關於商藥局這壹職位的由來，《唐六經》卷十壹《宮省商藥局》中說:“自梁、陳及後魏以來，皆醫者各司其職。北齊門下省尚同藥局。”商藥局好像是在北齊創辦的，但這種說法並不準確。這個帖子可以追溯到東漢時期。
東漢張合(87-88)後，有壹品藥監，由宦官任命。後部廢物負載未知。《續漢書·百官誌三》說:“章及以下，中官略寬，加藥、太官、禦官、鉤盾、方上、考工、監等，各六百元，官照做。
這壹官員被列入舒威《官史誌》。從五類來看，是否太監不得而知。
魏晉以來，上簡瑤、藥廠司都是類似的官職，且大多隸屬於太乙令。自南朝梁朝開始，就設置了商藥局。“商藥局為朝廷，自梁晨起，為大夫，有其職。”北魏將中醫科劃歸太常管理，部分由藥典管理。
北齊時期進行了醫政改革，將太常太醫署主管藥品的人員獨立設置，劃歸廈門省管理。這個時候，不僅是藥品的管理，還有皇帝的醫療。因此商藥局的地位自此得以提升，其在長弓商藥典中的官制產品升級為正五品，而在商藥成中的官制產品則升級為下屬七品。
局中也有四人，分別是“欽差顧問、藥監。”北齊時期有許多宮廷衛生機構，商藥局就是其中之壹。隋唐時期有商藥局，但在規模、等級、職能等方面有所變化。隋朝初年，尚藥局仍劃歸門下省，均為正五品。煬帝即位後，回到殿中反省，殿宇改名為馮玉。唐代尚藥局屬宮省，侍奉二人。正五下。隆碩二年(公元662年)，商藥局改為鳳儀藥局，並於鹹亨元年(公元670年)恢復。宋代商藥局的人員規模與唐代大致相當。晉代商藥局隸屬宣惠醫院，商藥局推薦正五品，使其隸屬五品。元初，尚藥局仍設。後因商藥局與商藥局在藥膳方面聯系頻繁，至元二十年(公元1354年)商藥局並入商藥局。明清時期沒有商藥局，職能由禦醫院和禦藥房分擔。