1，因為新農合是近幾年提出來的，作為解決三農問題的壹項重大國策，國家推出了壹系列的指導意見和相關政策，各級政府部門每年也逐步提供了大量的財政資金，但總體來說，我國的新農合還處於逐步試點探索和積累調整的過程中， 這給軟件需求帶來了很多不確定性，因此對新農合信息管理系統提出了更高的要求。
2.由於國家在農民醫療補償問題上只有宏觀指導意見，各級基層農村醫療管理單位可以根據不同地區、不同時期、不同疾病、不同用藥、不同補償起付線等不同情況，制定不同的補償辦法和政策細則。，這就要求應用軟件能夠適應復雜、動態的邏輯計算來完成各種補償操作。另外，由於報銷終端數量較多，需要應用軟件進行電信級的並發計算。
3.由於新農合信息管理系統涉及到具體資金的日常進出，資金交易範圍涉及廣大農村，環境復雜，因此需要嚴格保證資金交易的可靠性和安全性。
4.因為新農合信息管理系統需要完成與各級醫院的數據交互，簡化農民獲得醫療補償的程序，實現農民到醫院就可以直接完成醫療補償的報銷，這就要求系統與不同時期建設的、采用不同架構和技術開發的醫院信息管理系統(HIS)實現快速、高效、可靠的數據交互。
5.由於各級新農合管理系統之間、新農合系統與各級衛生行政單位其他現有系統之間存在大量的業務和信息交互，需要通過統壹門戶實現單點統壹登錄、權限統壹控制、業務集成等功能。
6.由於新農合的發展是壹個逐步試點發展的過程，各級管理領導需要及時了解新農合的發展情況，應用軟件可以通過前沿的技術手段為各級領導總結經驗、做出決策提供數據支持。