轉關運輸的進口貨物，應當自運輸工具申報進境之日起14日內，在進境地辦理海關手續，並在海關規定的期限內，自抵達目的地之日起14日內，在目的地辦理海關手續。逾期未繳納的，按規定征收。
(二)提前報關通關時限。
(壹)轉關運輸進口貨物應當自電子數據申報之日起5日內，向進境地海關辦理轉關手續。如果進境地海關逾期未辦理轉關手續，則意味著啟運地海關取消了提前申報的電子數據。
(二)出口轉關貨物應當自電子數據申報之日起5日內抵達啟運地海關監管場所，辦理轉關通關手續。逾期的，啟運地海關將註銷提前申報的電子數據。1.提前通關
進口貨物的收貨人或者其代理人應當在進境地海關辦理進口貨物通關手續前，將《進口貨物報關單》電子數據錄入目的地海關。是指起運地海關提前接受電子申報，接受申報後，計算機自動生成“轉關運輸貨物報關單”，並將相關數據傳輸至進境地海關。提前申報的轉關運輸貨物收貨人或其代理人應向進境地海關提供“轉關運輸進口貨物報關單”編號，並提交轉關運輸相關單證。
2.直接轉移模式的轉移
貨物收貨人或其代理人在進境地錄入報關資料辦理通關手續，憑相關單證直接辦理通關手續。
3.過境運輸方式
壹般來說，進口轉關運輸方式采用提前報關。有運單的收貨人或其代理人需要變更國內運輸工具的，在目的地海關辦理進口申報手續後，由國內承運人或其代理人根據目的港提交轉關運輸貨物報關單、轉關運輸進口貨物通知書、紙質艙單(航空運單)辦理海關手續。1.提前通關
貨物運抵啟運地海關監管場所前，發貨人或其代理人應當先向啟運地海關錄入《出口貨物報關單》電子數據，啟運地海關提前接受電子申報，生成《出口貨物報關單》數據，傳輸至啟運地海關。貨物應當自電子數據申報之日起5日內抵達啟運地海關監管場所，憑相關單證向啟運地海關辦理出口轉關手續。
2.直接轉移模式的轉移
貨物到達啟運地海關監管場所後，發貨人或其代理人向啟運地海關輸入《出口貨物報關單》電子數據，啟運地海關接受電子申報，生成《出口貨物報關單》數據並傳輸至啟運地海關。發貨人或其代理人憑有關單證向啟運地海關辦理出口轉關手續。
3.過境運輸方式
對於已有運單，需要由國內運輸工具替代的出口轉關貨物，發貨人或其代理人在啟運地海關辦理出口申報手續後，承運人或其代理人向啟運地海關錄入並提交出口轉關貨物報關單、電子或紙質艙單、汽車貨物登記簿或船舶監管簿等單證。啟運地海關核準後，簽發“出口貨物轉關運輸通知書”，承運人或其代理人據此辦理轉關運輸貨物出境手續。海關監管貨物的轉關運輸，除按有關規定進行加工貿易深加工結轉外，均按進境轉關方式辦理，即:
1.提前報關的，轉運地(相當於啟運地)貨物收貨人及其代理人應當在轉運地海關辦理貨物監管通關手續前，將進口貨物電子數據報關單錄入轉運地(相當於進境地)海關。中轉地海關會提前接受電子申報，生成“轉關運輸貨物報關單”傳送給中轉地海關。轉關貨物的收貨人或其代理人憑“轉關貨物申報單”、“汽車貨物登記簿”或“船舶監管簿”及“轉關貨物申報單”編號在轉關目的地海關辦理通關手續。
2.直接轉關的，轉關貨物的收貨人或其代理人在轉關地點錄入報關資料，憑《轉關運輸進口貨物報關單》和《車輛貨物登記簿》或《船舶監管簿》直接辦理轉關手續。貨物抵達轉運地後，海關監管轉運地的收貨人及其代理人應當在轉運地辦理貨物報關手續。