專項資金主要用於省級發展支出和對市縣(市)的專項轉移支付。第三條本辦法適用於專項資金的設立、調整、取消、執行、績效評價和監督。
經國務院或財政部批準設立並納入財政部政府性基金目錄的政府性基金和中央財政專項補助，參照本辦法的規定進行管理。國家另有規定的，從其規定。第四條專項資金管理遵循依法設立、統籌兼顧、公開透明、規範管理、績效評價和跟蹤監督的原則。第五條任何單位和個人有權對專項資金收支管理中發生的各種違法違紀行為進行投訴、舉報和控告。第二章管理職責第六條省級財政部門履行以下專項資金管理職責:
(壹)負責專項資金的宏觀管理和政策的研究制定，會同省級主管部門建立和完善專項資金的具體管理制度；
(二)負責專項資金的設立、調整和撤銷等事項的審核工作，並按程序報省人民政府審批；
(三)匯總整理有效專項資金目錄，提交省人民政府審議確定；
(四)組織編制和執行專項資金支出預算；
(五)組織績效管理，實施績效評價和再評價；
(六)監督管理專項資金支出活動；
(七)組織專項資金實施期限屆滿或取消後的清算、資金回收等相關管理工作；
(八)法律、法規和規章規定的其他職責。第七條省級業務主管部門對本部門管理的專項資金履行下列職責:
(壹)配合省級財政部門建立健全專項資金具體管理制度，設定專項資金績效目標，制定管理流程，明確責任主體，規範資金管理；
(二)根據預算管理的要求，編制專項資金支出預算；
(三)執行經批準的專項資金支出預算，監督專項資金的使用；
(四)根據績效目標對專項資金的執行績效進行自我評價；
(五)專項資金的財務管理和會計核算，按規定向省財政部門報送專項資金使用情況，並實施自查自評；
(六)負責管理已到期或被撤銷的專項資金；
(七)法律、法規和規章規定的其他職責。第八條省審計、監察機關按照各自職責負責對專項資金的支出管理活動進行審計、監督，並對違反本辦法的行為依據有關法律法規進行處理。第三章設立、調整和取消第九條專項資金應當依據法律、法規、規章或者本省有關規定設立，符合公共財政投入方向，主要滿足政府提供公共產品和服務的需要。
不得重復設立專項資金，不得新增與現有專項資金使用方向或用途壹致的專項資金。第十條專項資金的設立須經省人民政府批準。
專項資金的設立由省級業務主管部門提出申請，經省級財政部門審核後，報省級人民政府批準；或者由省財政部門提出申請，報省人民政府批準。第十壹條申請設立專項資金，應當提供績效目標和可行性研究報告。省級財政部門應當會同省級主管部門組織對專項資金設立的必要性、可行性、資金規模和績效目標進行論證。
必要時，省級財政部門可以通過組織聽證會等方式聽取公眾對專項資金設立的意見。第十二條中央財政專項補助需要省級財政安排配套資金的，由省級財政部門核定。省級業務主管部門應向省級財政部門提出書面申請，並提供所需證明文件。第十三條專項資金經批準設立後，省財政部門應當會同省主管部門制定具體管理制度。管理制度應當包括專項資金的用途、績效目標、使用範圍、管理職責、實施期限、分配方式、支出管理、審批程序和責任追究等內容。第十四條專項資金應當明確實施期限，實施期限壹般不超過五年。法律法規另有規定的，從其規定。
專項資金執行期滿後，不再列入下壹年度專項資金目錄。第十五條專項資金在實施期間需要調整使用範圍或額度的，應當經省財政部門同意，報省人民政府批準。