莖、枝發病時，病斑初為水浸狀，後在外皮周圍發生擴大的黑褐色或暗褐色小點，病部以上枝幹迅速枯死。預防辣椒疫病，可用甲霜靈錳鋅、霜脲錳鋅、烯酰錳鋅+有機矽材料噴霧器預防，間隔5-7天再噴壹次。疫病危害性很強，是壹種破壞性很強的病蟲害，壹周以內就會導致大面積死亡。當死株率超過 20% 時，會造成毀滅性的破壞。朝天椒所有生長期均可發病，應進行初期預防，化學防治是有效的。
特別是幼苗期，如果朝天椒主莖上產生傷口，病原菌滲入就更創標了。如果工作溫度、環境濕度很大，溫度在20℃～30℃，那自然環境標準最適合朝天椒病原菌的繁殖和傳播。可浸染茄科等多種蔬菜瓜果，也可在豆類食品、萵苣等主莖體上生長發育，病原菌在傷殘體上可在土壤環境中存活2～3年，成為主要初侵染源，因此，朝天椒連作重茬，土層細菌量大，氣候和自然環境標準適宜，就會暴發泛濫。
在主莖發病時可噴施50%嘧菌酯水分離粒劑2000倍液，或噴施75%代森錳鋅可濕性粉劑600倍液，或噴施58%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑600倍液。有機藥劑每 7-10 天噴灑壹次，連續噴灑 3 次。也可用 30%氧氯化銅顆粒劑 500 倍液、75%雙氯滅痛錳鋅可濕性粉劑 500~600 倍液進行噴灑。以上藥物可適量順手交替施用，根據具體病情可每隔7~10天噴壹次，持續3~4次即可。