2小時特別篇
播映時間：1999年01月04日
簡介：柯南的班級轉來了灰原哀。隔壁班級的壹個男孩因為哥哥下落不明而來委托少年偵探團。尋找的時候發現了壹個黑衣女子的身影……。那個組織的真面目到底是？然後，博士和灰原和柯南去廣田教授家拿軟盤，可是 廣田教授卻死了....
組織代號SHERRY的宮野誌保因姐姐被殺以停止APTX4869研究的方式表示抗議，結果被組織囚禁在瓦斯室。絕望的她服下了藏著的APTX4969想要自殺，沒想到與新壹壹樣沒被毒死而身體縮小成兒童時期模樣，得以掙脫了手銬從垃圾信道逃了出來。因為她之前已經從對新壹家的調查中發現新壹也變小了，所以新壹成了她唯壹的希望，最後疲憊的她倒在新壹家門口，被隔壁的阿笠博士所救，並寄住博士家裏，以壹名轉校生的身份成為了柯南的同班同學和少年偵探團成員。柯南因此得知了導致他變小的藥的名字和大概信息，不過灰原卻暗示此藥原本的用途不是毒藥。兩人取回了錯寄在廣田教授家的存有藥物資料的軟盤正要查看時，不料電腦卻被軟盤裏的暗夜男爵病毒感染，結果資料全毀。灰原雖然隱藏了起來，但是組織卻沒有放棄尋找叛徒的努力，柯南與灰原也就從此卷入了對組織偵查與反偵察的大戲中。不過灰原好像也沒有透露更多組織的情報，此時的她對組織有著極度的恐懼感。 動漫544 彈奏不和諧音符之手結局麽？看看這個青山剛昌透露：名偵探柯南大結局！ 青山剛昌終於透露了柯南結局 “近來小學館方面在接受雜誌采訪時曾表示，打算預定在今年內結束名偵探柯南”。 “根據小學館傳來的證詞，雖然名偵探取得了前所未有的成功，但是考慮到目前劇情已經進入白熱化的階段，再拖延下去只會降低故事的觀賞性，因此雖然有些遺憾，也只能保證劇情為優先” 。 “而對於大家最關心的結局問題，作者青山岡昌沒有過多透露，只是表示會是出乎所有人預料的，同時動畫會先於漫畫結束，而最後的全部劇情將在漫畫內得到徹底解答，至於在柯南完結之後是否會繼續創作基德的故事，青山則表示：‘還沒考慮太多，不過如果讀者喜歡的話也沒什麽不可以’ 官方消息，關於哀的問題，青山老師給出了最後的答案，哀在最後的幾集中，被組織以極隱秘的方式所槍殺，目前青山老師的這部分的漫畫已經畫完。具青山老師說，在哀生命即將結束的時候，與柯南{工藤新壹}的對話很經典，她就這樣退出了這段本不屬於她的感情。而小蘭被組織綁架了，柯南開始跟組織進行最後的對決。至於結局，大家不要想的很樂觀，青山老師說會出呼所有人的意料！！ 阿笠博士的真面目 黑衣人的真正的首腦，就是壹直隱藏在他們身邊的阿笠博士DOC。LEE。 事情是這樣的，工藤優作原先就懷疑並且偵察黑衣組織。以小說家的身份為掩護，秘密調查。發現壹些線索後特意搬到黑衣組織首腦阿笠家的隔壁住，並且從小培養新壹，並派新壹和阿笠混熟想借此偵察壹些情報。當阿笠開始懷疑工藤父子的時候，想出壹條毒計，他派GIN和沃克跟蹤出去約會的小蘭和新壹，大家都看過第壹集，其實交易是幌子，真正的目的是跟蹤，於是新壹也就被他們變成了柯南。之後，阿笠順理成章地成為了新壹的同伴與監護人，並且柯南實際上成了阿笠手中的人質，當時新壹的父母第壹次出現的那壹集，實際是和阿笠談判的，最終的結果是阿笠以柯南要挾他們兩個人流放到瑞士。而優作因為不能和新壹說明真相，從而讓新壹感到受騙，受到傷害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以妳們看優作只有103集的時候回過日本，還是變裝的，不能讓阿笠發現。 其實APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，而成功後哀的父母意外身亡。阿笠留著柯南不死只不過想觀察藥品還有沒有其他的副作用。但是突然有壹天，優作和有紀子突然潛回日本，和柯南（103-104集）秘密接觸，讓他感受到了威脅，於是安排壹個間諜時刻跟隨在柯南的身邊，那就是灰原哀。哀其實是APTX-4689的第壹個實驗品，本來藥的目的是永葆青春，沒想到竟然適得其反產生副作用，造成了身體變小。而柯南事件發生後，哀就成了在柯南身邊臥底的最好人選。為什麽柯南從來沒有被騷擾過就是因為柯南其實壹直在黑衣組織最厲害的老大的監視下。毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警界退出的，當時槍擊非英裏事件只是借口，所以後來暮木說毛利總是把他們引向歧途。 青山剛昌已經給大家提示了，不過因為太晦澀所以沒幾個人看得出來。其實阿笠這兩個字，如果拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁 文裏面的莫裏亞帝。所以阿笠博士其實應該叫莫裏亞帝教授--福爾摩斯裏的罪惡的教授