。對嚴重汙染物品或高危區域，如孵化室等處應加強消毒，加大消毒劑用量，延長消毒劑作用時間，並適當增加消毒次數，這樣才能達到良好的消毒效果。
（11）其他因素
消毒物表面的形狀、結構和化學活性，消毒液的表面張力、劑型以及在溶液中的解離度等，都會影響消毒劑的活性。