《銀彈子的怒吼--決心賭上偵探之名》！
第壹部分：江戶川亂步第二次出現
江戶川亂步又壹次來到毛利偵探的辦公室，說要帶柯南去遊樂園玩。柯南以為她又是偽裝的美彥，便沒有懷疑地跟上了文代的車。但在車上，柯南被江戶川亂步用手槍控制住了。原來，她是黑衣組織的人，柯南的身份已經被黑衣組織完全識破！
柯南慌不擇路，還是用麻醉槍射殺了偽裝成文代的敵人，在汽車沖下大橋之前逃了出來，向阿笠博士家跑去。
與此同時，Gin從學校綁架了少年偵探團，並威脅Sorrow交出她研究APTX4869解藥的數據。Sorrow 為了救大家，把數據交給了組織，並被 Gin 押上了車。
而Gin在開車離開前，偷偷告訴Vodka在他離開後殺掉少年偵探團的三名成員。
就在伏特加準備向少年偵探團開槍的時候，柯南終於趕來救人，但伏特加還是逃走了。並說組織在等工藤新壹。
第二部分：沈睡的小五郎--覺醒！
柯南帶著追蹤眼鏡來到博士家，尋找小愛的下落。柯南留下壹張寫滿了壹切的磁盤，讓博士轉交給小蘭，並決定獨自面對黑衣組織。
但磁盤被闖入博士家的英語老師朱迪拿走了，原來朱迪是黑衣組織派到FBI的特工。阿笠博士用他的新發明--彈射座椅騙過了朱迪，死裏逃生來到毛利家。阿笠博士正準備向小五郎和小蘭講述他們目前的處境，卻發現坐在偵探社客廳裏的毛利擺出了小五郎熟睡的姿勢！毛利面前的筆記本上寫著 "工藤新壹"、"柯南 "和 "黑衣組織"。
原來毛利早就懷疑柯南，為了調查柯南的真實身份和整個事件，他每次都配合扮演睡覺的角色。毛利在沈睡中展現了他真正的實力，通過柯南留下的磁盤數據推斷出了黑衣組織的位置。
與此同時，FBI特工赤井秀壹來到同事茱蒂家，無意中發現了柯南的磁盤。他偷偷把磁盤帶回了家。修壹破譯了密碼，讀到了柯南的供詞和他對整個事件的推理。他開始懷疑同事茱蒂的身份，卻突然被人從背後打暈。
而此時，在米花町，放學回家的小蘭無意中聽到了小五郎和阿笠博士在門口的對話，最終確定柯南就是新壹！為了救出新壹，小蘭決定與黑衣組織決壹死戰！
第三部分：小說家的不速之客
赤井秀壹被茱蒂帶回了組織。Gin威脅秀壹加入組織，最後的考慮時間是2小時。
因為 Gin 的數據和合作。兩個小時後，組織的藥物數據計算終於可以完成了。也就是傳說中的 "同時成為上帝和魔鬼"。完成藥物的 "時光倒流，起死回生"。
在地球的另壹端，工藤優作和美彥也收到了博士的信息。工藤優作第壹次讓美彥進入自己的密室，原來這裏是工藤優作獨自對抗黑衣組織的總部。而小說家只是用來收集情報的幌子。
工藤優作和美彥意識到決戰的時刻到了。就在他們收拾行裝的時候，門前突然出現了壹位不速之客--目暮警官。
目暮警官撕下了自己臉上的偽裝。雄作驚訝地發現，來人竟然是自己學生時代的好友，而且還成了兒子的教父！
他就是曾經聞名世界的大魔術師黑羽先生！
看到十年前被判定失蹤的老朋友，優作大吃壹驚。而黑羽開門見山地告訴優作，這十年來，他也壹直在獨自對抗黑衣組織。辦法就是讓他的兒子黑羽快鬥在全世界尋找壹顆特殊的寶石。而就在今天，快鬥給他發來了壹條信息，代表著最後的決戰：關於寶石、關於新壹、關於黑衣組織、關於人類的未來。就在那時，他以黑羽的身份回到了人間！而他的兒子則被稱為平成的兵工廠羅賓。這時，雄作才恍然大悟，原來自己的幹兒子就是怪盜基德！
第四部分：最黑的黑
傍晚時分，柯南來到東京塔腳下，這裏正在舉辦東京世界博覽會。原來，最黑組織的總部就在東京市中心！柯南騙過了守衛，進入了地下室的暗門。
這裏是另壹個地下王國。柯南用阿笠博士給他的電腦侵入了警衛室裏黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數據的時候，柯南不小心被壹個人從背後打倒在地，而那個人居然又是Gin。拿到部分資料的阿笠博士整理了大家掌握的所有信息，由優作和小五郎壹起推理出了驚人的結論：黑衣組織的老大 黑衣組織的老大很可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的支持者！該組織的重要職能之壹就是通過非法手段實現日本的擴張！
而美國政府對此早已有所察覺，並指示聯邦調查局特工秘密介入。事實上，美國也想通過運作該組織來控制日本。
就在分析這個結論的時候，毛利租來的汽車已經開到了東京塔下。
關押赤井秀壹的房間門突然打開了，走進來的是--"雪莉"。
第五部分：接近
這壹幕在赤井秀壹的記憶中展開。他其實是宮野誌保最珍愛的童年夥伴，是唯壹會和宮野誌保壹起玩耍的孩子。也正因為如此，赤井秀壹壹眼就解開了小愛的身份之謎。
小哀不承認自己的身份，她說可以放了秀壹，條件是秀壹永遠不要回來。兩人正在爭執時，朱迪出現了，修壹為救小哀而死，留下遺言："無論妳在那個世界叫什麽名字，我都能找到我的天使。"朱迪的黑槍對準了小哀。
這時，毛利小五郎也打入了組織內部，在組織訓練殺手的道場用空手道打敗了壹群職業殺手。就在他洋洋得意的時候，總教頭出現了，居然是日本空手道冠軍風間仁。小五郎敗下陣來，跟蹤他的小蘭卻跳了出來。當小蘭被風間的力量逼得絕望時，耳邊傳來了新壹的呼喚，小蘭終於爆發了奧義，壹拳擊倒了本該不敗的風間。
朱迪正準備向小哀開槍，琴酒突然出現，用槍指著朱迪。他命令朱迪放下槍，並說小哀對組織還有用。朱迪好奇地問："不是妳要我來這裏殺她的嗎？"Gin 突然扣動了扳機，壹張撲克牌打在了 Judy 的手上。原來，這個 Gin 是基德假扮的。基德讓小哀去救柯南，自己則在壹旁看守朱迪。
小哀跌跌撞撞地向控制室走去，這壹切都被組織內部的攝像頭拍了下來。
這時，雄作也來到了東京，越來越多的信息匯集在壹起，經過他的專用電腦分析，顯示出了結論。雄策難以置信地看著屏幕。
第六部分：真相只有壹個
琴酒和伏特加不知去向，憂憂順利地找到了柯南。原來組織有壹列地下列車，兩人乘坐封閉的列車來到了組織的 "避難所"。
聖殿前是壹面巨大的液晶墻，上面顯示著前首相吉田的臉，他面無表情地說著什麽。
秘密完全揭開了：基德和他的父親黑羽之所以盯上這些寶石，並不是因為它們的價值，而是因為其中有壹顆寶石不是地球上的，而是來自銀河系之外！它的特殊物質可以發出特殊的射線，改變細胞的分裂和生長方向，從而使細胞獲得永生！
為了搶在黑暗組織之前找到寶石，黑羽自己假裝被埋在雪地裏，讓兒子扮演強盜去尋找寶石。但基德也沒能找到。寶石早已落入黑暗組織之手，而黑暗組織正是在寶石射線的啟發下，開始了 "長生不老藥 "的計劃。
但由於要合理地釋放寶石的能量，必須求解特殊的方程式，設計先進的程序來計算射線的不同狀態，因此組織招募了世界上最好的電腦程序員。
屏幕上吉田的話都被阿笠博士用無線電傳給了外面的毛利等人，大家都非常驚訝。毛利說："別躲了，出來和我們決鬥吧。"
"恐怕他不會出來了。"柯南低下頭，眼鏡閃著銀光，說出了令人震驚的話："因為他早就死了。"
第七部分：人之戰
柯南無懈可擊地推理出了壹個匪夷所思的結論：吉田首相早在五年前就已經死了，刺客不是別人，正是這裏的保安系統。換句話說，現在黑衣組織的最高頭腦就是這臺具有人工智能的電腦，它以利益時間比最大化的程序發布組織的命令。
屏幕上的吉田大笑著承認，他的身體確實因為心臟病而失去了功能，但他的大腦結構和DNA數據卻完整地保存在超級計算機裏。只要方程能夠解開，他就可以重生。這時，計算機突然顯示射線方程已經求解，於是改造吉田的計劃開始了。
吉田笑了，但那臺機器卻突然爆炸了。還處於胚胎狀態的新身體毀於壹旦。原來是電腦人工智能自己下的命令，它刪除了吉田的所有數據。人工智能認為，完全控制黑衣組織對它最有利。
這時，大會堂的屋頂突然打開，地板升了起來。柯南這才發現，他們居然來到了停靠在東京灣的壹艘巨輪的甲板上。原來，這艘巨輪作為黑衣組織的大腦，長期漂浮在太平洋中央，利用通訊衛星操縱著世界各地的成員。
站在甲板上迎接他們的是持槍的琴酒。
琴酒向柯南扣動了扳機。
第八部分：江戶川柯南 VS 工藤新壹
Sorrow 擋住了射向柯南的子彈，在 Gin 靠近時，倒在了柯南面前。巨輪的自動排除系統啟動了。Gin 瞄準所有生命體，被桅桿上的狙擊步槍射中，壹槍接著壹槍，直到確認心臟驟停。
柯南死死盯住琴酒，幸運的是，由於目標太小，不排除他們的可能。
天色即將放亮，哀笑著掏出了血粘丸，這是世界上唯壹的APTX4869解藥。
"柯南，我想永遠和妳在壹起。但是，我們沒有機會了，不是嗎？"悲傷拿著解藥的手伸到了柯南的面前："吃了它。"
"笨蛋！這解藥只要在得救後分析成分，就能復制出來！"柯南緊緊地抱住了小愛。
"不要。"小哀突然大聲咳嗽起來，轉眼就把藥塞進了柯南的嘴裏。"妳還不明白嗎？"小哀看著柯南出乎意料地吞下了藥丸，慢慢地破涕為笑："這是科學和推理都無法解釋的東西！"小哀閉著眼睛，用只有柯南才能聽到的聲音說："不是工藤新壹。我愛的人是江戶川柯南。"
"小哀......"藥物和思念壹起讓柯南感到無比的痛苦，他暈了過去。
優作和小五郎突然靈光壹閃。優作終於找到了破解科學和邏輯這臺巨大機器的銀彈。
第九部分：銀彈，我們的約定
消滅壹切邪惡和惡魔的銀彈，就是無可替代的 "愛"。"愛是科學和邏輯永遠無法解釋的程序。
工藤優作發出的銀彈瞬間傳送到了計算機中心。超級計算機最終因計算量過大以及無法模擬程序的運行方式而崩潰。巨輪倒計時五分鐘，自毀裝置啟動。迷迷糊糊中，新壹聽到了壹聲熟悉的呼喚："新壹！新壹！"還有直升機的聲音。
結束了：巨型飛船在太陽升起時爆炸了。
新壹坐在沙灘上，看著比太陽還要耀眼的光芒，心想："江戶川柯南已經不存在於這個世界上了。他和悲傷壹起去了屬於他們的幸福花園。而我......"。他轉過頭，看到蘭站在他身後，淚光閃爍。
"終於，我們的約定實現了！"新壹緊緊地把小蘭抱在懷裏，許久許久。
忽然，新壹看到遠處迎著晨曦站著的少年偵探團，出於習慣，他想跑過去加入隊伍，腳步卻突然又停住了。新壹慢慢轉過身，用只有自己才能聽到的聲音說："大家再見。"
他慢慢地走到人群的另壹邊，頭也不回，咬緊牙關淚水竟忍不住模糊了雙眼。壹滴很大的淚珠突然滑落下來，緊接著，更多的淚珠緊跟著滑落。
新壹聽到步美的聲音：
"再見了，柯南先生。"