醫生的人力資本在很大程度上已經市場化，醫生的薪酬按市場價格支付，公立醫院壹直面臨著市場化的人力資本供求環境。如果政府不允許市場化價格以公開、規範的方式支付，將無法保證醫療資源的供給能夠滿足市場需求，或者醫療機構只能關起門來運作，以扭曲的方式支付市場化價格。
其次，市場化改革帶來了城鄉居民收入水平的提高。收入水平的提高導致醫療需求急劇增加，同時醫療需求呈現個性化、多樣化的特點。由於資源的行政配置必然具有反應緩慢、配置扭曲、效率低下的特點，政府主導、公共壟斷的體制已經遠遠不能滿足這種迅速膨脹的醫療需求，這種需求還表現為顯著的個性化和多樣化。壹方面，在控制市場準入的條件下，控制醫療服務價格是必然的。控制市場準入，意味著現有的公立醫療機構處於壟斷地位。如果允許自由定價，壟斷價格將高於平均成本，醫療機構將獲得壟斷租金。這是政府不希望看到的。因此，不改變公立醫院的行政壟斷地位，很難放開醫療價格管制。
另壹方面，在我們所有的公共機構中，包括醫院和大學，主要由專業人員組成，他們占據主導地位。壹般來說，作為國家主人的階層不是專業人員，而是行政人員。
醫療行業的特性決定了有效的制度安排應該由醫生群體主導，而不是官僚群體。原因並不復雜。首先，最優激勵機制的基本要求是，生產經營活動中擁有私人信息且難以有效監督的壹方應成為剩余索取者和剩余控制者，從而提供最優激勵。顯然，在醫療活動中最難監管和考核的是醫生(團隊)，所以擁有這種生產活動的剩余索取權和剩余控制權，可以為醫生團隊提供最好的激勵。其次，由於醫患信息嚴重不對稱，以及社會對醫療健康關系到基本人權的基本信念，醫療機構不僅要追求利潤最大化，還要兼顧社會福利。三地改革中所謂的“醫藥分開”都是指取消15%的藥品加成，三地也不同程度提高了醫療服務價格，其中北京友誼醫院漲幅最大，將普通掛號費從5元提高到42元。北京市有關部門表示，醫療服務價格上漲帶來的醫院收入增加，基本彌補了取消15%藥品加成帶來的醫院藥品收入損失。通過提高醫療服務價格來降低藥品成本才是正確的方向。但只是取消藥品加成，並沒有觸及藥品回扣和回扣，所以並沒有真正打破“以藥養醫”的制度，也不可能實行醫藥分開。
顯然，改革不能止步於此，否則打破“以藥養醫”將成為壹句空話。要想真正擺脫“以藥養醫”，需要進壹步提高醫療服務價格，繼續擠壓醫院買藥的收入，壹方面杜絕藥品回扣和回扣，另壹方面達到醫療服務收費足以養活醫生的水平。壹般來說，按照目前的水平，醫院的藥品收入(患者藥費)要擠出40%左右(15%+回扣+回扣)，才能真正擺脫“以藥養醫”。同時，從整體上看，醫院的醫療服務收費應該大致翻倍，以保證醫院和醫生的收入水平不會下降，真正實現“以醫生養醫生”。(1)杜絕回扣，擺脫“以藥養醫”。這是這壹輪公立醫院改革的第壹個目標。顯然，廢除“以藥養醫”，只能以藥養醫，必須提高醫療服務價格。問題是醫療服務的價格應該提高到多高。
(2)為了留住好醫生，保證他們的積極性，需要建立壹個規範透明的“多勞多得、優績優酬”的制度。這意味著，壹方面，醫生在法律上應獲得明顯高於公務員、教師等其他國有單位職工以及公立醫院內部管理人員的收入。問題是高出多少才算合理；另壹方面，醫生也要形成公開透明的收入差距。問題是這個差距在多大程度上是合理的。
(3)醫院應有用人自主權和收入分配自主權。問題是，國有事業單位的體制能不能給他們收入分配和就業的自主權。
(4)上述改革對公立醫院院長的能力和工作提出了很高的要求。什麽樣的院長選拔機制和激勵約束才能保證選拔出有能力的院長，他才能努力工作，規範管理？或者說如何才能在公立醫院建立完善的法人治理機制？
上面提到的第壹個和第二個問題，本質上是關於如何給醫生(醫療服務)定價，如何讓醫生獲得規範透明的收入，並具有很強的激勵特征。顯然，只有基於自由職業者制度的醫生人力資源市場才能對醫生(醫療服務)進行準確定價。因此，醫改首先要恢復醫生作為自由執業者的地位，從而建立規範透明的醫生人力資源市場，進而形成規範透明的醫生服務價格決定機制，即醫患雙方認可的醫生收入水平決定機制。
上面提到的第三和第四個問題是公立醫院的法人治理機制。當醫生成為自由職業者，當我們構建了以民營企業為主體、充分競爭的醫療服務市場，自然會形成規範的醫院職業經理人市場，民營醫院也會形成明確的市場標桿。公立醫院院長的選拔、激勵、約束會容易很多，所謂完善的公立醫院法人治理機制自然也就水到渠成了。