1、初審申報。
參保單位或參保個人首次申請須在每季度最後壹個月15日以前，憑《醫保手冊》）到初審醫院醫保科領取表格並完整填寫《特殊病種門診申請表》，同時備齊申報病種的相關病歷資料（或復印件）、壹張近期1寸免冠照片，選定壹家定點醫院和壹家特殊病種門診服務藥店就醫、購藥。
異地安置人員特門申報由單位醫保專幹或本人到本市本級特門初審鑒定醫院醫保科辦理相關手續。
2、醫院初審。初審醫院收齊申請人的相應資料後，組織本院醫療專家診查並初步鑒定。
3、專家評審。市醫療保險處每季季末組織本市城鎮職工基本醫療保險專家委員會進行集中評審，專家委員會根據特門確認標準進行逐個審定。
4、發放《特殊病種門診專用病歷》。經市專家委員會評審通過的，特門申請人在下個季度第壹個月5個工作日以後，攜帶《醫保手冊》到市醫療保險處領取《特殊病種門診專用病歷》，評審通過者於當月開始享受基本醫療保險特殊病種門診待遇。經市專家委員會評審未通過的，註明未批準的原因並書面告知，同時將病歷資料退回申請人。
5、特殊病種續辦程序。特殊病種門診A、B類有效期為兩年，C類有效期為壹年。病情未愈須繼續治療的，需要辦理續辦手續。
特殊門診報銷如下：
（壹）特殊病種門診治療申請
參保人持本人疾病證明、出院小結在本市居民醫保定點醫療機構醫保辦填表提出申請，由醫保辦進行初步審核，市社保局復審批準後，申請人可於次月享受門診特殊病種治療報銷待遇。
（二）特殊病種門診治療報銷
參保人持本人居民醫保卡在所申報的本市居民醫保定點醫院進行特殊病種門診的就醫治療，結賬時參保人憑居民醫保卡、門診處方直接在醫院醫保辦進行結算，並按規定予以報銷。
綜上所述：特殊病種也可以進行門診報銷，報銷比例各地規定不壹，各地的人社相關部門也出臺了相關的規定對於特殊病種門診報銷進行了規定。壹般情況下，特殊病種的門診報銷是不設起付線的，而且壹般可以按照患者實際支付費用的75%的比例來計算補償，如果超過了年度限額醫保的話，那麽就不予報銷。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》
第二十六條
職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。