根據上述職責，市食品藥品監管局設18個內設機構。
(壹)辦公室。
負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔政務信息、統計、信訪、議案、建議、提案、保密、政府信息公開、安全保衛等工作；承擔重要事項的組織和督查工作。
(二)綜合協調處(對外交流合作處)。
承擔市食品藥品安全委員會辦公室日常工作，指導區縣食品藥品安全委員會及其辦公室開展相關工作；組織開展食品藥品監督管理的對外交流與合作。
(三)法制處(研究室)。
負責本系統推進依法行政綜合工作；起草本市食品藥品監督管理的地方性法規草案、政府規章草案；組織擬訂食品藥品監督管理稽查制度；負責行政執法工作的監督；承擔行政復議、行政應訴的有關工作；負責機關行政規範性文件的合法性審核及有關備案工作；承擔本市食品藥品安全重大問題的調查研究工作，開展安全形勢分析，並提出相關政策建議；研究擬訂食品藥品安全規劃、計劃和食品藥品監督管理政策、措施；負責綜合性文稿的起草工作。
(四)食品生產監管處。
負責本市食品的生產許可管理工作；負責生產環節食品質量安全監督管理工作，組織協調對生產環節食品安全違法案件的查處工作；負責問題食品召回管理工作。
(五)食品流通監管處。
負責本市食品的流通許可管理工作；負責食品貿易商、食雜店、商場超市、便利店等流通環節食品安全監督管理工作，組織協調對流通環節食品安全違法案件的查處工作。
(六)食品市場監管處。
負責本市以食品集中交易市場、食品物流配送等業態方式經營食品，以及廟會、遊園會、展銷會等場所內經營食品的安全監督管理工作；依法負責利用自動售貨設備、互聯網、郵購、電視電話購物等無店鋪方式經營食品的安全監督管理工作；組織協調對上述領域食品安全違法案件的查處工作。
(七)餐飲服務監管處。
負責本市餐飲服務許可管理工作；負責以餐館、快餐店、小吃店、飲品店(甜品店)、食堂、集體用餐配送單位、中央廚房、鄉村民俗旅遊戶、夜市餐飲服務、餐飲具清洗消毒服務等業態方式經營食品的安全監督管理工作；組織協調對餐飲服務環節食品安全違法案件的查處工作；組織大型活動餐飲服務食品安全保障工作。
(八)藥品註冊處。
負責組織實施國家藥品標準，監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範；組織擬訂醫療機構制劑規程和中藥飲片炮制規範，並組織實施；負責藥品、直接接觸藥品的包裝材料和容器、藥用輔料、中藥保護品種、處方藥與非處方藥轉換的註冊申請的審核工作；負責藥品再註冊以及不改變藥品內在質量的補充申請、醫療機構制劑和已有國家標準藥用輔料的註冊申請的審批工作；負責醫療機構制劑調劑的管理；審查藥品進口通關備案；組織協調對藥品註冊環節違法案件的查處工作。
(九)藥品生產監管處。
負責本市藥品生產、藥品委托生產、醫療機構制劑配制許可及生產質量管理規範認證，並監督實施；依法承擔放射性藥品、麻醉藥品、醫療用毒性藥品、精神藥品、藥品類易制毒化學品(以下簡稱特殊管理藥品)的監督管理工作；組織開展藥品不良反應監測；負責藥品再評價和淘汰藥品的初審工作；組織協調對藥品生產環節和涉及特殊管理藥品的違法案件的查處工作。
(十)醫療器械註冊和監管處。
組織實施醫療器械標準和分類管理制度；負責本市第壹、二類醫療器械產品註冊申請和國產第三類醫療器械不改變產品內在質量變更申請的審批工作，監督實施醫療器械臨床試驗管理規範；負責醫療器械生產許可，監督實施生產質量管理規範；負責對醫療機構采購、儲存、使用醫療器械進行質量監督；組織開展醫療器械不良事件監測及再評價相關工作；組織協調對醫療器械註冊、生產、使用環節違法案件的查處工作。
(十壹)藥品醫療器械市場監管處(廣告審批處)。
負責本市藥品批發經營、互聯網藥品信息服務、互聯網藥品和醫療器械交易服務的許可及監督管理；負責藥品零售經營、醫療器械經營許可管理工作；組織並監督實施藥品、醫療器械經營質量管理規範認證；組織實施藥品分類管理和醫療器械經營企業分類管理制度；負責醫療機構使用藥品的質量監督；負責問題藥品、醫療器械產品召回管理工作；組織協調對藥品、醫療器械經營環節違法案件的查處工作；負責藥品、醫療器械、保健食品廣告的審批及監督管理。
(十二)保健食品化妝品註冊和監管處。
負責本市國產保健食品、特殊用途化妝品註冊申請的審核工作；負責非特殊用途化妝品(含進口)的備案工作；負責保健食品、化妝品生產許可及監督管理；負責保健食品經營許可管理和化妝品經營監督管理；組織開展化妝品不良反應監測；負責保健食品、化妝品召回管理工作；組織協調對保健食品、化妝品生產、經營環節違法案件的查處工作。
(十三)應急管理處(醫藥物資儲備管理處)。
負責本市食品藥品安全應急體系和能力建設；組織編制本市食品藥品安全應急預案並開展演練；組織開展食品藥品安全突發事件處置和應急救援工作；組織食品藥品安全事故的調查處理工作；指導協調各區縣食品藥品安全應急管理工作；負責醫藥物資儲備管理、應急調用協調等工作。
(十四)風險監測處。
負責本市食品藥品安全統計工作；分析預測食品藥品安全總體狀況，組織開展食品藥品安全風險評估、預警和風險交流；擬訂食品藥品和直接接觸藥品的包裝材料和容器的質量安全風險監測抽檢計劃，並組織實施，發布質量安全公告；擬訂本市重點監督管理的食品和食用農產品名錄。
(十五)科技和標準處(信息管理處)。
負責擬訂本系統科技發展規劃、信息化工作規劃及年度計劃，並組織實施；組織食品藥品監督管理重大科技項目的實施工作；參與食品安全標準制定修訂工作；推動食品藥品檢驗檢測體系、電子監管追溯體系建設；負責食品藥品安全專家學者的日常聯絡；組織協調食品藥品監督管理重大信息工程項目的建設；負責食品藥品安全信用信息平臺、電子監管追溯信息平臺、應急指揮信息平臺的建設、運行維護和信息數據歸集、發布、管理工作；負責機關電子政務工作。
(十六)新聞宣傳處。
負責本市食品藥品安全新聞宣傳，開展輿情監測及應對處置工作；實施食品安全信息統壹發布制度，公布重大食品藥品安全信息；承擔食品藥品安全科普宣傳工作。
(十七)人事教育處(離退休幹部處)。
負責本系統的幹部人事、機構編制、隊伍建設、教育培訓等工作；負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作；執行執業藥師資格準入制度，組織實施執業藥師註冊工作；組織建立食品安全生產經營單位主要負責人培訓考核制度，組織開展對食品安全管理員的培訓。
(十八)財務處(審計處)。
負責編報部門預決算和管理資金的使用；負責本系統財務、固定資產、執法裝備的管理；組織實施內部審計；承擔行政事業性收費的監督管理工作。
機關黨委(基層工作處)負責機關及直屬單位的黨群工作；負責本系統基層建設工作；負責本系統思想政治工作和精神文明建設工作；組織擬訂本系統績效管理考核制度，並組織實施。
工會負責機關及直屬單位的工會工作。
紀檢、監察機構按有關規定派駐。