根據上述職責，石家莊市食品藥品監督管理局設11個內設機構：
（壹）辦公室
負責綜合協調機關日常政務，負責文秘、檔案、值班、信訪、保密、政府信息管理、重要會議組織等工作;承擔機關行政後勤工作；負責應急管理的組織協調；擬定部門發展規劃並組織實施；負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
（二）人事教育處
負責機關、派出機構和直屬單位的機構、編制、人事管理、工資、培訓工作；按規定組織實施執業藥師資格認定制度、食品藥品等相關專業技術職務審評和從業人員職業資格準入制度；負責全市食品藥品監督管理有關人員的培訓。
（三）財務裝備處
負責擬定局內財務、會計、裝備、固定資產和基本建設的管理制度並組織實施；負責機關及直屬單位預決算、財務收支等財務管理和會計事務；開展內部審計及分支機構的監督管理。
（四）政策法規處
組織開展食品藥品監督管理的政策研究；參與起草地方性法規和規章草案；負責行政執法監督；承擔行政復議、行政應訴和聽證工作；負責行政處罰案件核審和重大行政處罰案件的備案工作；負責完善全市餐飲、藥品等從業人員法定健康檢查制度並監督實施；負責新聞宣傳；指導本系統法制建設和法制宣傳教育工作。
（五）食品監管處
負責餐飲服務許可和監督管理工作；監督實施餐飲服務食品安全管理規範，依法查處餐飲服務食品安全事故；協助有關部門收集餐飲服務食品安全風險評估信息和資料。
（六）化妝品保健食品監管處
按規定負責保健食品和化妝品行政許可；負責保健食品、化妝品監督管理；監督實施保健食品、化妝品安全管理有關規範；按規定負責保健食品、化妝品註冊及相關事宜；依法組織查處化妝品保健食品安全事故。
（七）藥品註冊處
負責醫療機構申請配制制劑的受理上報工作；負責醫療機構制劑品種的再註冊資料形式審查和上報工作；負責完成指定的藥品、醫療機構制劑、直接接觸藥品包裝材料和容器註冊申請的現場核查；負責直接接觸藥品包裝材料和容器生產企業日常監督管理和監督抽樣工作。
（八）醫療器械監管處
依法核發醫療器械壹類產品註冊證；組織實施國家有關醫療器械法律、法規和規章；依法查處違法違規行為；實施醫療器械產品分類管理和生產經營質量管理規範；負責醫療器械不良反應事件監測和再評價工作；依法對轄區內醫療器械研制、生產、經營、使用單位進行監督管理和監督抽樣工作。
（九）藥品安全監管處
負責組織實施處方藥與非處方藥分類管理工作；組織開展藥品不良反應、藥品濫用監測工作；監督實施藥品生產質量、醫療機構制劑質量、中藥飲片生產質量管理規範；負責藥品生產企業和醫療機構制劑室的監督管理工作；負責藥品委托生產的初審和監督管理工作；依法監管藥品生產企業放射性藥品、麻醉藥品、醫療用毒性藥品、精神藥品、藥品類易制毒化學品、戒毒藥品的生產、使用；負責監督實施國家藥品標準、醫療機構制劑標準和中藥飲片炮制規範；指導轄區內藥品檢驗機構的業務工作。
（十）藥品市場監管處
依法核發藥品零售企業（含連鎖）許可證，對藥品零售連鎖企業從事二類精神藥品業務進行審批；負責組織實施藥品零售企業的經營質量管理規範工作；依法監管麻醉藥品、醫療用毒性藥品、精神藥品、戒毒藥品和藥品類易制毒化學品的經營；負責藥品經營企業的監督管理；負責藥品流通領域實施處方藥、非處方藥的分類管理；依法監督中藥材專業市場、從事互聯網藥品信息服務單位；依法查處違規經營藥品行為；負責違法藥品廣告的監測檢查、移交及匯總上報工作。
（十壹）藥品稽查處
貫徹執行藥品、醫療器械監督管理稽查制度，依法查處藥品、醫療器械違法行為；組織實施全市藥品質量抽檢；負責藥品使用單位的監督管理；參加全市藥品安全的專項執法監督檢查活動；指導和監督縣（市）、區食品藥品監督管理機構藥品稽查執法、應急處置；組織實施假劣藥品的銷毀、辦理案件的產品召回和案件查處工作；受理對藥品、醫療器械的投訴、舉報，依法稽查違法違規行為。
機關黨委
負責機關及直屬單位的黨群工作。
紀檢（監察）室
負責機關及直屬單位的紀檢（監察）工作。