1.對生態環境的汙染
近年來，許多國家和地區出現了養殖魚類的逃逸問題，逃逸的魚類很有可能對野生種群的遺傳組成和疾病的傳播產生負面影響。此外，水產養殖也會對底棲生物群落產生影響。通過研究富營養化對底棲動物群落變化的影響，發現由於底棲動物氧飽和度的不斷變化，底棲動物群落會發生演變。此外，由於動植物殘體、殘餌、排泄廢物等有機物會在養殖水域的池塘底部堆積，水域中的浮遊菌和沈積物中的細菌數量也會增加。總之，由於環境的破壞，外來物種改變了本地物種的基因庫，野生種子資源遭到毀滅性破壞，對生物多樣性和物種組成都會產生很大影響。
2.水環境汙染
隨著現代水產養殖的高密度、集約化生產，大量投餵外源性餌料，使得大量殘留餌料進入水體，造成水體有機負荷增加，導致水體富營養化，生物多樣性減少，病原體增加。為了預防和控制疾病，大量的化學品被投放到水域，從而增加了水環境汙染。
對於對蝦養殖來說，其對周圍水環境的汙染程度取決於養殖的水平和規模。單養高產模式的對蝦養殖，飼料利用率很低，養殖過程中產生的排放廢物、蝦糞、殘餌等汙染了養殖區的池塘水體。由於單作高產模式會頻繁換水，也會對淺海水體造成壹定的汙染，而且通過池塘和海水的不斷交換，造成的汙染越來越嚴重。精養蝦池中的n以溶解無機氮、溶解有機氮和懸浮顆粒氮的形式存在，溶解態氮的來源是蝦糞的排放、配合飼料的釋放和鰓的排泄[2]。蝦池中，微生物分解排泄物、殘餌等有機物時會產生大量的氨氮，嚴重影響蝦的生理功能，降低其抗病能力，導致疾病發生。
但對於筏式養殖模式，物質循環和水分交換緩慢，導致養殖水體懸浮物長期沈積，從而使養殖水體微生物活性加強，需氧量增加，從而造成缺氧環境，給水產養殖帶來嚴重影響，造成大量經濟損失。
此外，沿海水產養殖會產生大量的無機和有機廢棄物，給半封閉港灣帶來富營養化，從而導致硫化細菌的繁殖、還原性化合物的增加和大型底棲生物的數量、種類和豐度的下降。