根據上述職責，自治區人力資源和社會保障廳設24個內設機構：
（壹）辦公室
負責機關政務事務工作，承擔綜合協調和督促檢查；負責機關文電、會務、機要、檔案、財務、修誌、提案（議案）辦復、政務公開、保密工作，綜合管理機關信息化建設；負責綜合治理工作；負責對口扶貧幫扶工作；指導機關服務中心的工作。
（二）政策研究處
組織開展人力資源和社會保障地方性政策研究工作；承擔重要文稿起草工作；協調專家咨詢工作；承擔人力資源和社會保障新聞宣傳及新聞發布工作。
（三）法規處
組織起草人力資源和社會保障地方性法規和規章草案；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；監督檢查相關政策法規執行及依法行政情況；承擔相應行政復議、行政應訴和行政處罰聽證工作；承擔相關法律、法規、行政規章的培訓咨詢和普法宣傳教育工作及有關法律事務工作。
（四）規劃財務處
擬訂人力資源和社會保障事業發展規劃和年度計劃；承擔編制全區社會保險基金預決算草案工作，參與擬訂人力資源和社會保障資金(基金)財務管理制度並監督實施；承擔廳機關和廳屬事業單位的財務指導和審計工作；承擔專項資金、國有資產管理、基建、政府采購工作；承擔有關信息化建設規劃和統計管理工作；承擔有關科技項目和國際援貸款項目。
（五）就業促進處
擬訂就業規劃和年度計劃，擬訂勞動者平等就業、農村勞動力轉移就業和跨地區有序流動政策，健全公***就業服務體系；指導規範公***就業服務信息管理；參與擬訂專項就業資金使用管理辦法；牽頭擬訂高校畢業生就業政策，承辦普通高中等院校畢業生就業信息統計、就業派遣等工作；擬訂就業援助和特殊群體就業政策；擬訂國（境）外人員（不含專家）來疆就業管理政策。
（六）人力資源市場處
擬訂人力資源市場發展規劃和相關政策，負責人力資源市場監管工作；擬訂區內外人力資源服務機構市場準入管理制度；指導和監督對職業中介機構的管理；擬訂人員調配政策，並按規定承辦調配人員事宜，承辦自治區特殊需要人員的調配工作；組織實施選派專業技術人員到邊遠艱苦地區服務工作；承擔新疆緊缺人才信息發布工作；會同有關部門承辦科技副縣（市、區）長選派及科技特派員工作。
（七）軍官轉業安置處（自治區軍隊轉業幹部安置工作小組辦公室）
負責協調相關部門擬訂軍隊轉業幹部安置、培訓政策和安置計劃，做好自治區區級單位和中央駐疆單位軍隊轉業幹部安置選調和培訓工作；負責協調相關部門做好軍隊轉業幹部隨調家屬安置工作；組織擬訂部分企業軍隊轉業幹部解困和穩定工作政策；負責制訂自主擇業軍隊轉業幹部安置政策；承擔自治區軍隊轉業幹部安置工作小組的具體工作。
（八）職業能力建設處
擬訂城鄉勞動者職業培訓、創業培訓政策和規劃；擬訂全區技能人才、農村實用人才培養和激勵政策，完善職業技能資格制度；擬訂自治區公***實訓基地建設規劃、專項資金使用管理辦法並組織實施；擬訂技工院校、職業培訓機構、職業技能鑒定機構發展規劃和管理規則並監督實施；指導師資隊伍和教材建設；貫徹國家職業分類、職業技能國家標準和行業標準的意見並組織實施；負責自治區職業技能競賽工作。
（九）專業技術人員管理處(自治區專業技術人員職稱辦公室)
擬訂專業技術人才隊伍規劃和政策，組織實施高層次專業技術人才培養和選拔工作，承擔組織享受政府特殊津貼專家的選拔工作；綜合管理深化職稱制度改革工作；擬訂繼續教育政策，負責繼續教育基地的評估認定工作；健全博士後管理制度；擬訂吸引國（境）外專家、留學人員來疆（回疆）工作或定居政策；擬訂國（境）外機構在疆內招聘專業技術骨幹人才管理政策。
（十）事業單位人事管理處
負責事業單位人事制度改革和人事管理工作；貫徹實施事業單位人員和工勤人員管理政策；按照管理權限，承辦事業單位專業技術崗位設置方案的核準或備案事宜；研究制訂事業單位人員考核、獎懲、懲誡、辭職、辭退等管理制度並組織實施。
（十壹）農民工工作處
貫徹落實國家農民工工作綜合性政策和規劃，維護農民工合法權益；推動農民工相關政策的落實，協調解決重點難點問題；協調處理涉及農民工的重大事件；指導、協調農民工工作信息建設。
（十二）勞動關系處
貫徹落實國家勞動關系政策；擬訂勞動合同和集體合同制度實施規範；擬訂全區企業職工工資收入分配調控政策和辦法，指導和監督國有企業工資總額管理和企業負責人工資收入分配；擬訂並組織落實最低工資標準；指導勞動標準制訂工作；監督執行消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊勞動保護政策；參與區級企業勞動模範評定工作。
（十三）工資福利處（自治區機關事業單位工資工作辦公室）
擬訂機關事業單位工作人員工資收入分配、福利和離退休政策；負責機關事業單位人員和工資總額管理工作；擬訂統壹發放工資政策；承辦自治區機關事業單位工資制度改革領導小組具體工作。
（十四）養老保險處
擬訂全區機關企事業單位基本養老保險及其補充養老保險政策；擬訂城鎮居民養老保險政策、規劃和標準；擬訂養老保險基金管理辦法；擬訂養老保險基金預測預警制度；組織落實企業職工離退休政策；擬訂企業死亡職工遺屬待遇和非因工傷殘職工待遇政策和給付標準。
（十五）失業保險處
擬訂全區失業保險政策、規劃和標準；擬訂失業保險基金管理辦法，參與社會保險基金預決算工作；建立失業預警制度，擬訂預防、調節和控制較大規模失業的政策；擬訂經濟結構調整中涉及職工安置權益保障的政策。
（十六）醫療生育保險處
擬訂醫療保險、生育保險政策、規劃和標準；擬訂醫療保險、生育保險相關政策並組織實施；組織擬訂定點醫療機構、藥店的醫療保險和生育保險服務管理、結算辦法及支付範圍和標準；落實國家制定的職工疾病、生育停工期間的津貼標準；擬訂機關企事業單位補充醫療保險政策和管理辦法。
（十七）工傷保險處
擬訂全區工傷保險政策、規劃和標準；完善工傷預防、認定和康復政策；擬訂和完善全區勞動能力鑒定管理辦法，指導監督勞動能力鑒定機構的工作；擬訂全區工傷保險基金管理辦法、待遇項目和給付標準；組織擬訂定點醫療機構、藥店、康復機構、殘疾輔助器具安裝機構的資格標準。
（十八）農村社會保險處
擬訂農村養老保險和被征地農民社會保障的政策、規劃和標準；會同有關方面擬訂農村社會保險基金管理辦法；擬訂征地方案中有關被征地農民社會保障措施的審核辦法，指導監督農村社會保險經辦機構業務工作。
（十九）社會保險基金監督處
擬訂社會保險及其補充保險基金監督制度、運營政策和運營機構資格標準；依法監督社會保險及其補充保險基金征繳、支付、管理和運營，並組織查處重大案件；參與擬訂全區社會保障基金投資政策。
（二十）調解仲裁管理處
貫徹執行國家和自治區勞動、人事爭議調解仲裁法律、法規、規章、政策；擬訂勞動、人事爭議調解仲裁工作的實施規範，指導監督勞動、人事爭議調解仲裁工作；指導開展勞動、人事爭議預防工作；依法組織處理有關勞動、人事爭議及相關協調工作；承擔自治區勞動、人事爭議仲裁委員會辦公室日常工作。
（二十壹）信訪辦公室
擬訂自治區人力資源和社會保障信訪政策和工作規章制度，監督、檢查、指導全區人力資源和社會保障信訪工作；負責受理、組織、協調、交辦、轉送、督辦人民群眾提出的有關人力資源和社會保障方面的信訪事項；會同有關部門協調處理有關勞動、人事方面的重大信訪事件或突發事件。
（二十二）勞動監察處
擬訂勞動監察工作規劃和工作規範；組織實施勞動監察，依法查處和督辦重大案件；指導地方開展勞動監察工作；協調勞動者維權工作，組織處理有關突發事件；承擔其他人力資源和社會保障監督檢查工作。
（二十三）外國專家局
貫徹執行國家和自治區有關外國專家管理服務的政策法規；歸口管理外國專家工作，完善國外人才資源庫；實施外國專家行政許可及獎勵工作；負責制定引進國外智力工作的有關政策、措施和管理辦法並監督執行；負責引進智力成果的示範和推廣工作；負責引進國外智力經費預算和分配方案並組織實施；歸口管理自治區出國（境）培訓工作，負責非教育系統公派留學和外語培訓工作；負責人力資源和社會保障系統國際交流與合作事項。
（二十四）人事處
負責廳機關及直屬單位人事工作和機構編制工作；擬訂人力資源和社會保障系統幹部教育培訓工作計劃並組織實施；負責人力資源和社會保障系統表彰獎勵工作；承辦自治區管理的部分領導人員的行政任免手續；負責廳機關及直屬單位人員出國(境)政審工作；負責機關和直屬單位社會團體的管理工作。
機關黨委負責廳機關和直屬單位的黨群工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）的派駐機構，負責機關和直屬單位黨的紀律檢查和行政監察工作，指導本系統黨的紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責廳機關、公務員局離退休人員管理服務工作；指導社會保險管理局及廳直屬單位的離退休人員服務工作。
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