醫學科學研究工作的基本規律是提出問題、驗證假設、得出結論。其基本程序包括：課題的選題、課題的設計、實驗觀察或調查、研究資料的加工整理和數據處理、總結分析、提出研究結論、撰寫研究報告及其推廣應用等。
科學研究的第壹步是選（select）和立（decision）要研究的課題（project），課題首先要確定，否則就不可能有集中的研究目標和方向。
（壹）發現和提出問題
在醫學實踐中，經常會遇到壹些無法解釋和無法解決的科技現象，有些人總是對此很重視，在思想上形成壹種想探索問題的念頭，稱之為初步設想。最初的想法也許是有限的、膚淺的，但它卻是十分寶貴的，因為它是科研工作者頭腦中的星星之火。
（二）發現或提出問題的條件
1、勤動手實踐，熟能生巧，實踐出真知等事例說明了親自參與、反復實踐的重要性。
2、善於觀察 養成良好的觀察習慣比掌握大量的學科知識更重要。在科學研究中培養積極探索的態度、留心觀察事物和變化規律的習慣，將有助於觀察力的培養和發展。
3、勤動腦勤思考，善疑多思。思維是人腦在表象、概念的基礎上進行分析、綜合、判斷、推理等認識活動。
4、具有豐富的知識科研工作者必須跟上本學科的發展，使自己具有本學科乃至邊緣學科的廣博知識，只有這樣才容易產生新的聯想和見解，發現問題，解決問題。
（三）認真查閱文獻，做好情報研究
有了初步的設想，提出了問題，這只是第壹步，並不等於題目已經確定。還需要通過深入細致地研究國內外文獻，找出問題的理論依據、價值意義和國內外研究動態及發展趨勢。可以通過互聯網或光盤檢索文獻。做好這壹步是避免低水平重復的關鍵。
（四）建立假說，確立課題
在發現和提出問題，並進行文獻查閱和資料研究的基礎上，對所獲得的資料和信息進行分析和比較，使問題系統化、深化，找出問題的關鍵，為課題提供理論和實驗的科學依據，並提出假設性的答案（又稱假說），建立科學的假說。假設。根據假說的內容，進行科學構思，確立研究課題。
二、課題設計
課題設計（項目設計）是指課題研究的思路、技術路線、具體內容指標、方法步驟、時間安排、人員分工和經費預算等成套研究方案。
（壹）課題設計的意義
課題設計的意義：強化科研過程，使誤差控制在最低限度，保證科研成果準確可靠；②保證科研成果準確回答科研課題的問題，避免 "文題不符"；③做好科研設計，避免不必要的工作或重復工作。避免不必要的工作或重復工作；④保證實驗數據能夠統計。
（二）課題設計的主要內容
課題設計包括技術方案的設計和實施方案的設計。
1、技術方案設計的基本內容
技術方案設計包括三大要素：即研究因素（或處理因素）、研究對象（處理對象）和結果效果三部分。
2、技術方案設計的關鍵要素
（1）立項依據
立項依據是科學研究的關鍵。為什麽要開展這項研究？開展這項研究的依據是什麽？這是能否通過專家評審和主管部門、規劃部門批準，能否列入科研計劃並獲得經費資助的首要問題。
立項依據包括：課題的研究意義、國內外研究現狀分析。基礎研究，應註重結合國際國內科學發展趨勢，論述該課題的科學意義；應用研究，應註重結合學科前沿，圍繞國民經濟和社會發展中的重大科技問題，論述其應用前景和價值。
（2）研究方案
研究方案是課題設計中最重要的部分，研究方案的設計水平直接反映了研究者的科研水平。
研究方案包括：研究目標、研究內容和擬解決的關鍵問題、擬采用的研究方法、技術路線、實驗方案和可行性分析、研究的特色和創新點、研究的預期成果等。
研究目標要明確，研究內容要具體。準備解決什麽問題，列出什麽方法。技術路線要走系統工程，具有可操作性。本課題研究的創新點就是課題的生命力所在，要充分闡述。預期研究成果是本課題研究的預期成果，要實事求是，既要使評審專家增強信心，又要避免不適當的誇大造成專家的不信任。
（三）實施方案設計的主要內容
如果說技術方案的設計是解決 "做什麽 "的問題，那麽實施方案就是解決 "什麽時候做"、"誰來做 "的問題。
實施方案的主要內容包括：課題組的組成、任務分工、研究工作的總體安排和年度進度計劃、研究工作的依據、已具備的研究條件，包括實驗條件、研究場所、儀器設備、案源、研究力量、協作條件等，尚缺乏的條件和解決問題的途徑、經費預算，包括科研業務費、儀器設備費、藥品試劑費、材料費、動物飼養費等。預算包括科研業務費、儀器設備費、藥品試劑費、動物及飼養費、協作費、項目組織實施費、成果鑒定費等。
三、觀察、實驗與調查
課題的設計方案制定出來並經批準後，就要付諸實施，這是設計方案付諸行動的階段，也是運用科學方法收集感性材料的階段。這個階段是時間最長、工作最辛苦的階段。如果說前兩個階段主要是課題負責人和部分主要研究人員參與的話，而這個階段則需要整個課題組****，配合行動。觀察法、實驗法、調查法是收集和獲取第壹手客觀事實材料的基本手段。
（壹）觀察法（observation） 醫學科學研究始於觀察。觀察是醫學研究最基本的方法。觀察的基本要求是：必須堅持全面、客觀、實事求是的原則和壹絲不茍的科學態度，不能主觀武斷，不能固執己見；要做好詳細、準確、精確的觀察記錄，不能想當然地憑主觀臆斷，不能無中生有；要做好創造性的觀察，不能只註意排除其他，同時要註意意外或異常現象。
（2）實驗（experiment）實驗是獲得準確、典型的科學研究材料的重要手段之壹。所謂 "實驗"，就是人為地從實驗條件下發生的現象中獲取信息。實驗的基本要求：制定好實驗方案；先做預實驗，再做正式實驗；規範實驗操作；做好實驗記錄；控制實驗誤差。衡量實驗成功與否的標準是能否重復實驗結果。
（三）調查（investigation）調查是認識人群疾病現象、流行規律和評價壹個國家、壹個地區居民健康水平的重要方法。如人群健康調查、流行病學調查、地方病調查、病原學調查、職業病調查等方面。
調查有現場調查、前瞻性調查、回顧性調查、追蹤調查等類型。調查的基本要求：必須堅持客觀性原則，實事求是，尊重客觀事實；必須制定詳細的調查方案和調查表格；系統收集，全面記錄，大處著眼，小處著手。
四、調研信息的加工和數據處理
觀察、實驗和調查活動結束後，便開始對獲取的調研信息進行加工、整理和數據處理。通過科學的加工、去因和統計分析，以揭示各因素之間的相互關系。為最後的總結分析、歸納推理、抽象概括和提出研究結論做準備。這壹過程是排除偶然，發現必然；透過現象，發現規律的重要步驟。
獲得的原始資料，壹般都比較龐雜淩亂，有的是數據，有的是圖形，有的是切片，有的是照片。首先要進行分類，原則上凡是能量化的盡量用數字表示，切片、照片等不能量化的結果，可以用分級打分等方法表示。其次，要進行信息核查，包括人工核查和計算機核查。對核查無誤的信息按性質重新分組，然後匯總信息，最後分別進行統計處理。
第五，總結分析，提出研究結論，撰寫研究報告
這壹階段主要是運用分析、綜合、歸納和抽象等理性認識的方法，把感性材料轉化為理性概念，從中得出科學結論。達爾文說過"科學就是組織事實，以便從中得出普遍規律和結論"。
總結分析，就是對占有的實驗、調查或觀察到的感性材料，有意識地運用辯證的觀點，分析其中哪些設計在理論上是成立的，並在實驗中得到了證實；哪些觀點在實驗中沒有得到證實或沒有得到充分證實，需要加以修正。這樣，圍繞假設的中心思想，根據材料、表格、圖片等，分門別類，綜合提煉材料所說明的觀點，明確每組材料所得出的結果，以及從結果中從理論上得出的結論。
研究報告是各類研究項目中最基本的，標誌著項目完成的通用表達形式。無論是基礎研究、應用研究還是開發研究，無論是動物實驗、臨床觀察還是現場試驗、流行病學調查，無論是藥物、制劑、醫療器械開發還是醫學計算機軟件等，項目完成後都必須寫出研究（開發）報告，辦理項目的竣工驗收、鑒定和歸檔手續，並作為申請獎勵的主要技術資料。
研究報告包括兩大部分，壹是工作報告，二是技術報告。前者是工作總結性質的報告，主要介紹立項課題、研究背景、實施方案、研究成果及存在問題、下壹步打算等內容。後者是成果的核心材料，反映了課題研究的全部技術內容。