應停用正在使用的抗生素，口服乳酸菌制劑或從肛門、直腸給予類桿菌，恢復腸道正常菌群。無並發癥的抗生素引起的癥狀壹般在停用抗生素後12天左右可自行恢復。如果輕微癥狀持續，消膽胺可與毒素結合，以減弱其毒性作用。對於大多數抗生素相關性結腸炎病例，甲硝唑是治療艱難梭菌的有效藥物。病情緊急危重，必須住院，接受靜脈輸液，電解質輸液，輸血。偶爾，作為挽救生命的措施，可以使用臨時回腸造口術或結腸切除術。肝硬化患者肝功能下降、肝血流量減少、膽汁分泌紊亂、血漿白蛋白與抗生素結合功能的改變均可影響抗生素的代謝過程。
壹些抗生素在肝臟中失去活性。氯黴素主要在肝臟代謝。肝功能下降時，氯黴素的半衰期延長，代謝後的氯黴素在血液中蓄積，仍影響造血系統，故可引起壹次骨髓抑制。尤其是有腹水和黃疸的患者。磺胺類藥物在肝臟也有代謝，所以肝功能明顯下降時最好不要用。
大多數抗生素通過尿液排出，如青黴素類、氨基糖苷類和頭孢菌素類。腎功能輕度延遲時，氨基糖苷類抗生素的半衰期明顯延長，但主要分布在細胞外液中。有腹水時，部分抗生素進入腹水，降低血清濃度。但當腎功能明顯下降時，仍應註意這類抗生素對腎臟的副作用。因此，當肝硬化發生腎功能衰竭時，必須減少該類抗生素的劑量，延長間隔時間，避免與其他有腎損害的藥物聯合應用。在青黴素類藥物中，其他青黴素類和頭孢菌素類藥物在腎功能高度下降時半衰期明顯延長，但這些抗生素對肝腎毒性輕微，無需減少劑量。四環素類藥物在腎功能下降時，血藥濃度升高，對肝臟的毒性增強，肝腎功能損害的患者最好少用。