根據註冊方式的不同，執業藥師註冊流程如下：
執業藥師註冊網上全程辦理流程：申請人登錄(藥品監督管理總局執業藥師註冊平臺)→網上填寫個人基本信息→將材料掃描上傳進行網上申報→打印註冊申請表→網上提交註冊申請。
執業藥師註冊網上申報，窗口辦理流程：申請人提出註冊申請→註冊機構受理出具受理證明→審核申請材料→復審申請→許可決定簽發註冊證書→送達。
執業藥師註冊材料如下：
首次註冊：
1、《執業藥師首次註冊申請表》。按照要求填寫信息後，打印蓋章。
2、營業執照復印件（加蓋執業單位公章）。
3、縣級（含）以上醫院出具的本人6個月內的健康體檢表復印件（加蓋執業單位公章）。
4、《藥品經營許可證》或《藥品生產許可證》或《醫療機構執業許可證》復印件（加蓋執業單位公章）。
5、《執業藥師資格證書》原件。
6、《執業藥師繼續教育學分證明》原件。
再次註冊：
1、《執業藥師再次註冊申請表》。按照要求填寫信息後，打印蓋章。
2、營業執照復印件（加蓋執業單位公章）。
3、縣級（含）以上醫院出具的本人6個月內的健康體檢表復印件（加蓋執業單位公章）。
4、《藥品經營許可證》或《藥品生產許可證》或《醫療機構執業許可證》復印件（加蓋執業單位公章）。
5、《執業藥師資格證書》原件。
6、《執業藥師繼續教育學分證明》原件（從上次註冊證生效時間往後推年份）。
變更註冊：
1、《執業藥師變更註冊申請表》。按照要求填寫信息後，打印蓋章。
2、營業執照復印件（加蓋執業單位公章）。
3、縣級（含）以上醫院出具的本人6個月內的健康體檢表復印件（加蓋執業單位公章）。
4、《藥品經營許可證》或《藥品生產許可證》或《醫療機構執業許可證》復印件（加蓋執業單位公章）。
5、《執業藥師資格證書》原件。
6、《執業藥師繼續教育學分證明》原件（從上次註冊證生效時間往後推年份）。
註銷註冊：
1、《執業藥師註銷註冊申請表》。按照要求填寫信息後，打印蓋章。
2、營業執照復印件（加蓋執業單位公章）。
3、離職證明原件，加蓋原單位人事部門紅章，單體門店的加蓋門店紅章。
4、《執業藥師資格證書》原件。
5、《執業藥師繼續教育學分證明》原件（從上次註冊證生效時間往後推年份）。
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