1.配伍禁忌：在復方配伍中，有些藥物應避免合用。《神農本草經》稱這些藥物之間的關系為“相惡”和“相反”。據《蜀本草》統計，《本經》所載藥物中，相惡的有六十種，而相反的則有十八種。歷代關於配伍禁忌的認識和發展，在古籍中說法並不壹致。金元時期概括為“十八反”和“十九畏”，並編成歌訣，現將歌訣內容列舉於下。
(1)十八反：本草明言十八反，藻戟芫遂俱戰草，半蔞貝蘞芨攻烏，諸參辛芍叛藜蘆。
(2)十九畏：硫磺本是火中精，樸硝壹見便相爭；水銀莫與砒霜見；狼毒最怕密陀僧；巴豆性烈最為上，偏與牽牛不順情；丁香莫與郁金見；牙硝難合京三棱；川烏、草烏不順犀；人參最怕五靈脂；官桂善能調冷氣，若逢石脂便相欺。
但是，“十九畏”的概念，與《神農本草經·序例》中“七情”之壹的“相畏”，涵義並不相同。
“十九畏”和“十八反”諸藥，有壹部分同實際應用有些出入，歷代醫家也有所論及，引古方為據，證明某些藥物仍然可以合用。如甘遂半夏湯以甘草同甘遂同用；；十香返魂丹是將丁香、郁金同用；大活絡丹烏頭與犀角同用等。由於對於“十九畏”和“十八反”，還有待進壹步研究，因此，目前應采取慎重態度。壹般說來，對於其中壹些藥物，若無充分根據和應用經驗，仍須避免盲目配合應用。
2.妊娠用藥禁忌：某些藥物具有損害胎元以致墮胎的副作用，所以應該作為妊娠禁忌的藥物。根據藥物對於胎元損害程度的不同，壹般可分為禁用與慎用二類。禁用的大多是毒性較強，或藥性猛烈的藥物，如巴豆、牽牛、大戟、斑蝥、商陸、麝香、三棱、莪術、水蛭、虻蟲等；慎用的包括通經祛瘀、行氣破滯，以及辛熱等藥物，如桃仁、紅花、大黃、枳實、附子、幹姜、肉桂等。凡禁用的藥物，絕對不能使用；慎用的藥物，則可根據孕婦患病的情況，斟情使用。但沒有特殊必要時，應盡量避免，以防發生事故。
3.服藥時的飲食禁忌：飲食禁忌簡稱食忌，也就是通常所說的忌口。在古代文獻上有常山忌蔥；地黃、何首烏忌蔥、蒜、蘿蔔，薄荷忌鱉肉；茯苓忌醋；鱉甲忌莧菜：以及蜜反生蔥等記載。這說明服用某些藥時不可同吃某些食物。另外，由於疾病的關系，在服藥期間，凡屬生冷、粘膩、腥臭等不易消化及有特殊刺激性的食物，都應根據需要予以避免。高燒患者還應忌油。