1、首次申請須在每季度最後壹個月15日以前，備齊申報病種的相關病歷資料、壹張近期1寸免冠照片；
2、初審醫院收組織本院醫療專家診查並初步鑒定；
3、城鎮職工基本醫療保險專家委員會進行集中評審；
4、經市專家委員會評審通過的，當月開始享受基本醫療保險特殊病種門診待遇。
辦特殊門診需要以下資料：
1、攜帶既往病史資料，出院記錄、化驗單、疾病相關檢查報告單等，至門診醫生就診，符合條件的患者，由醫生填寫基本醫療保險特殊病種證明及門診治療審批表；
2、特殊病種審批表必須由二級以上定點醫療機構經治醫師填寫；
3、醫院辦理完結後，患者或家屬攜帶病史資料，醫保卡，身份證，未成年人持戶口本和1寸照片2張。及以上醫院相關病史資料到戶籍所在地的社保所申請，領取並填寫申請表，審批表到當地社保局審批並蓋章。
綜上所述：特殊醫療門診辦理壹般流程為參保單位或參保個人首次申請須在每季度最後壹個月15日以前，憑醫保手冊到初審醫院醫保科領取表格並完整填寫特殊病種門診申請表，同時備齊申報病種的相關病歷資料或復印件、壹張近期1寸免冠照片，選定壹家定點醫院和壹家特殊病種門診服務藥店就醫、購藥等。
法律依據：
《關於開展城鎮居民基本醫療保險門診統籌的指導意見》
第六條
探索適合門診統籌費用控制機制和結算管理的方式。根據門診就醫和醫療費用支出特點，積極探索總額預付或按人頭付費等費用結算辦法。充分發揮醫療保險集團購買的優勢，采取定服務機構、定服務項目、定考核指標、定結算標準、定支付辦法等方式，探索就醫、支付、結算壹體化的門診統籌綜合管理辦法，有效控制門診醫療費用。
《中華人民***和國社會保險法》
第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。