1，辦公室
制定局機關和系統的年度工作計劃和長遠發展規劃，處理局機關日常事務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；制定辦公室規章制度；管理機關的財務；指導辦公自動化；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助局領導綜合協調相關工作。
2.政策法規司
開展有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；研究稅制改革和完善稅收管理體制的有關問題；制定綜合稅務業務的規章制度；負責稅務業務和法律事務的協調；監督檢查稅收法規的執行情況；承擔稅收法規的清理、認定和匯編工作；承辦重大稅收案件的審理、行政處罰和聽證；辦理稅務行政訴訟和行政復議；負責規範性文件的會簽和審核；帶頭配合審計、財政部門的外部監督。
3、流轉稅管理處
負責增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅等稅種的征收管理和稅收征管業務；貫徹執行流轉稅法律法規，並監督檢查執行情況；制定流轉稅征收管理的具體實施辦法；管理增值稅專用發票；負責增值稅防偽稅控的推廣和管理；負責增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的審核、檢查和納稅評估。
4.所得稅管理辦公室
負責企業所得稅、儲蓄存款利息和個人所得稅的征收管理和稅收征管；負責稅收具體問題的解釋和處理；負責制定所得稅征收管理的具體實施辦法；負責企業所得稅的日常檢查和納稅評估；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。
5.收藏管理處
組織實施綜合稅收征管法律、法規和規章，研究制定相關稅收征管制度和措施；指導稅務登記、稅收征管質量評估、納稅申報和稅收信息管理；管理普通發票；指導個體工商戶和集貿市場的稅收征管工作；負責組織增值稅防偽稅控以外的征管軟件和稅控工具的開發、推廣和應用；負責緩稅、壞賬和欠稅的核銷管理；牽頭制定並組織實施綜合納稅評估制度和措施；負責納稅服務、稅源管理、日常檢查及其綜合制度和措施的制定；負責納稅信用評級等工作。
6.財務管理辦公室
負責本系統的資金、財務、基建、設備和資產的管理；制定各項管理制度；組織內部審計和政府采購。
7.規劃和統計司
編制和分發稅務計劃，組織和檢查稅務入庫；制定稅收計劃和會計統計工作制度；會計和分析稅務數據；負責稅源數據的調查和計算，監控和管理重點稅源；進行納稅能力估算和稅收宏觀分析；負責稅收票證的印制和管理。
8.進出口稅收管理辦公室
負責進出口稅收政策和管理措施的實施、日常監督檢查；負責出口貨物退免稅計劃的管理；負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護；配合相關部門組織實施反騙稅檢查。
9.國際稅務管理局
負責國際稅收協定的執行、反避稅、涉外稅務審計、信息交換、中外居民跨國所得稅收監管等國際稅收事務；負責涉外企業所得稅政策的管理，並監督檢查執行情況和日常管理。
10，人事部
研究和實施人事管理制度；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查，按照管理權限負責領導幹部出國(境)離任審計和政審。
離退休幹部管理處(副處級，隸屬於人事部)。負責離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
11，教育部門
負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓的管理；負責稅務宣傳；負責本系統工會、青年和婦女工作；負責稅務培訓機構和教育經費的管理。
12，監督辦公室
負責對本系統各級國稅機關及其工作人員執行黨和國家的路線、方針和稅收法規的情況進行監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和整改工作；負責管理幹部信訪、違法違紀案件和系統內重大案件的查處。
政府黨委辦公室。負責局機關和直屬單位的黨務、工會、青年和婦女工作；負責局機關的思想政治工作、精神文明建設和計劃生育工作。寧夏回族自治區國家稅務局有1個直屬機構，級別為正廳級。
檢驗局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅務檢查工作；負責年度計劃確定的重點稅源企業和稅收違法案件的調查、審理和執行；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務案件報告的受理和傳遞；審核下級稅務檢查；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查。寧夏回族自治區國家稅務局有5個正廳級機構。
1，信息中心
組織信息系統建設，實施信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網絡和綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控儀器的推廣、應用及技術培訓；負責計算機設備的維護、保養和調配管理。
2.代理服務中心
制定後勤服務和行政事務的規章制度和管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織和管理；負責局機關的綜合管理工作；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責局機關的安全保衛、房產管理、綠化和職工醫療；負責局機關的設備管理。
3.培訓中心
負責國稅幹部的崗位培訓、崗前培訓和業務培訓。
4.稅務科學研究所
組織、指導和協調全系統的稅收研究工作；完成上級下達的研究任務；組織全系統稅收科研成果的鑒定和推廣；跟蹤經濟和稅收形勢的發展變化，及時為領導決策提供科學依據；組織相關稅收研究成果的評選和獎勵；編輯出版稅收理論期刊；承擔稅務學會秘書處的日常工作。
5.註冊稅務師管理中心
貫徹國家有關法律、法規和規章，制定具體實施辦法；負責組織註冊稅務師資格考試、註冊和年檢；負責稅務代理執業的審核、審批和監督、管理、檢查；負責註冊稅務師的後續教育和稅務代理從業人員的業務培訓；負責註冊稅務師協會的日常管理工作。序號機構名稱機構級別駐地及地址市(地、州、盟)國家稅務局1銀川市興慶南區國家稅務局銀川市新華西街197銀川市國家稅務局2銀川市興慶北區國家稅務局銀川市民族南街44號國家稅務局3銀川市國家稅務局銀川市北京中路504號國家稅務局4銀川市西夏區國家稅務局、 銀川市北京西路149號銀川市寧河北街永寧縣國家稅務局銀川市賀蘭縣國家稅務局銀河西路國家稅務局靈武市國家稅務局文化街銀川市國家稅務局8石嘴山市大武口區國家稅務局鄭可大武口區朝陽西街石嘴山市國家稅務局9石嘴山市惠農區國家稅務局鄭可春暉南路20號、 惠農區石嘴山市國家稅務局10石嘴山市龍湖扶貧經濟開發區國家稅務局鄭可龍湖開發區科工貿社區石嘴山市國家稅務局11平羅縣國家稅務局鄭可平羅縣成平公路石嘴山市國家稅務局12吳忠市利通區國家稅務局鄭可吳中開元大道8號吳中國家稅務局13吳中紅寺堡開發區國家稅務局鄭可 吳忠市國家稅務局14青銅峽市國家稅務局鄭可青銅峽市小壩北苑吳忠市國家稅務局15鹽池縣國家稅務局鄭可鹽池縣城南街道吳忠市國家稅務局16同心縣國家稅務局鄭可同心縣常征西街吳忠市國家稅務局6543。8+07固原市扶貧經濟開發試驗區國家稅務局固原試驗區新源路2號固原市國家稅務局18固原市原州區國家稅務局6號固原市政府街西吉縣國家稅務局19固原市國家稅務局20隆德縣國家稅務局隆德縣人民路123固原市國家稅務局21靖遠縣國家稅務 固原市國家稅務局22彭陽縣國家稅務局彭陽縣新彭路273號固原市國家稅務局23中衛市國家稅務局鄭可中衛市香山東街中衛市國家稅務局科員24中寧縣國家稅務局鄭可中寧縣寧安南街中衛市國家稅務局25海原縣國家稅務局鄭可海原縣建設路中衛市國家稅務局