1、準備相關材料：申請人需要攜帶本人身份證、戶口本、近期免冠照片等相關證件，以及患有慢性疾病的診斷證明、病歷資料等。
2、前往當地新農合經辦機構：申請人需前往所在地的新農合經辦機構，如縣級新農合管理中心或鄉鎮新農合服務站等，進行現場辦理。
3、填寫申請表：在經辦機構領取並填寫《新型農村合作醫療慢性病門診特殊病種申請表》，按照要求填寫個人信息、疾病名稱、病情描述等內容。
4、提交申請材料：將填寫好的申請表和相關證明材料壹並提交給經辦機構工作人員，由其審核是否符合申請條件。
5、審核通過後，領取慢性病門診特殊病種證：經辦機構工作人員在審核通過後，將為申請人發放慢性病門診特殊病種證，該證是申請人享受新農合慢性病門診特殊病種待遇的憑證。
6、持慢性病門診特殊病種證就診：申請人在患有慢性疾病時，需攜帶慢性病門診特殊病種證前往定點醫療機構就診，享受相應的報銷待遇。
可以了解到新農合慢性疾病的申請流程主要包括準備相關材料、前往經辦機構、填寫申請表、提交申請材料、審核通過後領取慢性病門診特殊病種證以及持證就診等環節。
首先，申請人需要準備相關材料，包括身份證、戶口本、近期免冠照片等證件，以及患有慢性疾病的診斷證明、病歷資料等。這些材料是申請新農合慢性病門診特殊病種的基礎，也是經辦機構審核申請人資格的重要依據。
其次，申請人需要前往所在地的新農合經辦機構進行現場辦理。經辦機構通常是縣級新農合管理中心或鄉鎮新農合服務站等，申請人可以根據自身情況選擇就近的經辦機構進行辦理。
在經辦機構，申請人需要填寫《新型農村合作醫療慢性病門診特殊病種申請表》，按照要求填寫個人信息、疾病名稱、病情描述等內容。申請表是申請人向經辦機構提出申請的重要文件，填寫時要確保信息準確無誤。
接下來，申請人需要將填寫好的申請表和相關證明材料壹並提交給經辦機構工作人員，由其審核是否符合申請條件。經辦機構工作人員會對申請人的資格進行審核，包括對材料的完整性、真實性進行核實，以及對疾病名稱、病情描述等進行評估。
審核通過後，經辦機構將為申請人發放慢性病門診特殊病種證。該證是申請人享受新農合慢性病門診特殊病種待遇的憑證，申請人需妥善保管，並在就診時攜帶。
最後，申請人在患有慢性疾病時，需攜帶慢性病門診特殊病種證前往定點醫療機構就診，享受相應的報銷待遇。定點醫療機構是指與新農合簽訂協議的醫療機構，申請人在就診時需選擇定點醫療機構，以便享受新農合的報銷政策。
綜上所述：新農合慢性疾病的申請流程包括準備相關材料、前往經辦機構、填寫申請表、提交申請材料、審核通過後領取慢性病門診特殊病種證以及持證就診等環節。申請人需按照規定的流程進行操作，以確保順利申請到慢性病門診特殊病種待遇。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。 社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。