根據上述職責，市食品藥品監督管理局設6個職能處室。
（壹）辦公室（掛行政審批處牌子）。綜合協調和督促檢查局機關的行政事務工作；起草重要文稿；承辦文秘、檔案、新聞宣傳、機要、信訪、保衛等日常政務工作；承擔應急管理工作；承擔信息化建設和信息綜合、統計管理工作；負責局機關後勤保障、財務監管、資產管理、內部審計等工作；監督指導直屬單位國有資產和財務管理。
負責行政審批受理窗口的日常管理，負責行政審批事項的受理、審查、督辦、校核，核發行政審批決定書和許可證；規範行政許可和政務公開工作。
（二）藥品註冊與安全監管處。監督實施國家藥品、輔料、直接接觸藥品的包裝材料和容器的法定標準；負責藥品生產企業、醫療機構制劑室、直接接觸藥品的包裝材料和容器生產企業、新藥研發單位和機構的日常監管；組織實施藥品生產環節的抽樣檢驗；監督實施藥品生產、醫療機構制劑配制、藥物非臨床研究、藥物臨床試驗、中藥材生產質量管理規範；監督實施藥品不良反應、藥物濫用監測制度；監督管理麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、放射性藥品的生產、經營和使用；監督管理藥源性興奮劑和藥品類易制毒化學品的生產；實施國家基本藥物制度，組織實施藥品分類管理制度；指導藥品檢驗檢測機構的業務工作。
（三）藥品流通監管處。貫徹實施國家、省藥品流通法律法規和規章；負責藥品經營企業日常監管；負責醫療機構使用藥品的質量監管；組織實施藥品流通、使用環節的抽樣檢驗；監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施流通領域處方藥、非處方藥分類管理制度以及城鄉集貿市場中藥材購銷規則；監督管理藥源性興奮劑和藥品類易制毒化學品的經營和使用；負責互聯網藥品信息服務和交易行為的監管；參與藥品集中招標監督管理工作；檢查藥品廣告發布情況。
（四）醫療器械監管處。監督實施醫療器械、體外診斷試劑、衛生材料產品的法定標準、產品分類管理目錄及註冊產品標準；負責醫療器械研制、生產、經營、使用的日常監管；監督實施醫療器械生產質量管理規範；負責醫療機構使用醫療器械的質量監管；組織實施醫療器械的抽樣檢驗；參與醫療器械集中招標監督管理工作；負責醫療器械不良事件監測工作；指導醫療器械檢驗檢測機構的業務工作；檢查醫療器械廣告發布情況。
（五）餐飲服務監管處（掛保健食品化妝品監管處牌子）。監督實施餐飲服務食品安全管理規範；組織實施餐飲服務單位衛生量化分級管理制度；監督實施餐飲服務食品安全標準，負責重大活動餐飲服務的監督管理工作；開展餐飲服務食品安全狀況調查評價,承擔餐飲服務食品安全狀況風險監測有關工作；監督抽檢餐飲服務食品安全並發布日常監督管理信息；參與餐飲服務環節食品安全事故調查處理；指導餐飲服務食品檢驗檢測機構的業務工作。
負責保健食品監督管理；負責化妝品衛生監督管理；依法監督實施保健食品、化妝品生產經營質量管理規範；依法監督實施保健食品、化妝品標準和技術規範；負責保健食品生產和經營活動的日常監管；監督化妝品生產及其經營衛生；承擔保健食品、化妝品安全性檢測和評價、不良反應監測等工作；檢查保健食品廣告發布情況；負責保健食品、化妝品檢驗檢測機構的監督管理；承擔保健食品生產許可和產品註冊、化妝品生產衛生許可有關工作。
（六）人事教育處（掛法規處牌子）。負責局機關及所屬單位的機構編制、人事管理、隊伍建設等工作；協助做好作風建設、效能建設及維穩工作；負責局機關及下屬事業單位離退休人員管理服務工作。協助地方黨委做好縣（市、區）食品藥品監管局幹部管理工作；指導系統開展幹部業務培訓和行政相對人專業知識培訓；組織開展食品藥品監管有關的對外交流與合作；貫徹實施執業藥師資格認定制度；參與相關專業技術人員管理工作；組織實施醫藥行業有關專業技術職稱評聘和從業人員職業資格準入制度。
負責規範性文件和行政處罰案件的審核以及規範性文件和重大行政處罰案件的備案審查；負責行政執法監督工作；承辦行政復議及行政訴訟應訴和賠償等工作，主持行政處罰聽證，組織行政許可聽證；組織普法工作。
直屬機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。